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Yorodumi- PDB-5acv: VIM-2-OX, Discovery of novel inhibitor scaffolds against the meta... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5acv | |||||||||
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Title | VIM-2-OX, Discovery of novel inhibitor scaffolds against the metallo- beta-lactamase VIM-2 by SPR based fragment screening | |||||||||
Components | BETA-LACTAMASE | |||||||||
Keywords | HYDROLASE | |||||||||
Function / homology | Function and homology information antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) | |||||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.963 Å | |||||||||
Authors | Christopeit, T. / Carlsen, T.J.O. / Helland, R. / Leiros, H.K.S. | |||||||||
Citation | Journal: J.Med.Chem. / Year: 2015 Title: Discovery of Novel Inhibitor Scaffolds Against the Metallo-Beta-Lactamase Vim-2 by Spr Based Fragment Screening Authors: Christopeit, T. / Carlsen, T.J.O. / Helland, R. / Leiros, H.K.S. | |||||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5acv.cif.gz | 282.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5acv.ent.gz | 234.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5acv.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5acv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ac/5acv | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 5acuC 5acwC 5acxC 1ko3S C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 28400.832 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) PSEUDOMONAS AERUGINOSA (bacteria) / Strain: 301-5473 / Plasmid: PDEST14 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q9K2N0, beta-lactamase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-ZN / #4: Chemical | ChemComp-CL / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.81 Å3/Da / Density % sol: 31.9 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7.2 Details: 22-27% PEG 3350, 0.2 M MAGNESIUM FORMATE, 5 MM BETA-MERCAPTOETHANOL, PH 7.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: BESSY / Beamline: 14.1 / Wavelength: 0.9184 |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9184 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.96→25.63 Å / Num. obs: 26390 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 16.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 26.5 |
Reflection shell | Resolution: 1.96→2.01 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Mean I/σ(I) obs: 8.1 / % possible all: 88 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 1KO3 Resolution: 1.963→25.632 Å / SU ML: 0.2 / σ(F): 1.34 / Phase error: 19.84 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.963→25.632 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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