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- PDB-5bk0: Crystal structure of 663 Fab bound to circumsporozoite protein NA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5bk0
タイトルCrystal structure of 663 Fab bound to circumsporozoite protein NANP 5-mer
要素
  • 663 Antibody, heavy chain
  • 663 Antibody, light chain
  • Circumsporozoite protein NANP 5-mer
キーワードIMMUNE SYSTEM / Malaria / Circumsporozoite protein / Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


entry into host cell by a symbiont-containing vacuole / side of membrane / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Plasmodium circumsporozoite protein / Thrombospondin type 1 domain / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat superfamily / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat profile. / Thrombospondin type 1 repeats / Thrombospondin type-1 (TSP1) repeat / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Circumsporozoite protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Scally, S.W. / Bosch, A. / Triller, G. / Wardemann, H. / Julien, J.P.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2017
タイトル: Natural Parasite Exposure Induces Protective Human Anti-Malarial Antibodies.
著者: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, ...著者: Triller, G. / Scally, S.W. / Costa, G. / Pissarev, M. / Kreschel, C. / Bosch, A. / Marois, E. / Sack, B.K. / Murugan, R. / Salman, A.M. / Janse, C.J. / Khan, S.M. / Kappe, S.H.I. / Adegnika, A.A. / Mordmuller, B. / Levashina, E.A. / Julien, J.P. / Wardemann, H.
履歴
登録2017年9月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rpim_I_all / _reflns_shell.pdbx_Rpim_I_all
改定 1.32024年4月3日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 663 Antibody, light chain
B: 663 Antibody, heavy chain
C: 663 Antibody, light chain
D: 663 Antibody, heavy chain
E: Circumsporozoite protein NANP 5-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,5317
ポリマ－97,3475
非ポリマー1842
水00
1
A: 663 Antibody, light chain
B: 663 Antibody, heavy chain
E: Circumsporozoite protein NANP 5-mer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,7654
ポリマ－49,6733
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area19880 Å2
手法PISA
2
C: 663 Antibody, light chain
D: 663 Antibody, heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7653
ポリマ－47,6732
非ポリマー921
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3450 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)179.815, 132.674, 51.020
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: 抗体 663 Antibody, light chain


分子量: 23881.609 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 663 Antibody, heavy chain


分子量: 23791.713 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Circumsporozoite protein NANP 5-mer


分子量: 2000.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P02893*PLUS
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100 mM tri-sodium citrate pH 5.5, 20% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→40 Å / Num. obs: 20694 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 7.07
反射 シェル解像度: 3.15→3.25 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1829 / Rpim(I) all: 0.347 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
XDSデータ削減
SHELXPREPデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 663 Fab

解像度: 3.15→38.297 Å / SU ML: 0.47 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 30.12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2735 1026 4.96 %
Rwork0.2345 --
obs0.2365 20687 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→38.297 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6536 0 12 0 6548
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046706
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9259159
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0333964
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551053
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061178
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.15-3.3160.34351440.31162782X-RAY DIFFRACTION100
3.316-3.52360.35181440.29212802X-RAY DIFFRACTION100
3.5236-3.79550.31761470.27612795X-RAY DIFFRACTION100
3.7955-4.1770.2751490.24072811X-RAY DIFFRACTION100
4.177-4.78050.21681410.19942802X-RAY DIFFRACTION100
4.7805-6.01910.25971460.2062816X-RAY DIFFRACTION100
6.0191-38.29980.24931550.20882853X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.15750.90220.21652.7714-0.29933.2894-0.21180.2246-0.8443-0.15740.49210.05160.0623-0.35180.22990.2927-0.0640.00420.3367-0.09520.535218.271338.2244-46.8476
23.24722.00541.91153.7972-0.08132.5306-0.11580.4738-1.2919-0.0573-0.3387-0.7280.86510.2536-0.50690.6805-0.06150.24280.4278-0.25010.527251.954344.9165-54.826
33.81282.84640.11912.666-0.41191.1805-0.0372-0.85260.52190.2344-0.24180.5883-0.9517-0.57720.03880.61370.21730.06290.5505-0.1190.408218.863554.51-31.763
42.58130.06740.21331.9521-0.65271.417-0.19280.46070.0472-0.3286-0.1675-0.20040.02210.12480.20360.4654-0.1291-0.01360.3521-0.05650.183545.906759.9394-54.704
52.1685-0.27332.14170.8598-0.93972.5651-0.1410.20230.32130.00760.26390.5491-0.5437-0.4683-0.16950.80320.25980.00810.9659-0.18161.040718.326100.4118-32.9243
66.47680.8396-0.32223.43111.18194.3249-0.0206-0.0490.6397-0.2181-0.1757-0.0738-0.91460.19740.09860.4276-0.0426-0.0670.25520.01010.278850.91393.8383-21.0996
73.8755-1.6440.18351.7179-1.15852.0577-0.52680.5167-0.19490.1591-0.07950.7424-0.4516-0.84450.59010.7279-0.0028-0.11420.7263-0.3010.859222.891682.9615-46.7581
82.470.4825-1.35661.9195-0.29313.55990.11170.01960.05660.1066-0.1692-0.0356-0.03050.06960.04080.3273-0.08550.00850.1871-0.03330.18744.950379.4968-20.1796
92.9714-1.71764.40164.2554-0.42567.8905-0.9090.0841-0.6914-0.20570.04732.12920.4444-0.4510.30890.4105-0.21110.06330.3409-0.00270.6056.480843.771-31.236
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 113 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 114 through 213 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 106 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 107 through 214 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 3 through 113 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 114 through 213 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 2 through 119 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 120 through 214 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 2 through 8 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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