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- PDB-5acx: VIM-2-2, Discovery of novel inhibitor scaffolds against the metal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5acx
タイトルVIM-2-2, Discovery of novel inhibitor scaffolds against the metallo- beta-lactamase VIM-2 by SPR based fragment screening
要素BETA-LACTAMASE
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HYDROXIDE ION / 2-(4-fluorophenyl)carbonylbenzoic acid / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Christopeit, T. / Carlsen, T.J.O. / Helland, R. / Leiros, H.K.S.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Discovery of Novel Inhibitor Scaffolds Against the Metallo-Beta-Lactamase Vim-2 by Spr Based Fragment Screening
著者: Christopeit, T. / Carlsen, T.J.O. / Helland, R. / Leiros, H.K.S.
履歴
登録2015年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 1.22018年6月27日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _struct_conn_type.id
改定 2.02019年10月23日Group: Atomic model / Data collection / Other / カテゴリ: atom_site / pdbx_database_status
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _pdbx_database_status.status_code_sf
改定 2.12024年1月10日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-LACTAMASE
B: BETA-LACTAMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,85816
ポリマ－56,8022
非ポリマー1,05714
水11,097616
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-4.6 kcal/mol
Surface area22150 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)101.230, 79.220, 67.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 130.18, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-2008-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 BETA-LACTAMASE


分子量: 28400.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (緑膿菌) / 株: 301-5473 / プラスミド: PDEST14 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase

-
非ポリマー , 5種, 630分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-WL3 / 2-(4-fluorophenyl)carbonylbenzoic acid / 2-(4-フルオロベンゾイル)安息香酸


分子量: 244.218 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H9FO3
#4: 化合物 ChemComp-OH / HYDROXIDE ION / ヒドロキシド


分子量: 17.007 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: HO
#5: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 616 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.57 % / 解説: NONE
結晶化pH: 7.2
詳細: 22-27% PEG 3350, 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 5 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→39.61 Å / Num. obs: 37525 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 16.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1KO3

