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- PDB-5a8k: METHYL-COENZYME M REDUCTASE FROM METHANOTHERMOBACTER WOLFEII AT 1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a8k
タイトルMETHYL-COENZYME M REDUCTASE FROM METHANOTHERMOBACTER WOLFEII AT 1.4 A RESOLUTION
要素(METHYL-COENZYME M ...) x 3
キーワードTRANSFERASE / POST-TRANSLATIONAL MODIFICATION / BINDING SITES / CATALYSIS / COENZYMES / DISULFIDES / HYDROGEN / HYDROGEN BONDING / LIGANDS / MESNA / METALLOPORPHYRINS / METHANE / METHANOBACTERIUM / MODELS / MOLECULAR / NICKEL / OXIDATION-REDUCTION / OXIDOREDUCTASES / PHOSPHOTHREONINE / PROTEIN CONFORMATION / PROTEIN FOLDING / PROTEIN STRUCTURE
機能・相同性
機能・相同性情報


coenzyme-B sulfoethylthiotransferase / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase activity / methanogenesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal ...Methyl-coenzyme M Reductase; Chain B, domain 2 / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Methyl-coenzyme M Reductase; Chain A, domain 1 / Alpha-Beta Plaits - #470 / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit / Methyl coenzyme M reductase, alpha subunit / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, beta subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, gamma subunit superfamily / Methyl-coenzyme M reductase gamma subunit / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase beta subunit, N-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha/beta subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, ferredoxin-like fold / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, C-terminal / Methyl-coenzyme M reductase, alpha subunit, N-terminal subdomain 2 / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, C-terminal domain / Methyl-coenzyme M reductase alpha subunit, N-terminal domain / Lambda Exonuclease; Chain A / Alpha-Beta Plaits / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-ETHOXYETHANOL / FACTOR 430 / : / Coenzyme B / Methyl-coenzyme M reductase subunit beta / Methyl-coenzyme M reductase subunit gamma / coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種METHANOTHERMOBACTER WOLFEII (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Wagner, T. / Ermler, U.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Didehydroaspartate Modification in Methyl-Coenzyme M Reductase Catalyzing Methane Formation.
著者: Wagner, T. / Kahnt, J. / Ermler, U. / Shima, S.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22016年9月28日Group: Database references
改定 1.32017年3月29日Group: Non-polymer description
改定 1.42019年5月15日Group: Data collection / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: exptl_crystal_grow / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHYL-COENZYME M REDUCTASE
B: METHYL-COENZYME M REDUCTASE
C: METHYL-COENZYME M REDUCTASE
D: METHYL-COENZYME M REDUCTASE
E: METHYL-COENZYME M REDUCTASE
F: METHYL-COENZYME M REDUCTASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)279,26556
ポリマ－273,4376
非ポリマー5,82850
水44,3532462
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area60860 Å2
ΔGint-246.5 kcal/mol
Surface area60430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.140, 150.540, 187.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.13547, -0.98206, 0.13116), (-0.98241, -0.15031, -0.11077), (0.1285, -0.11384, -0.98515)40.98948, 50.71066, 25.09539
2given(0.13274, -0.98244, 0.13111), (-0.98248, -0.14788, -0.11342), (0.13082, -0.11375, -0.98486)41.17384, 50.74581, 25.05123
3given(0.13576, -0.98181, 0.13275), (-0.98263, -0.15054, -0.10851), (0.12652, -0.11572, -0.98519)40.83729, 50.66264, 25.28807

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要素

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METHYL-COENZYME M ... , 3種, 6分子 ADBECF

#1: タンパク質 METHYL-COENZYME M REDUCTASE


分子量: 60666.656 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 由来: (天然) METHANOTHERMOBACTER WOLFEII (古細菌)
参照: UniProt: H7CHY1*PLUS, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#2: タンパク質 METHYL-COENZYME M REDUCTASE


分子量: 47324.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 由来: (天然) METHANOTHERMOBACTER WOLFEII (古細菌)
参照: UniProt: A0A1C7D1E2*PLUS, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase
#3: タンパク質 METHYL-COENZYME M REDUCTASE


分子量: 28727.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: GERMAN COLLECTION OF MICROORGANISMS (DSM) / 由来: (天然) METHANOTHERMOBACTER WOLFEII (古細菌)
参照: UniProt: A0A1C7D1E3*PLUS, coenzyme-B sulfoethylthiotransferase

