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万見
- PDB-5b1l: The mouse nucleosome structure containing H3t -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5b1l
タイトルThe mouse nucleosome structure containing H3t
要素
  • DNA (146-MER)
  • Histone H2A type 1
  • Histone H2B type 3-A
  • Histone H3t
  • Histone H4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN/DNA / chromatin / spermatogenesis / histone-fold / STRUCTURAL PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Transcriptional regulation by small RNAs / chromatin organization => GO:0006325 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere ...: / : / RNA Polymerase I Promoter Opening / RNA Polymerase I Promoter Escape / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Transcriptional regulation by small RNAs / chromatin organization => GO:0006325 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Inhibition of DNA recombination at telomere / Chromatin modifying enzymes / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Interleukin-7 signaling / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Condensation of Prophase Chromosomes / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Metalloprotease DUBs / Cleavage of the damaged purine / HDACs deacetylate histones / PRC2 methylates histones and DNA / UCH proteinases / Processing of DNA double-strand break ends / HATs acetylate histones / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / PKMTs methylate histone lysines / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / RMTs methylate histone arginines / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / Estrogen-dependent gene expression / Oxidative Stress Induced Senescence / Ub-specific processing proteases / protein localization to CENP-A containing chromatin / CENP-A containing nucleosome / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / protein heterodimerization activity / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A ...Histone, subunit A / Histone, subunit A / : / Histone H2B signature. / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2B / Histone H2B / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / Histone 2A / Histone H2A / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / Histone H4 / Histone H4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / Histone H2A type 1-B / Histone H2A type 1-B / Histone H4 / Histone H3.1 / H2B.U histone 2
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Urahama, T. / Machida, S. / Horikoshi, N. / Osakabe, A. / Tachiwana, H. / Taguchi, H. / Kurumizaka, H.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
the Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (MEXT)25116002 日本
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2017
タイトル: Testis-Specific Histone Variant H3t Gene Is Essential for Entry into Spermatogenesis
著者: Ueda, J. / Harada, A. / Urahama, T. / Machida, S. / Maehara, K. / Hada, M. / Makino, Y. / Nogami, J. / Horikoshi, N. / Osakabe, A. / Taguchi, H. / Tanaka, H. / Tachiwana, H. / Yao, T. / ...著者: Ueda, J. / Harada, A. / Urahama, T. / Machida, S. / Maehara, K. / Hada, M. / Makino, Y. / Nogami, J. / Horikoshi, N. / Osakabe, A. / Taguchi, H. / Tanaka, H. / Tachiwana, H. / Yao, T. / Yamada, M. / Iwamoto, T. / Isotani, A. / Ikawa, M. / Tachibana, T. / Okada, Y. / Kimura, H. / Ohkawa, Y. / Kurumizaka, H. / Yamagata, K.
履歴
登録2015年12月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone H3t
B: Histone H4
C: Histone H2A type 1
D: Histone H2B type 3-A
E: Histone H3t
F: Histone H4
G: Histone H2A type 1
H: Histone H2B type 3-A
I: DNA (146-MER)
J: DNA (146-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)203,31727
ポリマ－202,46110
非ポリマー85617
水4,053225
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area59140 Å2
ΔGint-506 kcal/mol
Surface area70960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.968, 107.425, 167.332
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain E
12chain B
22chain F
13chain C
23chain G
14chain D
24chain H
15chain I
25chain J

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROCLCLchain AAA - K38 - 30142
21PROPROCLCLchain EEE - N38 - 30142
12ASNASNHOHHOHchain BBB - CA25 - 21129
22ARGARGHOHHOHchain FFF - GA19 - 22123
13ARGARGCLCLchain CCC - L11 - 30115
23LYSLYSCLCLchain GGG - O15 - 30119
14GLYGLYMNMNchain DDD - M32 - 30136
24ARGARGHOHHOHchain HHH - IA33 - 20737
15DTDTMNMNchain III - U2 - 3062
25DADAMNMNchain JJJ - AA147 - 4061

