PDB-6pgw: Crystal structure of zebrafish Protocadherin-19 EC3-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6pgw

タイトル

Crystal structure of zebrafish Protocadherin-19 EC3-6

要素

Protocadherin-19

キーワード

CELL ADHESION / protocadherin / Pcdh19 / epilepsy / calcium-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

neural tube formation / regulation of neuronal action potential / brain morphogenesis / homophilic cell-cell adhesion / anatomical structure morphogenesis / visual perception / excitatory postsynaptic potential / cell-cell adhesion / postsynapse / cell adhesion ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Cooper, S.R. / Hudson, J.D. / Sotomayor, M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2021
タイトル: A complete Protocadherin-19 ectodomain model for evaluating epilepsy-causing mutations and potential protein interaction sites.
著者: Hudson, J.D. / Tamilselvan, E. / Sotomayor, M. / Cooper, S.R.

履歴

登録	2019年6月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2020年12月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年12月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年10月11日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6pgw.cif.gz	182.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6pgw.ent.gz	142.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6pgw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6pgw_validation.pdf.gz	250.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6pgw_full_validation.pdf.gz	250.1 KB	表示
XML形式データ	6pgw_validation.xml.gz	1.1 KB	表示
CIF形式データ	6pgw_validation.cif.gz	5.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/6pgw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pg/6pgw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iu9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tvb-d 5to5-d 5dzw-d 4p99-4 4p99-1 4p99-3 6pfp-2 6meq-d 5k8r-d 6pfp-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Protocadherin-19

ヘテロ分子

49.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.920, 58.896, 70.956
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 117.97, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Protocadherin-19 分子量: 48832.059 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 227-660 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: pcdh19, wu:fc83e05 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A1L1W7, UniProt: F8W3X3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION 分子量: 40.078 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.49 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 100 mM HEPES, 55% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月31日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→50 Å / Num. obs: 10543 / % possible obs: 86.2 % / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.078 / R_pim(I) all: 0.066 / R_rim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 9.2
反射シェル	解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.229 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 411 / CC_1/2: 0.917 / R_pim(I) all: 0.198 / R_rim(I) all: 0.304 / % possible all: 80.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5IU9

5iu9

解像度: 3→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.836 / SU B: 62.373 / SU ML: 0.506 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.602 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29815	482	5.4 %	RANDOM
R_work	0.21485	-	-	-
obs	0.21939	8441	85.69 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 60.816 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-8.11 Å²	-0 Å²	-1.23 Å²
2-	-	0.19 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.91 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 3→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3295	0	10	18	3323

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	3040
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.474	1.96	4578
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.814	3	7065
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.135	5	426
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.579	25.776	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.175	15	543
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.957	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	531
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	617
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.157	5.104	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.114	5.103	1715
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.597	7.657	2132
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.596	7.658	2133
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.991	5.214	1696
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.991	5.214	1697
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.308	7.784	2447
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.279	96.586	13394
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.279	96.583	13394
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3→3.078 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	30	-
R_work	0.295	573	-
obs	-	-	78.21 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5346	-1.1946	0.1496	1.8218	-0.1418	1.1618	0.021	0.3176	0.0611	-0.1672	-0.0619	-0.0336	0.0296	-0.0996	0.041	0.0576	-0.0078	0.0241	0.0579	-0.0027	0.11	-82.5613	26.6345	-34.7839
2	3.0208	-0.0308	2.05	0.0196	0.0421	1.6187	-0.1006	-0.2143	0.0155	0.0316	0.0246	0.009	0.034	-0.0176	0.076	0.0628	0.0451	0.0356	0.1303	0.0811	0.1221	-46.2439	7.7517	-9.7066
3	3.0782	-0.1187	0.9089	0.0644	-0.0513	1.9189	0.0686	0.2504	0.1927	-0.0223	-0.0787	-0.0203	-0.1065	0.0128	0.0101	0.0197	0.0318	0.0015	0.0929	0.0494	0.1827	0.378	5.1686	9.6752
4	3.4346	-0.8914	1.0317	0.8769	-0.1183	0.504	0.0648	-0.0459	-0.0553	0.0458	0.0316	0.0546	0.0958	-0.0537	-0.0964	0.0954	-0.0216	0.0357	0.0141	0.021	0.124	42.9043	-11.24	27.1619

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	214 - 316
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1007 - 1008
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1016
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	317 - 423
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1009 - 1011
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	424 - 532
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1012 - 1014
8	X-RAY DIFFRACTION	4	A	533 - 640
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1015

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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