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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5acx | |||||||||
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タイトル | VIM-2-2, Discovery of novel inhibitor scaffolds against the metallo- beta-lactamase VIM-2 by SPR based fragment screening | |||||||||
![]() | BETA-LACTAMASE | |||||||||
![]() | HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Christopeit, T. / Carlsen, T.J.O. / Helland, R. / Leiros, H.K.S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Discovery of Novel Inhibitor Scaffolds Against the Metallo-Beta-Lactamase Vim-2 by Spr Based Fragment Screening 著者: Christopeit, T. / Carlsen, T.J.O. / Helland, R. / Leiros, H.K.S. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 291.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 241 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 466.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 468.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 28400.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 630分子 








#2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-CL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.57 % / 解説: NONE |
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結晶化 | pH: 7.2 詳細: 22-27% PEG 3350, 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 5 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, pH 7.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→39.61 Å / Num. obs: 37525 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / Biso Wilson estimate: 16.97 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 7.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 99 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 1KO3 解像度: 1.8→39.61 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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