PDB-2baz: Structure of YosS, a putative dUTPase from Bacillus subtilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2baz

タイトル

Structure of YosS, a putative dUTPase from Bacillus subtilis

要素

hypothetical protein BSU20020

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / homotrimer / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Liang, Y.-H. / Wang, J. / Su, X.-D.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Structure of YosS, a putative dUTPase from Bacillus subtilis
著者: Wang, J. / Liang, Y.-H. / Su, X.-D.

履歴

登録	2005年10月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2006年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年5月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2baz.cif.gz	90.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2baz.ent.gz	68.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2baz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	2baz_validation.pdf.gz	439.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2baz_full_validation.pdf.gz	445.2 KB	表示
XML形式データ	2baz_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	2baz_validation.cif.gz	24.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2baz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2baz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2xce-2 2xx6-1 2xy3-1 2xy3-2 1boa-d 5h4j-1 2okd-d 4ao5-1 1b6a-d 3kkt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: hypothetical protein BSU20020

B: hypothetical protein BSU20020

C: hypothetical protein BSU20020

48.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.500, 116.500, 56.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

詳細

The asymmetric unit contains one biological unit which is a homotrimer.

#1: タンパク質	hypothetical protein BSU20020 / YosS 分子量: 16172.509 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / プラスミド: pET21a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: O34919
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 69.03 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M Na Citrate, 0.2M K/Na Tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2		1
3		1

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト: BSRF

/ ビームライン: 3W1A / 波長: 0.9803, 0.981, 1.1

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月28日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9803	1
2	0.981	1
3	1.1	1

Reflection

ID	数	R_merge(I) obs	Χ²	D res high (Å)	D res low (Å)	% possible obs
1	34010	0.087	2.123	2.3	20	99.3
2	33867	0.074	1.857	2.3	20	98.9
3	26358	0.088	2.692	2.5	20	98.7

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared
6.18	20	97.9	1	0.087	2.203
4.93	6.18	99	1	0.066	4.476
4.32	4.93	99.4	1	0.062	3.645
3.93	4.32	98.8	1	0.065	3.672
3.65	3.93	93.8	1	0.08	3.663
3.43	3.65	98.6	1	0.078	3.006
3.26	3.43	99.8	1	0.084	3.018
3.12	3.26	99.8	1	0.086	2.347
3	3.12	99.9	1	0.098	2.494
2.9	3	99.9	1	0.105	1.898
2.81	2.9	100	1	0.117	1.526
2.73	2.81	100	1	0.135	1.594
2.65	2.73	100	1	0.15	1.485
2.59	2.65	99.9	1	0.167	1.408
2.53	2.59	99.9	1	0.167	1.351
2.48	2.53	99.9	1	0.181	1.224
2.43	2.48	99.9	1	0.202	1.188
2.38	2.43	99.8	1	0.227	1.052
2.34	2.38	99.9	1	0.251	0.991
2.3	2.34	100	1	0.27	0.959
6.18	20	96.7	2	0.066	1.483
4.93	6.18	98.4	2	0.057	3.503
4.32	4.93	98.7	2	0.056	3.187
3.93	4.32	97.5	2	0.059	3.227
3.65	3.93	90.7	2	0.076	3.429
3.43	3.65	97.4	2	0.067	2.485
3.26	3.43	99.7	2	0.071	2.546
3.12	3.26	99.9	2	0.076	2.107
3	3.12	99.8	2	0.081	2.098
2.9	3	99.7	2	0.086	1.644
2.81	2.9	99.9	2	0.098	1.314
2.73	2.81	100	2	0.113	1.497
2.65	2.73	100	2	0.12	1.319
2.59	2.65	100	2	0.138	1.358
2.53	2.59	100	2	0.135	1.25
2.48	2.53	99.9	2	0.145	1.159
2.43	2.48	100	2	0.166	1.155
2.38	2.43	100	2	0.185	1.032
2.34	2.38	100	2	0.202	0.977
2.3	2.34	99.9	2	0.219	0.973
6.7	20	96.9	3	0.089	1.748
5.35	6.7	98.5	3	0.077	5.162
4.69	5.35	98.2	3	0.069	4.014
4.26	4.69	98.6	3	0.071	4.265
3.96	4.26	98.2	3	0.072	3.482
3.73	3.96	95.9	3	0.08	3.535
3.54	3.73	91.2	3	0.095	4.455
3.39	3.54	99.5	3	0.088	3.313
3.26	3.39	99.8	3	0.09	2.985
3.15	3.26	99.4	3	0.099	2.749
3.05	3.15	99.8	3	0.101	2.012
2.96	3.05	99.8	3	0.112	2.477
2.89	2.96	99.9	3	0.117	2.272
2.81	2.89	99.8	3	0.13	2.416
2.75	2.81	99.6	3	0.138	1.975
2.69	2.75	99.6	3	0.146	1.854
2.64	2.69	99.8	3	0.156	1.823
2.59	2.64	99.9	3	0.167	1.55
2.54	2.59	100	3	0.167	1.379
2.5	2.54	99.8	3	0.188	1.375

反射

解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 34249 / Num. obs: 34010 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / R_merge(I) obs: 0.087 / Χ²: 2.123

反射シェル

解像度: 2.3→2.34 Å / % possible obs: 100 % / R_merge(I) obs: 0.27 / Num. measured obs: 1685 / Χ²: 0.959 / % possible all: 99.1

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	3 wavelength	1	0.9803	4.56	-6.7
1	3 wavelength	2	0.981	3.22	-8.96
1	3 wavelength	3	0	0.89	-2.96

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	29.595	0.082	0.557	0	1.103
2	Se	31.763	0.497	0.868	0.243	1.158
3	Se	49.594	0.383	0.783	0.001	1.38
4	Se	38.82	0.618	0.693	0.039	1.257
5	Se	37.394	0.542	0.827	0.056	1.038
6	Se	37.222	0.537	0.793	0.017	0.923
7	Se	40.679	0.506	0.818	0.032	0.98
8	Se	40.779	0.439	0.736	0.067	1.319
9	Se	43.634	0.6	0.739	0.164	1.364
10	Se	44.423	0.16	0.52	0.112	1.026

Phasing dm

FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.51 / 反射: 26195 / Reflection acentric: 24667 / Reflection centric: 1528

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.1-19.979	0.8	0.81	0.75	1120	958	162
4.5-7.1	0.79	0.8	0.69	3589	3274	315
3.6-4.5	0.71	0.71	0.57	4341	4092	249
3.1-3.6	0.63	0.64	0.45	4474	4226	248
2.7-3.1	0.54	0.55	0.38	7870	7500	370
2.5-2.7	0.43	0.43	0.28	4801	4617	184

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
CNS		精密化
PDB_EXTRACT	1.7	データ抽出
MAR345		データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	1680	4.9 %	Random
R_work	0.217	-	-	-
all	0.23	34186	-	-
obs	0.225	33879	99.1 %	-

溶媒の処理

B_sol: 31.058 Å²

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.744 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.744 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.744 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.487 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3043	0	0	148	3191

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file
X-RAY DIFFRACTION	1	protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION	2	water.param

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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