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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2okd | ||||||
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タイトル | High Resolution Crystal Structures of Vaccinia Virus dUTPase | ||||||
要素 | Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Fold / jelly-roll / Superfamily / dUTPase-like / forms tight trimer through an additional beta-sheet in each subunit / subunit beta-sheets are orthogonally packed around the three-fold axis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Schormann, N. / Chattopadhyay, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2007 タイトル: Structures of vaccinia virus dUTPase and its nucleotide complexes. 著者: Samal, A. / Schormann, N. / Cook, W.J. / Delucas, L.J. / Chattopadhyay, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2okd.cif.gz | 87.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2okd.ent.gz | 67 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2okd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2okd_validation.pdf.gz | 452.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2okd_full_validation.pdf.gz | 454.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2okd_validation.xml.gz | 16.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2okd_validation.cif.gz | 22.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2okd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ok/2okd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The asymmetric unit contains a homo-trimer with monomers related by non-crystallographic symmetry. This homo-trimer constitutes the biological assembly. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16315.373 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) 属: Orthopoxvirus / 遺伝子: DUT / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS 参照: GenBank: 29692147, UniProt: A4GD96*PLUS, dUTP diphosphatase #2: 化合物 | ChemComp-CL / | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / pH: 7 詳細: 20% PEG2000 MME, 0.1M Tris, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K, pH 7.00 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年11月5日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 16130 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 6.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Rsym value: 0.423 / % possible all: 97.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 2OKB 解像度: 2.4→19.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / SU B: 22.01 / SU ML: 0.264 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.581 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→19.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.46 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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