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- PDB-4y95: Crystal structure of the kinase domain of Bruton's tyrosine kinas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y95
タイトルCrystal structure of the kinase domain of Bruton's tyrosine kinase with mutations in the activation loop
要素Non-specific protein-tyrosine kinase
キーワードTRANSFERASE / Btk / kinase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / DAP12 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / B cell affinity maturation / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to interleukin-7 / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK ...FCERI mediated Ca+2 mobilization / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / DAP12 signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / B cell affinity maturation / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / cellular response to interleukin-7 / G alpha (12/13) signalling events / G beta:gamma signalling through BTK / negative regulation of cytokine production / phospholipase activator activity / G alpha (q) signalling events / negative regulation of B cell proliferation / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate binding / phospholipase binding / cell maturation / B cell receptor signaling pathway / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / non-specific protein-tyrosine kinase / T cell receptor signaling pathway / cytoplasmic vesicle / adaptive immune response / intracellular signal transduction / membrane raft / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain ...Tyrosine-protein kinase BTK, SH3 domain / Zinc finger, Btk motif / BTK motif / Zinc finger Btk-type profile. / Bruton's tyrosine kinase Cys-rich motif / PH domain / : / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / PH-like domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, active site / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-746 / BETA-MERCAPTOETHANOL / Tyrosine-protein kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Wang, Q. / Rosen, C.E. / Kuriyan, J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI 091580 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
Cancer Research Institute 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Autoinhibition of Bruton's tyrosine kinase (Btk) and activation by soluble inositol hexakisphosphate.
著者: Wang, Q. / Vogan, E.M. / Nocka, L.M. / Rosen, C.E. / Zorn, J.A. / Harrison, S.C. / Kuriyan, J.
履歴
登録2015年2月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Non-specific protein-tyrosine kinase
B: Non-specific protein-tyrosine kinase
C: Non-specific protein-tyrosine kinase
D: Non-specific protein-tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,17821
ポリマ－124,1794
非ポリマー3,99917
水17,439968
1
A: Non-specific protein-tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7954
ポリマ－31,0451
非ポリマー7503
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Non-specific protein-tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2416
ポリマ－31,0451
非ポリマー1,1965
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Non-specific protein-tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,1495
ポリマ－31,0451
非ポリマー1,1044
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Non-specific protein-tyrosine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,9936
ポリマ－31,0451
非ポリマー9485
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.929, 79.067, 79.178
Angle α, β, γ (deg.)90.730, 89.900, 89.990
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Non-specific protein-tyrosine kinase


分子量: 31044.742 Da / 分子数: 4 / 断片: kinase domain (UNP 395-659)
変異: L542M, S543T, Y545F, V555T, S557T, R562K, S564A, P565S, and Y617P
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 遺伝子: BTK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q3ZC95, non-specific protein-tyrosine kinase

-
非ポリマー , 5種, 985分子

#2: 化合物
ChemComp-746 / 4-tert-butyl-N-[2-methyl-3-(4-methyl-6-{[4-(morpholin-4-ylcarbonyl)phenyl]amino}-5-oxo-4,5-dihydropyrazin-2-yl)phenyl]benzamide / CGI1746 / CGI-1746


分子量: 579.689 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H37N5O4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-BME / BETA-MERCAPTOETHANOL / 2-メルカプトエタノ-ル


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS
#5: 化合物 ChemComp-PE4 / 2-{2-[2-(2-{2-[2-(2-ETHOXY-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHOXY)-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG4000 / ヘプタエチレングリコ-ルモノエチルエ-テル


分子量: 354.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H34O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 968 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium citrate dibasic, 20% PEG 3350 / PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.54→50 Å / Num. obs: 173792 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 18.03 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 0.928 / Net I/av σ(I): 20.563 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 339235
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.54-1.61.90.238150900.860.2380.3360.65182.9
1.6-1.6620.183171760.9070.1830.2590.7194.6
1.66-1.7320.134174320.9470.1340.1890.77495.3
1.73-1.8320.097174780.9730.0970.1370.88295.7
1.83-1.9420.075175030.9810.0750.1061.01696.1
1.94-2.0920.054176740.9890.0540.0761.11196.6
2.09-2.320.043177270.9920.0430.061.14497
2.3-2.6320.035177990.9940.0350.0491.0997.6
2.63-3.321.90.029178930.9960.0290.0411.05198
3.32-501.90.021180200.9970.0210.0290.78598.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化解像度: 1.599→39.586 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 16.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1838 2009 1.28 %
Rwork0.1546 155551 -
obs0.1549 157560 96.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 120.23 Å2 / Biso mean: 26.3631 Å2 / Biso min: 10.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.599→39.586 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8597 0 474 968 10039
Biso mean--32.37 34.84 -
残基数----1063
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4812682
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0731330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061595
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4823552
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.5989-1.63890.2561430.1867106141075792
1.6389-1.68320.23271450.1788109941113995
1.6832-1.73270.15771320.17109091104195
1.7327-1.78870.1911340.1586110431117796
1.7887-1.85260.18111400.1589110921123296
1.8526-1.92680.14791510.1613110281117996
1.9268-2.01450.21971520.1519110801123297
2.0145-2.12070.2081290.1536111991132897
2.1207-2.25350.17841450.1484111661131197
2.2535-2.42750.20741470.1466112121135997
2.4275-2.67170.15621520.1461112341138698
2.6717-3.05820.15741470.1515112701141798
3.0582-3.85250.1631350.1483113171145298
3.8525-39.59790.20831570.1604113931155099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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