PDB-5app: Actinobacillus actinomycetemcomitans OMP100 residues 133-198 fuse...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5app

タイトル

Actinobacillus actinomycetemcomitans OMP100 residues 133-198 fused to GCN4 adaptors

要素

General control protein GCN4,GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, OUTER MEMBRANE PROTEIN 100,General control protein GCN4

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / FUSION PROTEIN / ALPHA/BETA COILED COIL / BETA LAYER / TRIMER / CHIMERA

機能・相同性

機能・相同性情報

FCERI mediated MAPK activation / protein localization to nuclear periphery / Activation of the AP-1 family of transcription factors / response to amino acid starvation / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / positive regulation of cellular response to amino acid starvation / mediator complex binding / Oxidative Stress Induced Senescence / TFIID-class transcription factor complex binding / amino acid biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

AGGREGATIBACTER ACTINOMYCETEMCOMITANS D11S-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Hartmann, M.D. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: alpha / beta coiled coils.
著者: Hartmann, M.D. / Mendler, C.T. / Bassler, J. / Karamichali, I. / Ridderbusch, O. / Lupas, A.N. / Hernandez Alvarez, B.

履歴

登録	2015年9月17日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月15日	Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.2	2019年9月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_database_status / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_fragment / _entity.pdbx_mutation / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_seq_type / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5app.cif.gz	156.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5app.ent.gz	125.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5app.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5app_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5app_full_validation.pdf.gz	449.7 KB	表示
XML形式データ	5app_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	5app_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5app ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/5app	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5apqC 5apsC 5aptC 5apuC 5apvC 5apwC 5apxC 5apyC 5apzC 2wpqS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6gak-d 6gaj-d 2fxo-2 4zku-2 6f5x-1 4zkp-2 2988 4zku-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (9) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (4)

登録構造単位

A: General control protein GCN4,GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, OUTER MEMBRANE PROTEIN 100,General control protein GCN4

B: General control protein GCN4,GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, OUTER MEMBRANE PROTEIN 100,General control protein GCN4

C: General control protein GCN4,GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, OUTER MEMBRANE PROTEIN 100,General control protein GCN4

ヘテロ分子

46.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	62.130, 35.860, 198.510
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 96.02, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
1	2	A
2	2	B
3	2	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 182
2	1	1	5	B	1 - 182
3	1	1	5	C	1 - 182
1	1	2	5	A	191 - 231
2	1	2	5	B	191 - 231
3	1	2	5	C	191 - 231

NCSアンサンブル:

ID
1
2

NCS oper:

ID	Code	Matrix	ベクター
1	given	(1), (1), (1)
2	given	(-0.493852, 0.869529, -0.005477), (-0.8695, -0.493881, -0.007121), (-0.008897, 0.001246, 0.99996)	-15.94932, -9.46532, -0.13238
3	given	(-0.533148, -0.845993, -0.007004), (0.846017, -0.533097, -0.007904), (0.002953, -0.010139, 0.999944)	-16.46849, 8.4553, -0.04291

#1: タンパク質	General control protein GCN4,GENERAL CONTROL PROTEIN GCN4, OUTER MEMBRANE PROTEIN 100,General control protein GCN4 / Amino acid biosynthesis regulatory protein 分子量: 15441.728 Da / 分子数: 3 断片: UNP RESIDUES P03069 250-277, G4B386 133-199, P03069 250-277,UNP RESIDUES P03069 250-277, G4B386 133-199, P03069 250-277,UNP RESIDUES P03069 250-277, G4B386 133-199, P03069 250-277 変異: YES,YES,YES / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母), (組換発現) AGGREGATIBACTER ACTINOMYCETEMCOMITANS D11S-1 (バクテリア) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: GCN4, AAS3, ARG9, YEL009C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P03069
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50 % / 解説: NONE
結晶化	詳細: 0.1 M TRI-SODIUM CITRATE PH 5.5, 2 %(V/V) DIOXANE 15 %(W/V) PEG 10,000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X10SA / 波長: 0.9786

検出器

タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2008年2月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9786 Å / 相対比: 1

Reflection twin

Crystal-ID	ID	Operator	Domain-ID	Fraction
1	1	H, K, L	1	0.315
1	1	1/2H-3/2K, -1/2H-1/2K, -1/2H+1/2K-L	2	0.343
1	1	1/2H+3/2K, 1/2H-1/2K, -1/2H-1/2K-L	3	0.342

反射

解像度: 2.3→32.9 Å / Num. obs: 18247 / % possible obs: 92.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.84 % / R_merge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 14

反射シェル

解像度: 2.3→2.44 Å / 冗長度: 2.52 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2WPQ

