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Yorodumi- PDB-4jm7: 1.82 Angstrom resolution crystal structure of holo-(acyl-carrier-... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4jm7 | |||||||||
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Title | 1.82 Angstrom resolution crystal structure of holo-(acyl-carrier-protein) synthase (acpS) from Staphylococcus aureus | |||||||||
Components | Holo-[acyl-carrier-protein] synthase | |||||||||
Keywords | TRANSFERASE / holo-(acyl-carrier-protein) synthase / Structural Genomics / Infectious Deseases / Fatty acid biosynthesis / Lipid synthesis / Magnesium / Metal-binding / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / NIAID / National Institute of Allergy and Infectious Diseases | |||||||||
Function / homology | Function and homology information holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | Staphylococcus aureus (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.824 Å | |||||||||
Authors | Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID) | |||||||||
Citation | Journal: Acta Crystallogr.,Sect.D / Year: 2012 Title: Structural characterization and comparison of three acyl-carrier-protein synthases from pathogenic bacteria. Authors: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / ...Authors: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4jm7.cif.gz | 180.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4jm7.ent.gz | 145.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4jm7.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4jm7_validation.pdf.gz | 450.6 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4jm7_full_validation.pdf.gz | 456.8 KB | Display | |
Data in XML | 4jm7_validation.xml.gz | 18.7 KB | Display | |
Data in CIF | 4jm7_validation.cif.gz | 27.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jm7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/4jm7 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3hykC 3qmnC 1f7lS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 16371.500 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: acyl-carrier-protein synthase Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Staphylococcus aureus (bacteria) / Strain: COL / Gene: acpS, SACOL2061 / Plasmid: pMCSG7 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: Q5HED0, holo-[acyl-carrier-protein] synthase #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.16 Å3/Da / Density % sol: 43.16 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: The Classics II Suite, condition 22, mixed 1:1 v/v with protein sample (7.3 mg/mL, 0.25M NaCl, 5mM BME, 10mM Tris/HCl pH 8.3), pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-F / Wavelength: 0.97872 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Oct 2, 2008 / Details: beryllium lenses |
Radiation | Monochromator: single diamond / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.82→30 Å / Num. all: 37963 / Num. obs: 37963 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 24.97 |
Reflection shell | Resolution: 1.82→1.86 Å / Redundancy: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.543 / Mean I/σ(I) obs: 2.58 / % possible all: 91.8 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1F7L Resolution: 1.824→28.89 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / SU B: 5.849 / SU ML: 0.083 / Isotropic thermal model: isotropic / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.129 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 32.486 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.824→28.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.824→1.871 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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