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

-
要素

-
タンパク質 , 4種, 8分子 AEBFCGDH

#1: タンパク質 Histone H3t


分子量: 15744.451 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Gm12260 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P68433*PLUS
#2: タンパク質 Histone H4


分子量: 11676.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Hist1h4a, Hist1h4b, H4-53, Hist1h4c, H4-12, Hist1h4d, Hist1h4f, Hist1h4h, Hist1h4i, Hist1h4j, Hist1h4k, Hist1h4m, Hist2h4a, Hist2h4, Hist4h4
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109(DE3) / 参照: UniProt: P62806
#3: タンパク質 Histone H2A type 1


分子量: 14447.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
遺伝子: Hist1h2ab, Hist1h2ac, Hist1h2ad, Hist1h2ae, Hist1h2ag, Hist1h2ai, Hist1h2an, Hist1h2ao
プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P22752, UniProt: C0HKE1*PLUS
#4: タンパク質 Histone H2B type 3-A


分子量: 14307.559 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Hist3h2ba / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9D2U9

-
DNA鎖 , 1種, 2分子 IJ

#5: DNA鎖 DNA (146-MER)


分子量: 45053.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEM-T Easy / 発現宿主: Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5[alpha]

-
非ポリマー , 3種, 242分子

#6: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 225 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF HISTONE H3T HAS BEEN REGISTERED IN GENBANK WITH ACCESSION ID EDL07696.1.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 75240 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 40.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.807 / Net I/av σ(I): 20.842 / Net I/σ(I): 5.9 / Num. measured all: 496153
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.35-2.436.70.45474330.8970.190.4930.472100
2.43-2.536.70.37274210.9230.1550.4040.5100
2.53-2.656.30.29474260.9510.1270.3210.534100
2.65-2.796.70.23674620.970.0980.2560.555100
2.79-2.966.60.17774480.9820.0750.1930.594100
2.96-3.196.90.12274930.9930.050.1320.661100
3.19-3.516.70.0875010.9970.0330.0870.827100
3.51-4.026.40.0775500.9960.030.0761.017100
4.02-5.066.60.06176060.9960.0250.0661.21100
5.06-506.30.05879000.9980.0250.0631.69899.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000704yデータ収集
HKL-2000704yデータスケーリング
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER2.5.6位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CV5

2cv5


解像度: 2.35→41.833 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2429 3771 5.03 %Random selection
Rwork0.1969 71148 --
obs0.1993 74919 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.87 Å2 / Biso mean: 48.1914 Å2 / Biso min: 14.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→41.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5980 5942 17 225 12164
Biso mean--59.06 39.35 -
残基数----1043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.26118430
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0562095
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081327
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d29.2055246
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A954X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
12E954X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
21B740X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
22F740X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
31C960X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
32G960X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
41D836X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
42H836X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
51I2874X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
52J2874X-RAY DIFFRACTION7.978TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.3501-2.37980.331230.237226262749
2.3798-2.41110.33651350.245626112746
2.4111-2.44410.2821430.239226032746
2.4441-2.4790.27941410.239325862727
2.479-2.5160.34761290.225526272756
2.516-2.55540.26891330.232526132746
2.5554-2.59720.29061360.234525882724
2.5972-2.6420.28931360.238426052741
2.642-2.69010.31591410.243626092750
2.6901-2.74180.32751320.242426322764
2.7418-2.79770.27211420.242725802722
2.7977-2.85860.27431300.24826512781
2.8586-2.9250.32161280.250226322760
2.925-2.99820.28161390.254826072746
2.9982-3.07920.28481540.228426062760
3.0792-3.16980.25291450.219926092754
3.1698-3.27210.23681350.204326292764
3.2721-3.3890.25871590.202526002759
3.389-3.52460.23341460.195526352781
3.5246-3.68490.2361560.190726222778
3.6849-3.8790.23671330.192226522785
3.879-4.12190.23181510.181926412792
4.1219-4.43980.1981390.161926682807
4.4398-4.8860.20891260.16326832809
4.886-5.59160.20811500.170426792829
5.5916-7.03940.21191440.18127202864
7.0394-41.83960.18961450.149428342979

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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