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- PDB-4kgn: Crystal structure of a tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4kgn
タイトルCrystal structure of a tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase bound to S-adenosyl homocysteine
要素tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / NIAID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / National Institute for Allergy and Infectious Disease / tRNA methyltransferase / trefoil protein knot / 3(1) protein knot / S-adenosyl-methionine-dependent / SAM / S-adenosylhomocysteine / SAH / half-site occupancy
機能・相同性
機能・相同性情報


wobble position cytosine ribose methylation / wobble position uridine ribose methylation / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (5-carboxymethylaminomethyluridine(34)-2'-O)-methyltransferase activity / tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase / RNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a TrmH family tRNA methyltransferase bound to S-adenosyl homocysteine
著者: Edwards, T.E. / Fairman, J.W. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2013年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年5月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
B: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
C: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
D: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
E: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
F: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
G: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
H: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)143,93518
ポリマ－142,1858
非ポリマー1,75010
水7,710428
1
A: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
B: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0025
ポリマ－35,5462
非ポリマー4553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
2
C: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
D: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9664
ポリマ－35,5462
非ポリマー4202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area13440 Å2
手法PISA
3
E: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
F: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0025
ポリマ－35,5462
非ポリマー4553
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
4
G: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
H: tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,9664
ポリマ－35,5462
非ポリマー4202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3130 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area13160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.600, 149.710, 80.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
tRNA (cytidine(34)-2'-O)-methyltransferase / tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmL


分子量: 17773.127 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia pseudomallei (類鼻疽菌)
株: 1710b / 遺伝子: BURPS1710b_0668, trmL / プラスミド: pAVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3JWH1, tRNA (cytidine34-2'-O)-methyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: BupsA.00072.a.A1 PW25076 at 25 mg/mL with 3 mM SAH against Morpheus screen condition G12, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.02 M each carboxylate: sodium formate, ammonium acetate, ...詳細: BupsA.00072.a.A1 PW25076 at 25 mg/mL with 3 mM SAH against Morpheus screen condition G12, 12.5% PEG 1000, 12.5% PEG 3350, 12.5% MPD, 0.02 M each carboxylate: sodium formate, ammonium acetate, trisodium citrate, sodium potassium L-tartrate, sodium oxamate, 0.1 M bicine/Trizma pH 8.5, crystal tracking ID 236960g12, unique puck ID qoj5-3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.889
11-h,-k,l20.111
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 67356 / Num. obs: 66051 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 13.84
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.15-2.210.4612.92197.4
2.21-2.270.3743.55197.3
2.27-2.330.314.28197.7
2.33-2.40.2575.17197.7
2.4-2.480.2196.11197.7
2.48-2.570.1887.05198
2.57-2.670.168.27198.2
2.67-2.780.1389.58198.1
2.78-2.90.10911.66198.2
2.9-3.040.09313.61198.2
3.04-3.210.07217.06198.1
3.21-3.40.0619.95198.3
3.4-3.630.04824.32198
3.63-3.930.04326.45198.7
3.93-4.30.03829.35198.5
4.3-4.810.03532.71198.7
4.81-5.550.03432198.9
5.55-6.80.03629.63199.4
6.8-9.620.02932.99199.3
9.620.02737.15197.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å44.17 Å
Translation3 Å44.17 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→44.17 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 7.872 / SU ML: 0.105 / SU R Cruickshank DPI: 0.2468 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.035 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19333 3346 5.1 %RANDOM
Rwork0.1692 ---
obs0.17043 62704 95.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.742 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-11.72 Å20 Å2-7.22 Å2
2---0.09 Å2-0 Å2
3----11.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→44.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9167 0 110 428 9705
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0199558
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028646
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.421.95113075
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.789319676
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.85151211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.4122.692442
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.379151209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3581581
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21402
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02111197
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022390
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1941.8654883
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.1941.8654882
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9942.7876078
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3031.894675
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.133→2.188 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.236 184 -
Rwork0.2 3178 -
obs--65.66 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9030.2782-0.48481.4043-0.39561.30010.04120.03290.0280.0203-0.072-0.1899-0.02310.15740.03080.00530.00680.01650.07230.00810.146629.55597.44540.6791
20.94490.22610.11631.9241-0.68611.7142-0.0404-0.10160.03810.32440.10970.2185-0.1908-0.0812-0.06930.07590.01470.06330.051-0.00050.12328.89496.072413.0072
31.61140.61590.34672.30420.10721.17040.04080.01470.07420.00130.03080.28580.1148-0.1345-0.07170.049-0.03090.0230.07670.03140.1539-0.7465-32.76627.3643
41.13820.19780.20982.66660.13671.4386-0.0277-0.0059-0.09990.2250.1138-0.2580.10610.0777-0.08610.0640.01220.01940.0575-0.00380.143120.2323-26.942617.1948
51.7698-0.5558-0.621.99780.57881.47540.08070.08640.0004-0.1137-0.02780.2642-0.1241-0.1645-0.05280.02790.03280.01050.10760.02370.1661-0.46775.639-25.329
60.7803-0.05030.08911.75990.24112.2054-0.07520.00450.0965-0.21050.1378-0.1307-0.16490.1324-0.06270.0649-0.00570.02270.0630.00560.12920.65610.4088-35.5196
72.56360.43730.74971.83950.54021.00820.1538-0.0508-0.07110.0828-0.13430.15340.0679-0.1731-0.01940.0354-0.01440.02340.0584-0.00060.12722.642439.648520.3517
81.36020.12160.19071.92920.38111.89430.0555-0.1356-0.08060.36140.0481-0.25710.16590.1487-0.10360.10180.0004-0.03050.0632-0.00890.146843.451341.617731.5375
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 156
2X-RAY DIFFRACTION1A201 - 202
3X-RAY DIFFRACTION2B1 - 156
4X-RAY DIFFRACTION3C0 - 156
5X-RAY DIFFRACTION3C201 - 202
6X-RAY DIFFRACTION4D-1 - 156
7X-RAY DIFFRACTION5E1 - 156
8X-RAY DIFFRACTION5E201 - 202
9X-RAY DIFFRACTION6F-1 - 156
10X-RAY DIFFRACTION7G1 - 156
11X-RAY DIFFRACTION7G201 - 202
12X-RAY DIFFRACTION8H1 - 156

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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