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- PDB-5a8b: Structure of a parallel dimer of the aureochrome 1a LOV domain fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5a8b
タイトルStructure of a parallel dimer of the aureochrome 1a LOV domain from Phaeodactylum tricornutum
要素PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
キーワードUNKNOWN FUNCTION / AUREOCHROME 1 / PARALLEL LOV DIMER AND FLANKING HELIX.
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily ...PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / Beta-Lactamase / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Ptaureo1a lov2 domain
類似検索 - 構成要素
生物種PHAEODACTYLUM TRICORNUTUM (海洋性珪藻)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.791 Å
データ登録者Banerjee, A. / Herman, E. / Kottke, T. / Essen, L.O.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: Structure of a Native-like Aureochrome 1a LOV Domain Dimer from Phaeodactylum tricornutum.
著者: Ankan Banerjee / Elena Herman / Tilman Kottke / Lars-Oliver Essen /
要旨: Light-oxygen-voltage (LOV) domains absorb blue light for mediating various biological responses in all three domains of life. Aureochromes from stramenopile algae represent a subfamily of ...Light-oxygen-voltage (LOV) domains absorb blue light for mediating various biological responses in all three domains of life. Aureochromes from stramenopile algae represent a subfamily of photoreceptors that differs by its inversed topology with a C-terminal LOV sensor and an N-terminal effector (basic region leucine zipper, bZIP) domain. We crystallized the LOV domain including its flanking helices, A'α and Jα, of aureochrome 1a from Phaeodactylum tricornutum in the dark state and solved the structure at 2.8 Å resolution. Both flanking helices contribute to the interface of the native-like dimer. Small-angle X-ray scattering shows light-induced conformational changes limited to the dimeric envelope as well as increased flexibility in the lit state for the flanking helices. These rearrangements are considered to be crucial for the formation of the light-activated dimer. Finally, the LOV domain of the class 2 aureochrome PtAUREO2 was shown to lack a chromophore because of steric hindrance caused by M301.
履歴
登録2015年7月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
B: PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
C: PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
D: PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,95611
ポリマ－71,9674
非ポリマー1,9887
水57632
1
A: PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
B: PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9325
ポリマ－35,9842
非ポリマー9483
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3810 Å2
ΔGint-30.3 kcal/mol
Surface area12570 Å2
手法PISA
2
C: PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
D: PTAUREO1A LOV2 DOMAIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,0246
ポリマ－35,9842
非ポリマー1,0404
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-25.4 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.391, 75.550, 77.664
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.73, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PTAUREO1A LOV2 DOMAIN


分子量: 17991.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 1GOL
由来: (組換発現) PHAEODACTYLUM TRICORNUTUM (海洋性珪藻)
株: CCAP3/55 UTEX646 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): LYSE / 参照: UniProt: A0A140UHJ0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細JGI ID-49116

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.9 % / 解説: NONE
結晶化pH: 8 / 詳細: 24%(W/V) PEG1500, 20%(V/V) GLYCEROL, pH 8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.3 / 波長: 0.91841
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月19日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: KMC-3 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→38.7 Å / Num. obs: 16065 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(I): 10 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 32.16 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 2.79→2.97 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 308 / % possible all: 94.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3UE6

3ue6


解像度: 2.791→38.7 Å / SU ML: 0.35 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.08 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: DISORDERED REGIONS WERE MODELED STEREOCHEMICALLY
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 794 4.9 %
Rwork0.1703 --
obs0.1733 16065 98.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.791→38.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4150 0 132 32 4314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0094372
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2085957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2671565
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055653
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006779
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7914-2.96620.27841360.20572411X-RAY DIFFRACTION94
2.9662-3.19510.27811280.20982543X-RAY DIFFRACTION100
3.1951-3.51650.2661380.18572574X-RAY DIFFRACTION100
3.5165-4.02480.21651310.16542578X-RAY DIFFRACTION100
4.0248-5.06910.19971270.13832560X-RAY DIFFRACTION99
5.0691-38.70380.19811340.16342606X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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