PDB-4zz3: Human GAR transformylase in complex with GAR and pemetrexed

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zz3

タイトル

Human GAR transformylase in complex with GAR and pemetrexed

要素

Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3

キーワード

transferase/transferase inhibitor / gar transformylase / antifolate / transferase-transferase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine biosynthetic process / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / phosphoribosylamine-glycine ligase / phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / brainstem development / 'de novo' XMP biosynthetic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.504 Å

データ登録者

Deis, S.M. / Dann III, C.E.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094472	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA166711	米国

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: 6-Substituted Pyrrolo[2,3-d]pyrimidine Thienoyl Regioisomers as Targeted Antifolates for Folate Receptor alpha and the Proton-Coupled Folate Transporter in Human Tumors.
著者: Wang, L. / Wallace, A. / Raghavan, S. / Deis, S.M. / Wilson, M.R. / Yang, S. / Polin, L. / White, K. / Kushner, J. / Orr, S. / George, C. / O'Connor, C. / Hou, Z. / Mitchell-Ryan, S. / Dann, ...

履歴

登録	2015年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.2	2018年6月13日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_radiation / Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zz3.cif.gz	96.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zz3.ent.gz	72 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zz3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zz3_validation.pdf.gz	989.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zz3_full_validation.pdf.gz	991.2 KB	表示
XML形式データ	4zz3_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	4zz3_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zz3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zz/4zz3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zz1C 4zz2C 4yks PDB 未公開エントリS 1mej 1men 1meo 1njs 1rbm 1rbq 1rby 1rbz 1rc0 1rc1 1zlx 1zly 4ew2 4ew3 4zyt 4zyu 4zyv 4zyw 4zyx 4zyy 4zyz 4zz0 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zyz-d 4zyu-d 4zz2-d 4zz1-d 1cde-4 4zz0-d 4zyy-d 1rby-4 4zyw-d 3mjh-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (6)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (4)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.983, 74.983, 100.934
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3 分子量: 22810.139 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 808-1010 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GART, PGFT, PRGS / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: P22102, phosphoribosylamine-glycine ligase, phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1
#2: 化合物	ChemComp-4DW / N-{4-[2-(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-5-yl)ethyl]benzoyl}-L-glutamic acid / pemetrexed 分子量: 425.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₉N₅O₆ / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
#3: 化合物	ChemComp-GAR / GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE 分子量: 284.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃N₂O₈P
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.59 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18 % PEG4000, 2 % PEG400, 0.33 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0001 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2015年1月28日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0001 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 11694 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 35.12 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.025 / R_rim(I) all: 0.072 / Χ²: 0.998 / Net I/av σ(I): 28.24 / Net I/σ(I): 17.5 / Num. measured all: 93726

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	4.9	0.356	542	0.904	0.175	0.398	0.772	99.4
2.54-2.59	5.8	0.329	590	0.942	0.146	0.362	0.764	99.5
2.59-2.64	6.7	0.339	566	0.955	0.139	0.368	0.774	100
2.64-2.69	7.3	0.319	586	0.976	0.124	0.343	0.891	99.3
2.69-2.75	7.6	0.258	562	0.981	0.097	0.276	0.89	99.6
2.75-2.82	7.8	0.225	574	0.984	0.083	0.24	0.973	99.8
2.82-2.89	8	0.181	591	0.99	0.067	0.193	1.015	99.8
2.89-2.96	8.2	0.131	569	0.994	0.048	0.14	0.75	100
2.96-3.05	8.5	0.118	564	0.994	0.043	0.125	0.798	99.1
3.05-3.15	8.5	0.096	594	0.996	0.034	0.102	0.887	100
3.15-3.26	8.4	0.083	575	0.996	0.03	0.089	0.973	100
3.26-3.39	8.5	0.072	584	0.997	0.026	0.077	0.985	100
3.39-3.55	8.6	0.065	582	0.998	0.023	0.07	1.148	100
3.55-3.73	8.6	0.06	596	0.998	0.022	0.064	1.139	100
3.73-3.97	8.8	0.054	582	0.998	0.019	0.058	1.211	99.5
3.97-4.27	8.7	0.054	580	0.997	0.019	0.057	1.128	99.5
4.27-4.7	8.8	0.048	604	0.998	0.017	0.051	1.084	99.8
4.7-5.38	8.9	0.047	597	0.998	0.017	0.05	1.006	99.8
5.38-6.78	8.9	0.052	610	0.998	0.018	0.055	1.071	99.3
6.78-50	8.4	0.058	646	0.995	0.021	0.062	1.321	97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	phenix.refine 1.9	精密化
SCALEPACK	2.5.6	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YKS

