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- PDB-5o7n: Beta-lactamase VIM-2 in complex with (2R)-1-(2-Benzyl-3-mercaptop... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5o7n
タイトルBeta-lactamase VIM-2 in complex with (2R)-1-(2-Benzyl-3-mercaptopropanoyl)piperidine-2-carboxylic acid
要素Beta-lactamase VIM-2
キーワードHYDROLASE / Inhibitor / Complex / MBL / Beta-lactamase VIM-2 / (2R)-1-(2-Benzyl-3-mercaptopropanoyl)piperidine-2-carboxylic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase / hydrolase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9NK / FORMIC ACID / Metallo-beta-lactamase type 2
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Buettner, D. / Kramer, J.S. / Pogoryelov, D. / Proschak, E.
引用ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2018
タイトル: Challenges in the Development of a Thiol-Based Broad-Spectrum Inhibitor for Metallo-beta-Lactamases.
著者: Buttner, D. / Kramer, J.S. / Klingler, F.M. / Wittmann, S.K. / Hartmann, M.R. / Kurz, C.G. / Kohnhauser, D. / Weizel, L. / Bruggerhoff, A. / Frank, D. / Steinhilber, D. / Wichelhaus, T.A. / ...著者: Buttner, D. / Kramer, J.S. / Klingler, F.M. / Wittmann, S.K. / Hartmann, M.R. / Kurz, C.G. / Kohnhauser, D. / Weizel, L. / Bruggerhoff, A. / Frank, D. / Steinhilber, D. / Wichelhaus, T.A. / Pogoryelov, D. / Proschak, E.
履歴
登録2017年6月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02018年6月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月3日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase VIM-2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,33322
ポリマ－54,7032
非ポリマー1,63020
水6,089338
1
A: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,16711
ポリマ－27,3511
非ポリマー81510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase VIM-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,16711
ポリマ－27,3511
非ポリマー81510
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)101.989, 79.308, 67.645
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 130.450, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-435-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Beta-lactamase VIM-2


分子量: 27351.303 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: blaVIM-2 / プラスミド: pdest14 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A173FE28

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非ポリマー , 5種, 358分子

#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-9NK / (2~{R})-1-[(2~{S})-2-(phenylmethyl)-3-sulfanyl-propanoyl]piperidine-2-carboxylic acid


分子量: 307.408 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H21NO3S
#4: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 338 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.99 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: The VIM-2 in crystallization buffer (50 mM Tris/HCl pH 7.2, 100 uM ZnCl2 and 150 mM NaCl) was concentrated to 11,4 mg/mL, before 5 % Glycerol was added and the protein was flash frozen in ...詳細: The VIM-2 in crystallization buffer (50 mM Tris/HCl pH 7.2, 100 uM ZnCl2 and 150 mM NaCl) was concentrated to 11,4 mg/mL, before 5 % Glycerol was added and the protein was flash frozen in liquid nitrogen. For crystallisation the thrawed protein solutions was mixed with precipitation solution (34% PEG3350, 0,25 M Mg formate, 5 mM BME + 2.5% of a 1M DMSO inhibitor stock in the drop) in differant ratios. As reservoir precipitation solution without inhibitor was used.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→55.5074 Å / Num. obs: 128072 / % possible obs: 99.13 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 13.97 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.07561 / Rpim(I) all: 0.04672 / Net I/σ(I): 10.74
反射 シェル解像度: 1.5→1.554 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5409 / Mean I/σ(I) obs: 2.17 / Num. unique obs: 12879 / CC1/2: 0.763 / Rpim(I) all: 0.338 / % possible all: 99.62

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
AutoSol位相決定
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.5→55.5074 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.42
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2112 3573 2.79 %Random selection
Rwork0.1869 ---
obs0.1874 128064 99.13 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 68.01 Å2 / Biso mean: 18.2 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→55.5074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3489 0 82 338 3909
Biso mean--22.37 29.79 -
残基数----463
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073730
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9365094
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065574
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006674
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.9941304
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5-1.51970.29151460.28364821100
1.5197-1.54060.27421330.27494798100
1.5406-1.56260.28371450.26014796100
1.5626-1.58590.25021260.25384789100
1.5859-1.61070.27721520.24634816100
1.6107-1.63710.27111280.24324819100
1.6371-1.66530.27141340.24364807100
1.6653-1.69560.29271380.23044826100
1.6956-1.72820.2281420.23034850100
1.7282-1.76350.24831460.22374842100
1.7635-1.80190.27711260.21454800100
1.8019-1.84380.22171430.19884797100
1.8438-1.88990.22091470.18074810100
1.8899-1.9410.20251410.18034803100
1.941-1.99810.18071200.17054820100
1.9981-2.06260.18351480.1711476299
2.0626-2.13630.20161310.1716480599
2.1363-2.22190.22131280.1788478099
2.2219-2.3230.2351350.1862477198
2.323-2.44540.2314122449294
2.4454-2.59870.1753125461894
2.5987-2.79930.18741424795100
2.7993-3.0810.241464832100
3.081-3.52670.18111520.16594801100
3.5267-4.4430.18731400.15134819100
4.443-51.480.17871370.1752482299

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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