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- PDB-5b4m: Crystal structure of an Fab against human influenza A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b4m
タイトルCrystal structure of an Fab against human influenza A
要素
  • Fab heavy chain
  • Fab light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Human Influenza A / non-structure 1 / Fab
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Yuan, Y.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of an Fab against human influenza A
著者: Yuan, Y.A.
履歴
登録2016年4月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain
C: Fab heavy chain
D: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,8484
ポリマ－95,8484
非ポリマー00
水00
1
H: Fab heavy chain
L: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9242
ポリマ－47,9242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
2
C: Fab heavy chain
D: Fab light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9242
ポリマ－47,9242
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area19910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.592, 90.940, 81.442
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.21, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11H
21C
12L
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGHA1 - 2211 - 221
21ARGARGCC1 - 2211 - 221
12CYSCYSLB1 - 2181 - 218
22CYSCYSDD1 - 2181 - 218

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: 抗体 Fab heavy chain


分子量: 23993.029 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
#2: 抗体 Fab light chain


分子量: 23931.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.25 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 3350, NaCl, Bis-Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→81.38 Å / Num. obs: 27507 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.4→81.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.844 / SU B: 40.151 / SU ML: 0.412 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.2 / ESU R Free: 0.412 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.33796 1477 5.1 %RANDOM
Rwork0.28508 ---
obs0.28785 27507 98.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.122 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.64 Å20 Å2-0.37 Å2
2---2.83 Å20 Å2
3----2.78 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→81.38 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6738 0 0 0 6738
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.026910
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.026276
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5611.9519428
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.022314534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9145874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.7424.357280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.514151090
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3751528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.21064
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0217844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021544
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1380.2293508
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1370.2283507
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.260.3424378
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other0.260.3424379
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.0650.2313402
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.0640.2313402
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other0.1380.3455051
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined1.1781.8587642
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other1.1781.8597643
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11H118850.1
12C118850.1
21L113210.12
22D113210.12
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.465 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.422 115 -
Rwork0.346 1820 -
obs--88.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7993-0.3771-0.18992.05061.07121.34460.0314-0.0696-0.0279-0.0025-0.04110.0311-0.0985-0.02080.00980.1409-0.044-0.01920.50570.03140.473813.3957-1.922921.5759
22.3318-0.7733-1.10291.10160.72591.5033-0.0394-0.15010.02930.00660.0477-0.01480.0290.0144-0.00840.0023-0.0208-0.01730.54470.04130.49323.88133.413935.3431
31.39890.98590.88722.70051.70231.9358-0.03930.03030.0767-0.03990.00830.0442-0.0450.02110.0310.14280.03460.09650.49610.03620.49214.650227.978418.0319
42.53150.33291.2920.32870.33331.9068-0.06510.09250.07210.03440.0282-0.0287-0.09070.17880.0370.11210.02530.04980.49020.01680.54125.926821.7175.2839
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1H1 - 221
2X-RAY DIFFRACTION2L1 - 218
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 221
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 218

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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