4yks
PDB 未公開エントリ

解像度: 2.504→39.848 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.29 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2433	1158	10.01 %
R_work	0.1955	10416	-
obs	0.2002	11574	98.63 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 122.71 Å² / B_iso mean: 48.8973 Å² / B_iso min: 13.46 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.504→39.848 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1469	0	49	27	1545
B_iso mean	-	-	62.88	35.58	-
残基数	-	-	-	-	200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1565
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.695	2137
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.023	256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	276
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.365	556

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.5037-2.6176	0.3101	134	0.2455	1185	1319	91
2.6176-2.7556	0.3077	142	0.2715	1276	1418	100
2.7556-2.9282	0.3206	147	0.2499	1288	1435	100
2.9282-3.1542	0.2832	141	0.2342	1307	1448	100
3.1542-3.4715	0.2641	147	0.2157	1312	1459	100
3.4715-3.9734	0.2319	142	0.1803	1320	1462	100
3.9734-5.0045	0.2186	151	0.1542	1344	1495	100
5.0045-39.8531	0.1799	154	0.1613	1384	1538	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.0325	0.0002	0.755	0.8449	0.9857	1.3568	0.3313	0.4554	-0.0976	-1.2712	0.2025	0.362	0.6003	-0.5171	-0.2738	0.9405	-0.1337	-0.2116	0.404	0.1092	0.3153	71.6227	39.0998	24.0194
2	9.3466	2.0174	5.9487	6.0383	3.1899	8.6064	0.4017	0.2535	-0.5497	-0.3804	-0.1649	-0.4035	0.8187	0.4365	-0.0735	0.5027	-0.0279	0.0043	0.2835	0.091	0.3324	82.5019	42.2332	25.7072
3	5.8432	-0.7619	-1.0063	3.2496	0.9539	3.7139	0.4894	0.3454	-1.6583	-1.045	-0.0865	0.6662	1.0256	-1.4134	-0.238	0.93	-0.2364	-0.3288	0.6449	0.0859	0.7003	65.7516	33.1513	23.7765
4	5.8403	-2.0913	-0.5667	3.6453	-2.3552	2.5685	0.8006	0.1721	-0.2927	-1.0292	0.2847	0.5121	0.7951	-1.2919	-0.5597	0.4404	-0.1612	-0.2127	0.6071	0.2496	0.4764	63.5681	42.1622	27.728
5	2.3387	1.0396	-1.6658	5.4129	-4.1321	8.0906	-0.0155	-0.1498	-0.3528	-0.1055	0.2338	0.2046	0.3637	-0.7718	-0.2318	0.1675	-0.0469	-0.0128	0.3589	0.0163	0.2827	67.3218	55.7836	17.5487
6	4.3411	5.4968	-1.4307	7.633	-1.0863	1.2684	0.4247	0.6067	1.2778	-0.3571	0.8401	0.8644	-0.1736	-1.955	-1.0741	0.3905	-0.0468	-0.0153	0.8379	0.3049	0.6565	60.5129	53.7309	25.8044
7	5.9916	-0.5367	-1.1865	2.4859	1.3763	5.5212	0.0434	0.2646	-0.0466	-0.1175	-0.1394	-0.0153	-0.4643	0.4225	0.1667	0.155	0.0064	-0.018	0.1415	0.02	0.194	75.7284	59.9013	12.7585
8	0.603	-0.4895	0.5477	2.4011	-3.2798	8.3583	0.0103	0.0236	-0.4519	0.0633	0.1114	-0.0649	0.0887	0.4843	-0.0581	0.1844	-0.0514	-0.0163	0.2375	0.0577	0.3031	77.5821	51.4493	18.1484
9	4.15	-0.617	3.0951	8.6651	0.929	7.6496	-0.8902	-1.1996	0.5679	1.6126	0.2467	1.1426	-0.0895	-1.3107	0.4846	0.4657	0.0269	0.0954	0.6002	0.0277	0.4236	71.3005	56.7669	37.3152

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 808 through 818 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 819 through 835 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 836 through 884 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 885 through 906 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 907 through 945 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 946 through 954 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 955 through 968 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 969 through 992 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 993 through 1007 )	A

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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