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非ポリマー , 8種, 2512分子

#4: 化合物 ChemComp-COM / 1-THIOETHANESULFONIC ACID / 2-メルカプトエタンスルホン酸


分子量: 142.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O3S2
#5: 化合物 ChemComp-TP7 / Coenzyme B / 7-MERCAPTOHEPTANOYLTHREONINEPHOSPHATE / N-(7-メルカプトヘプタノイル)-O-ホスホノ-L-トレオニン


分子量: 343.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO7PS
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#8: 化合物 ChemComp-F43 / FACTOR 430


分子量: 906.580 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C42H51N6NiO13
#9: 化合物...
ChemComp-ETX / 2-ETHOXYETHANOL / 2-エトキシエタノ-ル


分子量: 90.121 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O2
#10: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細METHANOTHERMOBACTER WOLFEII GENOME SEQUENCING IS ACTUALLY IN PROGRESS AND WILL BE RELEASED SOON. ...METHANOTHERMOBACTER WOLFEII GENOME SEQUENCING IS ACTUALLY IN PROGRESS AND WILL BE RELEASED SOON. THE SEQUENCE OF THIS STRUCTURE HAS BEEN CONFIRMED BY THE EARLY SEQUENCED INFORMATION

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.35 % / 解説: NONE
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 37% (V/V) 2-ETHOXYETHANOL, 50 MM CALCIUM ACETATE, AND 100 MM HEPES PH 7.0 AT 8 DEGREE CELSIUS

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データ収集

回折平均測定温度: 77 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97798
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97798 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→48.47 Å / Num. obs: 453580 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 10.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 10.7
反射 シェル解像度: 1.41→1.49 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3POT

3pot


解像度: 1.41→48.467 Å / SU ML: 0.11 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 12.31 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: CONSIDERING THE RESOLUTION HYDROGEN REFINEMENT MODEL HAS BEEN USED WITH THE RIDING MODE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1397 22739 5 %
Rwork0.1138 --
obs0.1151 453249 99.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 13.028 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→48.467 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19135 0 354 2462 21951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0120302
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.41227603
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3377692
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0583018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0083663
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.41-1.4260.22337690.181114286X-RAY DIFFRACTION100
1.426-1.44280.23487470.186914165X-RAY DIFFRACTION100
1.4428-1.46040.21677520.179114255X-RAY DIFFRACTION100
1.4604-1.47890.23467170.188514266X-RAY DIFFRACTION100
1.4789-1.49840.18237550.138114271X-RAY DIFFRACTION100
1.4984-1.51890.18747500.142414194X-RAY DIFFRACTION100
1.5189-1.54060.18747680.148514216X-RAY DIFFRACTION100
1.5406-1.56360.17147560.124814252X-RAY DIFFRACTION100
1.5636-1.5880.15357430.115314323X-RAY DIFFRACTION100
1.588-1.6140.15587600.110214262X-RAY DIFFRACTION100
1.614-1.64190.14847360.105914316X-RAY DIFFRACTION100
1.6419-1.67170.14427570.103114238X-RAY DIFFRACTION100
1.6717-1.70390.14068160.097314212X-RAY DIFFRACTION100
1.7039-1.73870.14627240.102714284X-RAY DIFFRACTION100
1.7387-1.77650.13277470.097414322X-RAY DIFFRACTION100
1.7765-1.81780.13697700.096914307X-RAY DIFFRACTION100
1.8178-1.86330.13238000.100314226X-RAY DIFFRACTION100
1.8633-1.91360.13767460.111514349X-RAY DIFFRACTION100
1.9136-1.970.14737390.112614302X-RAY DIFFRACTION100
1.97-2.03350.12897850.099714327X-RAY DIFFRACTION100
2.0335-2.10620.12837200.104714375X-RAY DIFFRACTION100
2.1062-2.19060.12047840.09214307X-RAY DIFFRACTION100
2.1906-2.29030.12627590.098614372X-RAY DIFFRACTION100
2.2903-2.4110.11457360.092814411X-RAY DIFFRACTION100
2.411-2.5620.1187720.095414439X-RAY DIFFRACTION100
2.562-2.75980.12267970.101414368X-RAY DIFFRACTION100
2.7598-3.03750.12437620.109114507X-RAY DIFFRACTION100
3.0375-3.4770.13747800.123714563X-RAY DIFFRACTION100
3.477-4.38020.11817230.107714694X-RAY DIFFRACTION100
4.3802-48.49560.14637690.137315101X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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