PDB-5bka: 2.1 Angstrom structure of ActVI-ORFA from Streptomyces Coelicolor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bka

タイトル

2.1 Angstrom structure of ActVI-ORFA from Streptomyces Coelicolor

要素

Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / actinorhodin / benzoisochromaquinone

機能・相同性

SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / NTF2-like domain superfamily / Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

機能・相同性情報

生物種

Streptomyces coelicolor (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.11 Å

データ登録者

Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of three noncanonical NTF2-like superfamily proteins: implications for polyketide biosynthesis.
著者: Vuksanovic, N. / Zhu, X. / Serrano, D.A. / Siitonen, V. / Metsa-Ketela, M. / Melancon 3rd, C.E. / Silvaggi, N.R.

履歴

登録	2019年6月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / Item: _audit_author.name
改定 1.2	2020年9月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bka.cif.gz	382.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bka.ent.gz	270.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bka.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5bka_validation.pdf.gz	472.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bka_full_validation.pdf.gz	486.6 KB	表示
XML形式データ	5bka_validation.xml.gz	31.9 KB	表示
CIF形式データ	5bka_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bka ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bk/5bka	HTTPS FTP

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関連構造データ

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類似構造データ	4apz-4 3qmn-3 5b25-2 3k21-1 6fg5-1 3sl8-1 4zyr-1 3sl4-1 3o56-d 6ki1-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#44 - 2003年8月カルモジュリン (Calmodulin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

B: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

C: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

D: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

E: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

F: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

97.8 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

B: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

C: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

E: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

F: Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
48.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	82.266, 52.916, 98.931
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.330, 90.000
Int Tables number	3
Space group name H-M	P121
Space group name Hall	P2y

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 9 through 23 or (resid 24...	A	9 - 20
1	2	1	(chain 'A' and (resid 9 through 23 or (resid 24...	A	23 - 37
1	3	1	(chain 'A' and (resid 9 through 23 or (resid 24...	A	41 - 42
1	4	1	(chain 'A' and (resid 9 through 23 or (resid 24...	A	51 - 62
1	5	1	(chain 'A' and (resid 9 through 23 or (resid 24...	A	73 - 85
1	6	1	(chain 'A' and (resid 9 through 23 or (resid 24...	A	93 - 123
1	7	1	(chain 'A' and (resid 9 through 23 or (resid 24...	A	131 - 142
2	1	1	(chain 'B' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	B	9 - 20
2	2	1	(chain 'B' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	B	23 - 37
2	3	1	(chain 'B' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	B	41 - 42
2	4	1	(chain 'B' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	B	51 - 62
2	5	1	(chain 'B' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	B	73 - 85
2	6	1	(chain 'B' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	B	93 - 123
2	7	1	(chain 'B' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	B	131 - 142
3	1	1	(chain 'C' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	C	9 - 20
3	2	1	(chain 'C' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	C	23 - 37
3	3	1	(chain 'C' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	C	41 - 42
3	4	1	(chain 'C' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	C	51 - 62
3	5	1	(chain 'C' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	C	73 - 85
3	6	1	(chain 'C' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	C	93 - 123
3	7	1	(chain 'C' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	C	131 - 142
4	1	1	(chain 'D' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	D	9 - 20
4	2	1	(chain 'D' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	D	23 - 37
4	3	1	(chain 'D' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	D	41 - 42
4	4	1	(chain 'D' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	D	51 - 62
4	5	1	(chain 'D' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	D	73 - 85
4	6	1	(chain 'D' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	D	93 - 123
4	7	1	(chain 'D' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	D	131 - 142
5	1	1	(chain 'F' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	F	9 - 20
5	2	1	(chain 'F' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	F	23 - 37
5	3	1	(chain 'F' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	F	41 - 42
5	4	1	(chain 'F' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	F	51 - 62
5	5	1	(chain 'F' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	F	73 - 85
5	6	1	(chain 'F' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	F	93 - 123
5	7	1	(chain 'F' and (resid 9 through 12 or (resid 13...	F	131 - 142

#1: タンパク質	Hydroxylacyl-CoA dehydrogenase 分子量: 16292.017 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 / 遺伝子: SCO5071 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7AKI2
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 331 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.22 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M Sodium Citrate pH 4.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.11→34.94 Å / Num. obs: 47829 / % possible obs: 95.91 % / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 25.51 Å² / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 8.31
反射シェル	解像度: 2.11→2.185 Å / Num. unique obs: 3240 / R_rim(I) all: 0.84

