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- PDB-2hqu: Human dUTPase in complex with alpha,beta-iminodUTP and magnesium ion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2hqu
タイトルHuman dUTPase in complex with alpha,beta-iminodUTP and magnesium ion
要素Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
キーワードHYDROLASE / jelly-roll / protein-substrate analogue ligand complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion ...dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / nucleobase-containing compound metabolic process / dTMP biosynthetic process / DNA replication / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Deoxyuridine triphosphate nucleotidohydrolase / Deoxyuridine triphosphatase (dUTPase) / Deoxyuridine 5'-Triphosphate Nucleotidohydrolase; Chain A / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Barabas, O. / Varga, B. / Vertessy, B.G.
引用
ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2007
タイトル: Active site closure facilitates juxtaposition of reactant atoms for initiation of catalysis by human dUTPase.
著者: Varga, B. / Barabas, O. / Kovari, J. / Toth, J. / Hunyadi-Gulyas, E. / Klement, E. / Medzihradszky, K.F. / Tolgyesi, F. / Fidy, J. / Vertessy, B.G.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: Human dUTP pyrophosphatase: uracil recognition by a beta hairpin and active sites formed by three separate subunits.
著者: Mol, C.D. / Harris, J.M. / McIntosh, E.M. / Tainer, J.A.
履歴
登録2006年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02007年7月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32016年10月19日Group: Refinement description
改定 1.42023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE The protein used in this study is an isoform SWS P33316-2 of the protein in the database reference

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
B: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
C: Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,84711
ポリマ－53,3133
非ポリマー1,5348
水2,738152
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15270 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area13680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.409, 71.773, 76.475
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 24 - 146 / Label seq-ID: 24 - 146

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細the biological assembly is the trimer found in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase / dUTPase / dUTP pyrophosphatase


分子量: 17771.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DUTN / プラスミド: pET3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P33316, dUTP diphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DUP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-ALPHA,BETA-IMIDO-TRIPHOSPHATE / α,β-イミノ-dUTP


分子量: 467.157 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O13P3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 18-20% PEG 3350, 0.1M Na-Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
Temp details: 293

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.8124 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: TRIANGULAR MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8124 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 21420 / Num. obs: 21420 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.2 % / Biso Wilson estimate: 28.8 Å2 / Rsym value: 0.116 / Net I/σ(I): 9.21
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 1.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.69 / Num. unique all: 2736 / Rsym value: 0.33 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1Q5U truncated at residue 146

1q5u


解像度: 2.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 16.788 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.241 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25065 945 5.1 %RANDOM
Rwork0.19968 ---
all0.20223 17739 --
obs0.20223 17739 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.252 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.1 Å20 Å20 Å2
2---0.92 Å20 Å2
3---3.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 0 89 152 3263
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0223170
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4151.994309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5365398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.17622.609138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.46815457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.0481527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.2464
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022429
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.210.21450
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3150.22150
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2248
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1180.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2830.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1790.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4971.52022
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.86323147
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57131284
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.2564.51162
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
480tight positional0.050.05
419loose positional0.455
480tight thermal0.130.5
419loose thermal1.2810
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.289 65 -
Rwork0.246 1291 -
obs-1356 98.98 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.215-0.60080.28641.928-0.39951.06750.0074-0.0368-0.14910.01220.0380.34910.0578-0.033-0.0454-0.10440.00640.0313-0.07330.0019-0.097530.20752.01896.3531
20.5785-0.67880.39972.7506-0.59130.28380.06860.1175-0.21710.07260.06930.1962-0.04990.0418-0.1379-0.04650.00760.014-0.0119-0.0321-0.065629.68142.16195.912
30.4607-0.38050.08460.8726-0.15310.52550.04960.03760-0.0374-0.00850.12820.0562-0.0077-0.0411-0.00470.01290.0195-0.0137-0.0046-0.089331.17121.82663.741
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A24 - 141
2X-RAY DIFFRACTION1B24 - 141
3X-RAY DIFFRACTION1C24 - 135
4X-RAY DIFFRACTION2A777
5X-RAY DIFFRACTION2A997
6X-RAY DIFFRACTION2B777
7X-RAY DIFFRACTION2C998
8X-RAY DIFFRACTION2C777
9X-RAY DIFFRACTION2B999
10X-RAY DIFFRACTION2C999
11X-RAY DIFFRACTION2A998
12X-RAY DIFFRACTION3A999 - 1049
13X-RAY DIFFRACTION3C1000 - 1043
14X-RAY DIFFRACTION3B1000 - 1056

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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