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- PDB-6vw4: 2.35 Angstrom structure of Caci_6494 from Catenulispora Acidiphil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6vw4
タイトル2.35 Angstrom structure of Caci_6494 from Catenulispora Acidiphila in complex with S-DNPA
要素Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
キーワードUNKNOWN FUNCTION / NTF2 Superfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity
類似検索 - 分子機能
SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SDN / Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Catenulispora acidiphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Vuksanovic, N. / Silvaggi, N.R.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2020
タイトル: Structural characterization of three noncanonical NTF2-like superfamily proteins: implications for polyketide biosynthesis.
著者: Vuksanovic, N. / Zhu, X. / Serrano, D.A. / Siitonen, V. / Metsa-Ketela, M. / Melancon 3rd, C.E. / Silvaggi, N.R.
履歴
登録2020年2月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.32020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,3493
ポリマ－35,0632
非ポリマー2861
水1,47782
1
A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子

A: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4536
ポリマ－52,5943
非ポリマー8593
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555z,-x,-y1
crystal symmetry operation12_555-y,-z,x1
Buried area5540 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area17690 Å2
手法PISA
2
B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit

B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit

B: Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,5943
ポリマ－52,5943
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-z,x,-y1
crystal symmetry operation11_555y,-z,-x1
Buried area5580 Å2
ΔGint-45 kcal/mol
Surface area18280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.240, 161.240, 161.240
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number197
Space group name H-MI23
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: z,x,y
#3: y,z,x
#4: -y,-z,x
#5: z,-x,-y
#6: -y,z,-x
#7: -z,-x,y
#8: -z,x,-y
#9: y,-z,-x
#10: x,-y,-z
#11: -x,y,-z
#12: -x,-y,z
#13: x+1/2,y+1/2,z+1/2
#14: z+1/2,x+1/2,y+1/2
#15: y+1/2,z+1/2,x+1/2
#16: -y+1/2,-z+1/2,x+1/2
#17: z+1/2,-x+1/2,-y+1/2
#18: -y+1/2,z+1/2,-x+1/2
#19: -z+1/2,-x+1/2,y+1/2
#20: -z+1/2,x+1/2,-y+1/2
#21: y+1/2,-z+1/2,-x+1/2
#22: x+1/2,-y+1/2,-z+1/2
#23: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#24: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-311-

HOH

21B-209-

HOH

31B-235-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Aromatic-ring-hydroxylating dioxygenase beta subunit


分子量: 17531.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catenulispora acidiphila (strain DSM 44928 / NRRL B-24433 / NBRC 102108 / JCM 14897) (バクテリア)
株: DSM 44928 / NRRL B-24433 / NBRC 102108 / JCM 14897 / 遺伝子: Caci_6494 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: C7PWR4
#2: 化合物 ChemComp-SDN / [(3S)-9-hydroxy-1-methyl-10-oxo-4,10-dihydro-3H-benzo[g]isochromen-3-yl]acetic acid / 4,10-dihydro-9-hydroxy-1-methyl-10-oxo-3-H-naphtho-[2,3-c]-pyran-3-(S)-acetic acid / (3S)-1-メチル-9-ヒドロキシ-10-オキソ-3,4-ジヒドロ-10H-ナフト[2,3-c]ピラン-3-酢酸


分子量: 286.279 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: 1.47 M K2HPO4, 0.07 M NaH2PO4, 5% PEG 400, pH 8.3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→65.83 Å / Num. obs: 29103 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 43.9 Å2 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Num. unique obs: 2846 / Rrim(I) all: 0.68

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6P77

6p77


解像度: 2.35→57.007 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 1445 4.97 %
Rwork0.198 --
obs0.1994 29061 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 143.04 Å2 / Biso mean: 56.7606 Å2 / Biso min: 21.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→57.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2074 0 34 82 2190
Biso mean--82.65 50.01 -
残基数----269
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.351-2.4350.35721200.26262761100
2.435-2.53240.27191730.24792702100
2.5324-2.64770.29471630.22862727100
2.6477-2.78730.23161490.2042734100
2.7873-2.96190.21441580.19972740100
2.9619-3.19060.24841420.20982750100
3.1906-3.51160.28031160.20522783100
3.5116-4.01970.2391660.18632742100
4.0197-5.06390.17321210.15872825100
5.0639-57.0070.19611370.2114285299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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