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- PDB-4p99: Ca2+-stabilized adhesin helps an Antarctic bacterium reach out an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4p99
タイトルCa2+-stabilized adhesin helps an Antarctic bacterium reach out and bind ice
要素MpAFP_RII tetra-tandemer
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Ca2+-dependent / bacterial Ig-like fold / ice-binding adhesin / extender domain
機能・相同性: / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / metal ion binding / MpAFP_RII tetra-tandemer
機能・相同性情報
生物種Marinomonas primoryensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Guo, S. / Vance, D.R.T. / Campbell, R.L. / Davies, P.L.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)394878 カナダ
引用ジャーナル: Biosci.Rep. / 年: 2014
タイトル: Ca2+-stabilized adhesin helps an Antarctic bacterium reach out and bind ice.
著者: Vance, T.D. / Olijve, L.L. / Campbell, R.L. / Voets, I.K. / Davies, P.L. / Guo, S.
履歴
登録2014年4月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22015年2月4日Group: Derived calculations
改定 1.32020年1月8日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Other / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_database_status / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年12月27日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MpAFP_RII tetra-tandemer
B: MpAFP_RII tetra-tandemer
C: MpAFP_RII tetra-tandemer
D: MpAFP_RII tetra-tandemer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,378156
ポリマ－170,4804
非ポリマー7,898152
水32,4991804
1
A: MpAFP_RII tetra-tandemer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,24336
ポリマ－42,6201
非ポリマー1,62335
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MpAFP_RII tetra-tandemer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,55341
ポリマ－42,6201
非ポリマー1,93340
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MpAFP_RII tetra-tandemer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,08843
ポリマ－42,6201
非ポリマー2,46842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MpAFP_RII tetra-tandemer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,49536
ポリマ－42,6201
非ポリマー1,87535
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.464, 47.469, 191.161
Angle α, β, γ (deg.)90.04, 90.01, 90.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABCD

#1: タンパク質
MpAFP_RII tetra-tandemer


分子量: 42620.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Marinomonas primoryensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL 21 / 参照: UniProt: A0A075B5G5*PLUS
#4: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 4種, 1953分子

#2: 化合物...
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物...
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 44 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1804 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.2 M calcium chloride, 0.1 M MES (pH 6) and 20% (w/v) PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 148953