2wpq

解像度: 2.3→32.9 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.942 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 10.99 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.085 / ESU R Free: 0.054 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25407	956	5.2 %	RANDOM
R_work	0.22478	-	-	-
obs	0.22628	17278	92.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 57.347 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	27.89 Å²	0 Å²	-1.57 Å²
2-	-	18.44 Å²	0 Å²
3-	-	-	-46.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→32.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2935	0	5	35	2975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.061	1.961	3958
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.743	3	6820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.573	5	380
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.03	26.172	128
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	19.997	15	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.199	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	485
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3307
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	584
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.761	4.644	1529
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.756	4.644	1528
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.649	6.96	1906
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.812	4.795	1418
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	467	medium positional	0.25	0.5
1	2	B	467	medium positional	0.25	0.5
1	3	C	467	medium positional	0.26	0.5
2	1	A	246	medium positional	0.25	0.5
2	2	B	246	medium positional	0.25	0.5
2	3	C	246	medium positional	0.24	0.5
1	1	A	662	loose positional	0.57	5
1	2	B	662	loose positional	0.52	5
1	3	C	662	loose positional	0.51	5
2	1	A	393	loose positional	0.51	5
2	2	B	393	loose positional	0.6	5
2	3	C	393	loose positional	0.57	5
1	1	A	467	medium thermal	1.88	2
1	2	B	467	medium thermal	1.99	2
1	3	C	467	medium thermal	2.46	2
2	1	A	246	medium thermal	1.79	2
2	2	B	246	medium thermal	2.34	2
2	3	C	246	medium thermal	1.94	2
1	1	A	662	loose thermal	2.99	10
1	2	B	662	loose thermal	2.73	10
1	3	C	662	loose thermal	3.13	10
2	1	A	393	loose thermal	2.13	10
2	2	B	393	loose thermal	3.11	10
2	3	C	393	loose thermal	2.94	10

LS精密化シェル

解像度: 2.303→2.363 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.334	83	-
R_work	0.239	1101	-
obs	-	-	82.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.3279	0.0233	0.4019	0.1119	-0.2779	7.7307	-0.0079	-0.0439	-0.0293	0.0392	0.0021	0.0024	0.0622	-0.0263	0.0058	0.0199	0.0043	0.0081	0.0066	0.0105	0.1641	-12.3177	-0.0902	-59.5933
2	5.4051	-0.9536	4.1964	8.0634	-4.2877	4.8571	-0.2006	-0.0631	0.1117	-0.4267	0.2002	0.3171	0.0306	-0.1204	0.0004	0.3543	-0.0073	-0.0622	0.2642	-0.0564	0.4609	-11.6173	-5.4699	7.2279
3	0.7732	-0.1124	-0.7635	1.1309	2.7587	8.7179	-0.0467	0.0726	-0.006	-0.0097	-0.1346	0.0405	0.199	-0.1892	0.1813	0.0469	0.0071	0.0091	0.0444	0.0084	0.165	-14.6724	2.1133	45.2346
4	0.2923	-0.0848	-0.323	0.2351	0.6661	8.2359	-0.0173	-0.0312	-0.0338	0.0476	-0.038	-0.0297	-0.0183	-0.127	0.0553	0.0136	-0.0069	-0.0027	0.0139	0.0109	0.1613	-9.674	-1.5293	-60.2487
5	11.2969	-0.3022	-6.4835	1.6246	0.607	3.8395	0.3093	-0.2834	0.0004	0.1237	-0.4486	0.4297	-0.1402	0.0547	0.1393	0.1872	0.0003	0.0006	0.2846	-0.0169	0.3357	-4.7859	1.2527	7.2883
6	0.9493	0.1656	-1.7944	0.4851	-0.7316	8.4149	-0.065	0.0448	-0.0268	-0.0496	-0.0956	-0.0149	-0.0417	0.1686	0.1607	0.0406	-0.0072	0.0099	0.0608	-0.0111	0.1579	-10.2965	-4.9028	46.1446
7	0.2653	0.0789	-0.5554	0.2424	-0.4579	7.3638	-0.0292	-0.0751	-0.0051	0.0369	-0.0435	-0.012	-0.1036	-0.0534	0.0728	0.0151	0.0073	0.0077	0.034	-0.0118	0.1571	-9.7712	1.7254	-60.4682
8	1.3197	-0.1737	-0.2419	0.0301	0.023	0.0555	-0.0404	0.1755	-0.0035	0.0087	-0.0166	-0.0425	0.0077	-0.0325	0.057	0.1351	0.0024	-0.0142	0.1422	0.0016	0.2608	-14.1638	4.1862	7.3588
9	0.9446	-0.1028	2.0848	1.1902	-1.4893	8.3935	-0.196	0.089	0.0467	0.0069	-0.1402	-0.0017	-0.3205	0.0789	0.3362	0.0575	-0.0085	0.0188	0.0758	-0.0023	0.1672	-6.0502	2.8769	45.6843

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 182
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	183 - 190
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	191 - 231
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 182
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	183 - 190
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	191 - 231
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	1 - 182
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	183 - 190
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	191 - 231

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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