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Yorodumi- PDB-5b2q: Crystal structure of Francisella novicida Cas9 RHA in complex wit... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5b2q | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Francisella novicida Cas9 RHA in complex with sgRNA and target DNA (TGG PAM) | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | HYDROLASE/RNA/DNA / CRISPR-Cas9 / genome engineering / HYDROLASE-RNA-DNA complex | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationendonuclease activity / defense response to virus / Hydrolases; Acting on ester bonds / DNA binding / RNA binding / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | Francisella tularensis subsp. novicida U112 (bacteria)synthetic construct (others) Francisella tularensis subsp. novicida (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 1.7 Å | ||||||
Authors | Hirano, H. / Nishimasu, H. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Nureki, O. | ||||||
Citation | Journal: Cell / Year: 2016Title: Structure and Engineering of Francisella novicida Cas9 Authors: Hirano, H. / Gootenberg, J.S. / Horii, T. / Abudayyeh, O.O. / Kimura, M. / Hsu, P.D. / Nakane, T. / Ishitani, R. / Hatada, I. / Zhang, F. / Nishimasu, H. / Nureki, O. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5b2q.cif.gz | 799.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5b2q.ent.gz | 635.9 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5b2q.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5b2q_validation.pdf.gz | 521.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5b2q_full_validation.pdf.gz | 552.5 KB | Display | |
| Data in XML | 5b2q_validation.xml.gz | 65.8 KB | Display | |
| Data in CIF | 5b2q_validation.cif.gz | 99.4 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/5b2q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b2/5b2q | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
| ||||||||
| Unit cell |
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Components
-DNA chain , 2 types, 2 molecules CD
| #3: DNA chain | Mass: 8993.800 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: chemical synthesis Source: (synth.) Francisella tularensis subsp. novicida (bacteria) |
|---|---|
| #4: DNA chain | Mass: 2786.833 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically Source: (synth.) Francisella tularensis subsp. novicida (bacteria) |
-Protein / RNA chain , 2 types, 2 molecules AB
| #1: Protein | Mass: 190946.422 Da / Num. of mol.: 1 / Mutation: N995A Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Francisella tularensis subsp. novicida U112 (bacteria)Strain: U112 / Gene: cas9, FTN_0757 / Plasmid: pE-SUMO / Production host: ![]() References: UniProt: A0Q5Y3, Hydrolases; Acting on ester bonds |
|---|---|
| #2: RNA chain | Mass: 30278.863 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Details: in vitro transcription / Source: (synth.) synthetic construct (others) |
-Non-polymers , 7 types, 1043 molecules 












| #5: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| #6: Chemical | ChemComp-NA / #7: Chemical | #8: Chemical | ChemComp-CA / #9: Chemical | ChemComp-EDO / #10: Chemical | #11: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.58 Å3/Da / Density % sol: 52.25 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 5 Details: 9-11% PEG 3350, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium acetate |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SPring-8 / Beamline: BL41XU / Wavelength: 1 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Jun 29, 2015 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 1.7→46.29 Å / Num. obs: 254994 / % possible obs: 98.9 % / Redundancy: 7 % / Net I/σ(I): 20.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 1.7→46.286 Å / SU ML: 0.21 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / Phase error: 21.55
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 147.59 Å2 / Biso mean: 48.8681 Å2 / Biso min: 13.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.7→46.286 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
|
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Controller
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Francisella tularensis subsp. novicida U112 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
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PDBj
































































