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- PDB-5b2p: Crystal structure of Francisella novicida Cas9 in complex with sg... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5b2p | ||||||
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Title | Crystal structure of Francisella novicida Cas9 in complex with sgRNA and target DNA (TGA PAM) | ||||||
![]() |
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![]() | HYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / genome engineering / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
Function / homology | ![]() endonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() synthetic construct (others) ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hirano, H. / Nishimasu, H. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9 Authors: Hirano, H. / Gootenberg, J.S. / Horii, T. / Abudayyeh, O.O. / Kimura, M. / Hsu, P.D. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Hatada, I. / Zhang, F. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 800.3 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 635.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 501.2 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 552.1 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 68.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 102.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
#3: DNA chain | Mass: 9008.811 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemical synthesis Source: (synth.) ![]() |
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#4: DNA chain | Mass: 2770.834 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) ![]() |
-Protein / DNA/RNA hybrid , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 190995.422 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N995A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: U112 / Gene: cas9, FTN_0757 / Plasmid: pE-SUMO / Production host: ![]() ![]() References: UniProt: A0Q5Y3, Hydrolases; Acting on ester bonds |
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#2: DNA/RNA hybrid | Mass: 30301.904 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: in vitro transcription / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 7 types, 1102 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||||
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#6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CA / #9: Chemical | ChemComp-EDO / #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.25 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 9-11% PEG 3350, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 4, 2015 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.7→46.26 Å / Num. obs: 255229 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 14.1 % / Net I/σ(I): 19.6 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]()
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 143.88 Å2 / Biso mean: 47.3789 Å2 / Biso min: 16.44 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→46.259 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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