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- PDB-3zx5: The 3-dimensional structure of MpgP from Thermus thermophilus HB2... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3zx5 | |||||||||
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Title | The 3-dimensional structure of MpgP from Thermus thermophilus HB27, covalently bound to vanadate and in complex with alpha- mannosylglycerate and magnesium | |||||||||
![]() | MANNOSYL-3-PHOSPHOGLYCERATE PHOSPHATASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE / HALOALKANOID ACID DEHALOGENASE-LIKE PHOSPHATASE / HAD-LIKE PHOSPHATASE / CRYSTALLOGRAPHIC SNAPSHOT | |||||||||
Function / homology | ![]() mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase activity / mannosylglycerate biosynthetic process / magnesium ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Santos, H. / Borges, N. / Matias, P.M. | |||||||||
![]() | ![]() Title: The Three-Dimensional Structure of Mannosyl-3-Phosphoglycerate Phosphatase from Thermus Thermophilus Hb27: A New Member of the Haloalkanoic Acid Dehalogenase Superfamily. Authors: Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Santos, H. / Borges, N. / Matias, P.M. #1: Journal: Acta Crystallogr.,Sect.F / Year: 2011 Title: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Mannosyl-3-Phosphoglycerate Phosphatase from Thermus Thermophilus Hb27. Authors: Goncalves, S. / Esteves, A.M. / Borges, N. / Santos, H. / Matias, P.M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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-Validation report
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Full document | ![]() | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.2 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 35.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3ztwC ![]() 3ztySC ![]() 3zu6C ![]() 3zupC ![]() 3zw7C ![]() 3zwdC ![]() 3zwkC ![]() 3zx4C C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.81598, -0.01791, 0.5778), Vector: |
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Components
#1: Protein | Mass: 28219.281 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() References: UniProt: Q72K29, mannosyl-3-phosphoglycerate phosphatase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Sugar | #5: Water | ChemComp-HOH / | Nonpolymer details | METAVANADA | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.37 Å3/Da / Density % sol: 48.03 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 6.5 / Details: SEE REFERENCE 1 IN REMARK 1., pH 6.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Feb 17, 2011 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.81→30 Å / Num. obs: 46178 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 27.02 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 8.99 |
Reflection shell | Resolution: 1.81→1.92 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.92 / % possible all: 98.8 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 3ZTY Resolution: 1.81→28.772 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.05 / Phase error: 20.45 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 61.098 Å2 / ksol: 0.4 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.81→28.772 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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