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Yorodumi- PDB-3qmn: Crystal Structure of 4'-Phosphopantetheinyl Transferase AcpS from... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3qmn | |||||||||
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Title | Crystal Structure of 4'-Phosphopantetheinyl Transferase AcpS from Vibrio cholerae O1 biovar eltor | |||||||||
Components | Holo-[acyl-carrier-protein] synthase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / alpha-beta sandwich / acyl carrier protein / cytosol | |||||||||
Function / homology | Function and homology information holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / lipid biosynthetic process / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.85 Å | |||||||||
Authors | Kim, Y. / Halavaty, A.S. / Zhou, M. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2012 Title: Structural characterization and comparison of three acyl-carrier-protein synthases from pathogenic bacteria. Authors: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / ...Authors: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3qmn.cif.gz | 1.3 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3qmn.ent.gz | 1.1 MB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3qmn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3qmn_validation.pdf.gz | 6 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3qmn_full_validation.pdf.gz | 6.1 MB | Display | |
Data in XML | 3qmn_validation.xml.gz | 160.2 KB | Display | |
Data in CIF | 3qmn_validation.cif.gz | 207.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qm/3qmn | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3hykC 4jm7C 3h88 C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
-Components
-Protein , 1 types, 24 molecules ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWX
#1: Protein | Mass: 14243.871 Da / Num. of mol.: 24 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor (bacteria) Strain: N16961 / Gene: acpS, VC_2457 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21 magic References: UniProt: Q9KPB6, holo-[acyl-carrier-protein] synthase |
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-Non-polymers , 8 types, 2597 molecules
#2: Chemical | ChemComp-COA / #3: Chemical | ChemComp-CL / #4: Chemical | ChemComp-CA / #5: Chemical | ChemComp-MPD / ( #6: Chemical | ChemComp-ACT / #7: Chemical | ChemComp-MRD / ( #8: Chemical | ChemComp-A3P / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.65 Å3/Da / Density % sol: 53.66 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.6 Details: 30% MPD, 0.1 M Sodium Acetate pH 4.6, 20 mM Calcium Chloride, 5 mM Coenzyme A, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.9794 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Feb 28, 2009 / Details: mirrors |
Radiation | Monochromator: double crystal monochromator / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.85→45.55 Å / Num. all: 300465 / Num. obs: 300465 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 23.36 Å2 / Rsym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.7 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.7 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.85→29.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.947 / SU ML: 0.073 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.114 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 27.607 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.85→29.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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