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: (phenix.refine: 1.8.4_1496) / 分類: 精密化
精密化解像度: 1.8→47.469 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2571 7473 5.02 %
Rwork0.2205 --
obs0.2223 148953 96.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→47.469 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11272 0 348 1804 13424
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01811581
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.44315911
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7593672
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0942127
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062101
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82060.36882430.34094357X-RAY DIFFRACTION86
1.8206-1.8420.35392150.30084480X-RAY DIFFRACTION95
1.842-1.86450.32032380.29744706X-RAY DIFFRACTION95
1.8645-1.88810.35192400.29254664X-RAY DIFFRACTION95
1.8881-1.91290.3082390.28924684X-RAY DIFFRACTION95
1.9129-1.93910.32082360.27414557X-RAY DIFFRACTION95
1.9391-1.96680.29412710.25584822X-RAY DIFFRACTION95
1.9668-1.99620.2642200.24444597X-RAY DIFFRACTION96
1.9962-2.02740.28972500.24154724X-RAY DIFFRACTION96
2.0274-2.06060.26442560.24114678X-RAY DIFFRACTION96
2.0606-2.09610.26822500.23454676X-RAY DIFFRACTION96
2.0961-2.13420.28852550.2334639X-RAY DIFFRACTION96
2.1342-2.17530.25762330.22534840X-RAY DIFFRACTION96
2.1753-2.21970.2712700.22384590X-RAY DIFFRACTION96
2.2197-2.2680.2792250.23044798X-RAY DIFFRACTION96
2.268-2.32070.28882530.22554684X-RAY DIFFRACTION96
2.3207-2.37880.2882390.22264824X-RAY DIFFRACTION97
2.3788-2.44310.28092280.21574628X-RAY DIFFRACTION97
2.4431-2.5150.26652920.21654812X-RAY DIFFRACTION97
2.515-2.59610.24712640.2134724X-RAY DIFFRACTION97
2.5961-2.68890.26642600.21464712X-RAY DIFFRACTION97
2.6889-2.79660.25192520.21344927X-RAY DIFFRACTION98
2.7966-2.92380.2492330.20584691X-RAY DIFFRACTION98
2.9238-3.07790.26922510.20644746X-RAY DIFFRACTION98
3.0779-3.27070.21352490.19874768X-RAY DIFFRACTION98
3.2707-3.52320.22232620.19184841X-RAY DIFFRACTION98
3.5232-3.87760.24042740.19994774X-RAY DIFFRACTION99
3.8776-4.43830.21622720.1974849X-RAY DIFFRACTION99
4.4383-5.59040.232620.20134853X-RAY DIFFRACTION99
5.5904-47.48550.23582410.22314835X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1544-0.06621.23860.7751-0.53334.91910.0517-0.0316-0.05090.08090.01250.06380.2203-0.2873-0.02990.0991-0.01380.01010.18420.00530.1348-9.2384-24.551430.5718
21.326-0.1814-0.01680.1552-1.38422.65520.07360.0602-0.0989-0.11860.03610.07070.5712-0.0717-0.06070.2708-0.005-0.02360.1334-0.00750.1551-11.8789-24.4077-17.701
30.4693-0.094-1.09680.97320.33644.38890.0485-0.02780.1110.04050.0429-0.0951-0.17840.2525-0.08220.0807-0.02240.00120.1523-0.00340.1333-12.6923-24.7444-65.3162
41.37570.04070.120.79251.02172.86890.0263-0.02680.108-0.11490.0729-0.052-0.49090.135-0.07030.2506-0.0090.01340.1527-0.00520.1493-10.1517-25.096-112.5081
50.527-0.0969-0.28910.224-0.89845.02620.0157-0.06550.0020.03540.02890.0717-0.2783-0.1275-0.04920.17660.02-0.00010.097-0.00390.1386-34.606-2.810178.3439
60.3575-0.0863-0.79991.2997-0.41982.4760.0420.07330.0129-0.09590.07750.0967-0.0637-0.5238-0.07030.15840.0039-0.00840.28420.00990.1501-34.3835-0.044630.3901
70.5657-0.14390.35120.64741.52825.0990.0092-0.068-0.04180.01920.0274-0.04670.3130.1512-0.02420.16090.0216-0.00220.12870.00420.1483-34.90720.7078-17.7412
80.55290.12221.24881.05570.39582.16050.05960.1399-0.0234-0.03350.0909-0.04880.13780.6178-0.08890.15870.01290.01010.294-0.02780.1541-35.1129-1.6349-65.2464
91.1630.1663-1.09790.5592-0.57243.62380.0129-0.03240.05440.05740.03080.05680.0518-0.0306-0.03880.1540.0055-0.0060.1142-0.00350.1608-11.7389-0.9843-56.0147
100.308-0.1637-0.79281.2951.21523.93080.0568-0.03920.01780.00480.0443-0.0617-0.11020.0122-0.10740.09740.008-0.00190.14370.00020.1616-11.2244-0.3684-8.5581
111.00480.21670.92180.71230.56013.93940.0181-0.0159-0.0530.03320.0604-0.0495-0.00080.0841-0.06820.13410.00450.01050.1138-0.00640.1642-10.3205-0.799439.539
120.5025-0.39780.61410.7094-1.04073.31890.0727-0.0036-0.03920.00690.03260.05780.06330.0139-0.08280.1258-0.0056-0.01080.1217-0.01430.1573-10.8458-1.71387.3726
130.7499-0.0386-0.69280.471-0.32874.28270.0398-0.0646-0.0014-0.03510.00920.03070.12230.0272-0.04890.08190.0122-0.00250.21740.00240.1394-32.8558-25.2467-89.7332
140.75120.0048-0.34380.56420.54513.89160.01370.06620.03980.04990.0105-0.00570.026-0.1953-0.00730.2210.0090.01940.09680.00970.1412-35.4791-26.5181-41.9529
150.3284-0.09480.33160.3170.41223.71690.05-0.12850.06030.0103-0.0248-0.0228-0.1047-0.0308-0.02220.0903-0.0072-0.00760.2061-0.00260.1355-36.5915-24.09275.7475
160.6581-0.0560.79210.8179-0.27774.1320.01270.0097-0.01930.05240.01840.00810.01290.1756-0.02810.19190.009-0.00280.08640.00180.1286-34.0688-22.846153.4086
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:104)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 105:210)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 211:312)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 313:416)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 2:104)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 105:210)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 211:313)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 314:416)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:103)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 104:208)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 209:312)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 313:416)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 2:104)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 105:209)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 210:312)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 313:416)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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