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- PDB-6gak: Crystal structure of the T1L reovirus sigma1 coiled coil tail (ch... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6gak
タイトルCrystal structure of the T1L reovirus sigma1 coiled coil tail (chloride)
要素Outer capsid protein sigma-1
キーワードVIRAL PROTEIN / cell attachment protein / reovirus sigma1 / coiled coil
機能・相同性Viral attachment sigma 1, reoviral / Reovirus viral attachment protein sigma 1 / Adenovirus pIV-like, attachment domain / viral outer capsid / viral capsid / cell adhesion / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / Outer capsid protein sigma-1
機能・相同性情報
生物種Mammalian orthoreovirus 1 Lang (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.43 Å
データ登録者Dietrich, M.H. / Stehle, T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 AI118887 米国
引用ジャーナル: J. Virol. / : 2018
タイトル: Structural and Functional Features of the Reovirus sigma 1 Tail.
著者: Dietrich, M.H. / Ogden, K.M. / Long, J.M. / Ebenhoch, R. / Thor, A. / Dermody, T.S. / Stehle, T.
履歴
登録2018年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年4月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32022年3月30日Group: Author supporting evidence / Data collection / Database references
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein sigma-1
B: Outer capsid protein sigma-1
C: Outer capsid protein sigma-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,9615
ポリマ-42,8913
非ポリマー712
12,214678
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15210 Å2
ΔGint-148 kcal/mol
Surface area20590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.370, 37.190, 94.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.66, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Outer capsid protein sigma-1 / Sigma1 / Cell attachment protein / Hemagglutinin


分子量: 14296.860 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mammalian orthoreovirus 1 Lang (ウイルス)
遺伝子: S1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04506
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 678 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 10.5 / 詳細: 20% PEG8000, 0.1M CHAPS pH 10.5, 0.2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.43→41.66 Å / Num. obs: 67336 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 13.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.43→1.52 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 10431 / CC1/2: 0.964 / Rrim(I) all: 0.714 / % possible all: 96.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6GAJ
解像度: 1.43→20.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9261 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9143 / SU R Cruickshank DPI: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.078 / SU Rfree Blow DPI: 0.08 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.075
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2222 3410 5.07 %RANDOM
Rwork0.1845 ---
obs0.1864 67233 99.33 %-
原子変位パラメータBiso mean: 21.32 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.4702 Å20 Å29.5951 Å2
2--1.687 Å20 Å2
3----5.1571 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.182 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.43→20.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3100 0 2 678 3780
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealRestraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0153145HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.154336HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1241SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes100HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes504HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3145HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.45
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.39
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion497SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4531SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.43→1.47 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2779 231 5 %
Rwork0.2579 4389 -
all0.259 4620 -
obs--99.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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