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.16_3549	精密化
PHENIX	1.16_3549	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.11→34.91 Å / SU ML: 0.251 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.9619
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2467	2168	4.72 %	RANDOM
R_work	0.2243	43768	-	-
obs	0.2254	45936	95.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.11→34.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5999	0	0	331	6330

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0049	6159
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8118	8354
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0524	933
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0044	1073
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	6.2437	3733

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.11-2.16	0.3352	83	0.2844	1788	X-RAY DIFFRACTION	59.45
2.16-2.21	0.2786	139	0.2786	2648	X-RAY DIFFRACTION	88.17
2.21-2.27	0.3175	141	0.2611	2879	X-RAY DIFFRACTION	95.42
2.27-2.34	0.3083	142	0.2531	2996	X-RAY DIFFRACTION	98.74
2.34-2.41	0.287	157	0.2519	3011	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.41-2.5	0.2439	141	0.2396	3022	X-RAY DIFFRACTION	99.72
2.5-2.6	0.2591	151	0.2427	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.87
2.6-2.72	0.2543	154	0.2339	3008	X-RAY DIFFRACTION	99.65
2.72-2.86	0.2563	150	0.2254	3044	X-RAY DIFFRACTION	99.69
2.86-3.04	0.2899	152	0.2226	3043	X-RAY DIFFRACTION	99.84
3.04-3.28	0.242	150	0.2139	3032	X-RAY DIFFRACTION	99.56
3.28-3.61	0.2393	147	0.2018	3042	X-RAY DIFFRACTION	99.47
3.61-4.13	0.2162	156	0.1961	3074	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.13-5.2	0.189	171	0.1845	3046	X-RAY DIFFRACTION	99.72
5.2-34.91	0.2639	134	0.2604	3131	X-RAY DIFFRACTION	98.08

