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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3hhq | ||||||
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Title | Crystal structure of apo dUT1p from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
![]() | Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase | ||||||
![]() | HYDROLASE / trimer / beta barrel / apo structure / dUTP pyrophosphatase / Saccharomyces cerevisiae / molecular replacement / Nucleotide metabolism / Phosphoprotein | ||||||
Function / homology | ![]() pyrimidine deoxyribonucleoside triphosphate catabolic process / dITP catabolic process / dITP diphosphatase activity / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / dUTP catabolic process / dUMP biosynthetic process / dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / magnesium ion binding / nucleus / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Singer, A.U. / Evdokimova, E. / Kudritska, M. / Dong, A. / Edwards, A.M. / Yakunin, A.F. / Savchenko, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and activity of the Saccharomyces cerevisiae dUTP pyrophosphatase DUT1, an essential housekeeping enzyme. Authors: Tchigvintsev, A. / Singer, A.U. / Flick, R. / Petit, P. / Brown, G. / Evdokimova, E. / Savchenko, A. / Yakunin, A.F. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 778.5 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 134 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 180.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 3f4fSC ![]() 3p48C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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7 | ![]()
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8 | ![]()
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments:
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Components
-Protein , 1 types, 24 molecules ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX
#1: Protein | Mass: 17494.643 Da / Num. of mol.: 24 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: DUT1, dUT1p, YBR1705, YBR252W / Plasmid: pET15b / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 7 types, 1840 molecules ![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | ChemComp-NA / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Chemical | ChemComp-PEG / #7: Chemical | ChemComp-GOL / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.97 Å3/Da / Density % sol: 37.44 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5.5 Details: 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350 plus 0.015 mg/mL Trypsin. Cryoprotected with a solution of 7% Glycerol, 7% Ethylene glycol and 7% Sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING ...Details: 0.1M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350 plus 0.015 mg/mL Trypsin. Cryoprotected with a solution of 7% Glycerol, 7% Ethylene glycol and 7% Sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() |
Detector | Type: RIGAKU RAXIS IV++ / Detector: IMAGE PLATE / Date: Jun 11, 2008 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: VariMax HR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.54178 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. all: 214470 / Num. obs: 191238 / % possible obs: 89.2 % / Redundancy: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 19.13 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.07 Å / Redundancy: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 3.45 / Num. unique all: 19074 / % possible all: 88.3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 3F4F Resolution: 2→40.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 8.964 / SU ML: 0.135 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.206 / ESU R Free: 0.186 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 22.395 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→40.62 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 770 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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