1ko3


解像度: 1.8→39.61 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1925 1805 4.8 %
Rwork0.1451 --
obs0.1474 37525 99.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3512 0 48 616 4176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043827
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8925261
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5391376
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.032587
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004704
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.84870.22041400.18442737X-RAY DIFFRACTION99
1.8487-1.90310.2181250.18592739X-RAY DIFFRACTION99
1.9031-1.96450.26051200.20632697X-RAY DIFFRACTION97
1.9645-2.03470.25561150.16292778X-RAY DIFFRACTION99
2.0347-2.11620.17411540.15432717X-RAY DIFFRACTION99
2.1162-2.21250.19911400.15322751X-RAY DIFFRACTION99
2.2125-2.32910.22031370.15792693X-RAY DIFFRACTION98
2.3291-2.4750.19511640.13632732X-RAY DIFFRACTION100
2.475-2.66610.18791790.1422713X-RAY DIFFRACTION100
2.6661-2.93430.19881440.13932760X-RAY DIFFRACTION100
2.9343-3.35870.16991540.13182763X-RAY DIFFRACTION100
3.3587-4.23080.18961160.12432793X-RAY DIFFRACTION99
4.2308-39.61960.1621170.13812847X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.5588-0.2416-0.33133.7211-0.18362.80090.1551-0.5559-0.32150.4448-0.01370.10310.6313-0.13220.06220.319-0.0553-0.04650.24190.0420.1645-20.45386.669111.9499
22.09830.20551.15311.0940.34922.59370.0629-0.13210.04230.0307-0.0265-0.0358-0.0374-0.0411-0.01840.1221-0.02350.01680.0789-0.00120.113-23.922319.34333.0824
32.55430.04630.77381.6399-0.06051.50.09340.0247-0.1184-0.0413-0.0119-0.03650.16170.0406-0.06470.12520.0046-0.00720.0684-0.01580.1044-27.11774.3309-3.5726
47.85580.31391.11361.9568-0.1262.39220.0041-0.0112-0.22230.01680.02130.05120.354-0.0733-0.02090.2101-0.0135-0.02760.07490.00120.1688-32.6131-4.3557-4.7377
50.88330.05351.16293.75770.91341.9944-0.0257-0.28870.6663-0.0371-0.0327-0.1267-0.44630.6279-0.00820.1981-0.0413-0.05870.275-0.05480.3686-33.4019-3.37831.9169
62.32960.0556-1.38094.3805-0.73657.6937-0.10770.43670.5606-0.6466-0.105-0.2475-0.35630.47910.17340.1727-0.0219-0.02760.31380.07820.251-35.3177-7.057323.768
73.79431.0372-1.38023.9653-0.02843.3372-0.04750.01490.12540.0442-0.0548-0.08480.15130.54570.12340.07080.0189-0.02140.15270.01780.1459-39.7162-13.016530.7259
81.4241-1.0058-0.7143.3451.8295.8201-0.01210.10520.44510.13250.2441-0.41550.0430.5533-0.19750.11310.0241-0.02190.31240.02190.2855-30.1117-14.56732.4164
92.8394-1.02372.23871.6910.12373.71510.03450.21250.18810.0028-0.1365-0.09630.08870.40490.0790.11610.03050.01330.13760.03650.1556-41.1675-17.066626.1935
103.0181-0.81910.72891.8278-0.09982.50340.04770.363-0.2448-0.11-0.05430.09680.34230.2215-0.00950.16640.0285-0.0050.1286-0.01470.1351-46.7184-22.946121.7611
110.8448-0.51121.34851.3672-0.03084.13850.0276-0.070.02180.0581-0.02220.11130.0369-0.0553-0.00760.0842-0.00680.01880.115-0.00030.1397-52.3241-11.645628.5542
120.77081.18311.92445.22152.71335.6674-0.15580.31140.1626-0.38640.0611-0.2683-0.57810.67090.04740.1689-0.00870.00010.22920.05040.2052-46.7396-0.721316.4366
133.6074-0.3065-0.84773.0551-1.046.1746-0.0341-0.11660.06260.0543-0.07720.3646-0.2204-0.61710.00970.09210.0235-0.03060.1109-0.01740.1789-59.3396-4.193321.8007
144.9597-0.1571-0.82273.03930.4834.6635-0.0512-0.22310.33840.2562-0.0255-0.0682-0.37420.16390.02090.14640.0142-0.03580.0922-0.01740.1261-48.5827-1.847731.5358
154.5994-1.00111.65315.7582-0.50825.2423-0.20980.20950.2421-0.1502-0.0809-0.0454-0.3787-0.17680.19710.12340.0231-0.01150.0741-0.00590.184-53.49973.941717.3732
16-0000-000-0-0-87057.19-177834.7-1655026.5877204621.611329616.2177834.78840.20560.07070.020.26570.05370.3388-44.6895-10.010216.6372
1700-00000-043468.534000-43468.540-00.4751-0.072-0.03640.28570.05010.3244-42.8672-7.763218.9425
180000-00-0000-0-32170.188-032170.1800.34850.0016-0.10730.13860.00950.2779-44.1669-31.003230.4424
19000000-01382.2774-048719.0155805.896-1041866.6329-127237.4972915.34-55805.89590.349-0.0583-0.02490.197-0.01970.2088-34.025910.2723.3519
200000-00-0-0-0-51961.48103302.91791154.831478996.346-358845-103302.91410.3488-0.0662-0.05620.27690.06840.47-31.52638.16045.0781
21000000-0320.6389-0-320.63890-10260.4447-010260.444-00.2018-0.0197-0.02720.12880.0050.2442-20.398230.92190.8714
220-000-00212975.77-32222.53-1602617.3831-912.6373-391.0296-285.3245644260.04-33803.04-212584.74380.2267-0.1433-0.23440.16070.05220.747-18.316730.53940.5364
2300-0000-9595.016-877.74712312.94320-00-110934.112288.3219595.01690.4894-0.0547-0.0466-0.11820.0250.2928-20.873230.30912.9513
240-000-00-80679.09-39536.451062662.4064-11469.9-2657.709-2569.7611-131594370563.45583336.80460.5161-0.0423-0.10330.1751-0.07060.4771-41.9263-30.589630.1234
2500-0000-22612.62-40001.97-41966.3580-00-18782923268.60222612.62310.7041-0.0916-0.1274-0.0212-0.15760.1601-44.6371-30.512432.5486
264.13241.0599-0.75651.83930.83643.80020.1267-0.1228-0.02730.02290.1101-0.53060.45220.5468-0.18560.41790.0775-0.02940.4909-0.0780.499-41.1258-7.509715.5729
271.0375-0.9604-0.11073.45610.04941.2930.1092-0.14490.16390.29240.01710.0115-0.04210.2908-0.05160.42240.0524-0.08450.8048-0.05010.5368-34.74388.1257.0617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 29 THROUGH 76 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 77 THROUGH 190 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 191 THROUGH 279 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 280 THROUGH 296 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'B' AND (RESID 29 THROUGH 51 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'B' AND (RESID 52 THROUGH 64 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'B' AND (RESID 66 THROUGH 88 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 89 THROUGH 103 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 104 THROUGH 124 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 125 THROUGH 180 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 181 THROUGH 222 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 223 THROUGH 238 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 239 THROUGH 252 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 253 THROUGH 279 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 280 THROUGH 297 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 1 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 2 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'B' AND (RESID 3 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'A' AND (RESID 1 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'A' AND (RESID 2 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'A' AND (RESID 3 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'A' AND (RESID 1300 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'A' AND (RESID 1301 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'B' AND (RESID 1300 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'B' AND (RESID 1301 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'A' AND (RESID 1298 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'B' AND (RESID 1298 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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