+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 2baz | ||||||
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Title | Structure of YosS, a putative dUTPase from Bacillus subtilis | ||||||
Components | hypothetical protein BSU20020 | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / homotrimer / beta barrel | ||||||
Function / homology | Function and homology information dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / protein-containing complex / identical protein binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Bacillus subtilis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.3 Å | ||||||
Authors | Liang, Y.-H. / Wang, J. / Su, X.-D. | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Structure of YosS, a putative dUTPase from Bacillus subtilis Authors: Wang, J. / Liang, Y.-H. / Su, X.-D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 2baz.cif.gz | 90.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb2baz.ent.gz | 68.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 2baz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 2baz_validation.pdf.gz | 439.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 2baz_full_validation.pdf.gz | 445.2 KB | Display | |
Data in XML | 2baz_validation.xml.gz | 17.5 KB | Display | |
Data in CIF | 2baz_validation.cif.gz | 24.1 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2baz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ba/2baz | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The asymmetric unit contains one biological unit which is a homotrimer. |
-Components
#1: Protein | Mass: 16172.509 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacillus subtilis (bacteria) / Plasmid: pET21a / Species (production host): Escherichia coli / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21-DE3 / References: UniProt: O34919 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.97 Å3/Da / Density % sol: 69.03 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.6 Details: 2.0M (NH4)2SO4, 0.1M Na Citrate, 0.2M K/Na Tartrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BSRF / Beamline: 3W1A / Wavelength: 0.9803, 0.981, 1.1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Mar 28, 2004 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection |
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Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.3→20 Å / Num. all: 34249 / Num. obs: 34010 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Χ2: 2.123 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Resolution: 2.3→2.34 Å / % possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.27 / Num. measured obs: 1685 / Χ2: 0.959 / % possible all: 99.1 |
-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing dm | FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.62 / FOM centric: 0.51 / Reflection: 26195 / Reflection acentric: 24667 / Reflection centric: 1528 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.3→20 Å / σ(F): 0 / Stereochemistry target values: Engh & Huber
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Solvent computation | Bsol: 31.058 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 34.744 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.3→20 Å
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Xplor file |
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