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.1887612653	-2.04093045986	4.45458097809	2.93320569217	-1.11939093279	2.16584867196	0.0484955988893	-0.0107423910368	-0.163612050478	0.00372480578992	-0.150914539527	0.194137244634	0.0015983291638	-0.236811860242	0.106361734488	0.403511103839	-0.271566488668	-0.0199198971626	1.18612257336	-0.109489835088	0.50332463846	66.1179618033	-8.5483793272	68.0385471963
2	0.5463009665	0.434664025083	0.422242505094	0.391270401477	0.3334971281	1.43715111452	-0.086863990072	-0.186210439655	0.148053983804	0.0813457643787	0.0211890614724	-0.0524271138461	-0.338077851996	0.233051577599	0.0232418708549	0.726418187035	-0.304503400736	0.257237070524	0.734054124178	-0.526753521568	-0.031381004478	46.9139593372	-3.69971370315	70.3164254164
3	1.63738540692	-0.771771399063	0.810774959597	0.492466369204	-0.457055442726	0.444983294141	-0.318752100629	-0.647360015572	0.632042243017	0.207621703109	0.12216679448	0.278826799349	-0.668867150584	-0.190901757424	0.215214044565	0.745621719274	0.0851232541604	0.340151241914	0.138685570139	-0.252516923499	0.50379258719	34.3418802328	2.72684778402	67.9540312231
4	0.630181118467	0.129367032045	0.166606655847	1.49242024884	0.269278172075	0.464399457948	0.0499723347436	0.152418098818	0.260145871763	-0.147937867749	0.115273349155	-0.118464683548	-0.343750126243	0.172514155917	-0.110695562721	1.38755537641	-0.487508222042	0.340419127571	0.213617432276	-0.516873706169	0.886169074888	42.4208464278	11.4424791375	65.7937733299
5	4.74336748123	2.2944340024	1.8568112497	3.31983376704	-0.616855243048	2.87476192584	0.155084122036	0.119710172108	0.685436091076	-0.179589929059	0.12103108598	0.103301207959	-0.842919394373	-0.211251114854	-0.255910167702	0.525249944281	-0.0015463279259	0.0912037190987	0.154848106993	-0.0255856663338	0.249794444398	35.1101520585	-2.69929094001	61.8880214347
6	0.846856809892	-0.0540080652491	-0.601581832002	2.66166933388	0.058079983912	3.31421532973	0.238373968677	-0.158951741951	0.251115516915	0.0745440872657	0.483160579231	0.0638239937708	-0.735392130597	0.494409189859	-0.465733002325	0.385409952973	-0.104968787106	0.0867208688047	0.174585920583	-0.0622612691156	0.205898314456	40.2960065563	-5.42854370113	58.6216332694
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29	2.74848429019	1.58074147112	1.20825519761	3.8227382462	2.12055720572	1.22830037176	-0.0376622771596	-0.252860285592	-0.151974113233	0.305397952889	-0.0307956649697	-0.153741217367	0.373104125855	-0.22891430789	0.0484630097142	0.66036799195	-0.0310262919159	0.101278887252	0.586517104071	0.182849096622	0.558831395253	15.4642352007	23.5417463935	69.9160898768
30	7.88382367439	-0.263679232093	5.15634265787	3.46660420318	-2.62864178886	2.0044452181	0.166889550367	-0.0970928802863	-0.123675228543	0.210269729372	-0.335773675356	-0.490470410879	0.0450883094768	0.849296329034	0.164854789871	0.580655339351	-0.175746399236	0.394558711435	0.678981065232	-0.00590955185842	0.509416878592	17.5588382887	14.2205794112	65.3244311609
31	3.04309259681	2.43098538058	0.451244942806	2.0002989565	-2.84996144057	6.23139260973	0.157668198251	0.685955716279	-0.153407274175	-0.993828449644	-0.24989381251	-0.275582601512	0.258825178125	0.413835329254	0.11011721026	0.49512356231	0.078702285319	0.0713232658737	0.702605493214	-0.0581012228045	0.602487551878	24.1046686521	2.8510131213	74.5356520042
32	3.86644224774	-0.330980937573	-1.00094380028	3.43986316164	0.567254668539	2.67734874614	0.202695138213	0.60595123811	0.396952533626	-0.39641403009	-0.0841208181097	0.0108529338444	-0.431405399136	0.0265413105407	-0.11727593199	0.271402582042	-0.0588549392134	0.0457858089997	0.223989033084	0.00735023509191	0.139428793811	2.36093172285	12.8633234544	75.3406822029
33	2.07458537836	-0.956181615813	-1.00921232735	3.57827698874	0.540171586525	1.48909658787	0.102688111482	0.082846983729	0.27051429261	-0.178359893545	0.0780563969991	-0.122452362099	-0.207481740243	0.187154597485	-0.184970461875	0.185448409288	-0.0500419760405	0.00434742315141	0.15825035109	-0.0178516397449	0.148967880996	7.18788499507	11.5370330805	79.6315311821
34	6.86228512671	-7.47662361965	1.57096059802	8.1476322167	-1.72765323239	2.05656392885	0.0301148296771	0.0165995101994	0.0184412717131	0.176473495632	0.105566422232	-0.718411824861	0.0451823812827	0.251573756834	-0.121738608757	0.165635440578	-0.0189474111299	-0.0637003030403	0.327420223419	-0.10793162919	0.313391733837	17.2110051175	2.38348237206	86.3825278786
35	5.45063550221	0.0916855953971	3.10740441118	3.49108688785	-0.209417833729	9.09705198984	-0.00368619198088	0.798504515339	0.432253364576	-0.614370420534	0.0708813956504	-0.00933475814315	-0.667398911809	0.122222386999	-0.0726222595868	0.386106813002	0.0193417147008	0.0869121258703	0.268840350081	0.0578677990281	0.226003799862	3.76023283353	17.6541026144	70.9180951101

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 7 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 8 through 24 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 25 through 29 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 30 through 62 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 81 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 82 through 115 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 116 through 145 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 9 through 44 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 45 through 54 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 55 through 68 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 69 through 81 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 82 through 143 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 9 through 44 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 45 through 64 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 65 through 73 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 74 through 115 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 116 through 143 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 6 through 41 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 42 through 54 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 55 through 73 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 74 through 115 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 116 through 144 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 7 through 36 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 37 through 54 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 55 through 68 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 69 through 130 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 131 through 145 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 8 through 44 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 45 through 54 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 55 through 65 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 66 through 73 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 74 through 92 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 93 through 105 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 106 through 115 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'F' and (resid 116 through 143 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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