PDB-4zyu: Human GAR transformylase in complex with GAR and N-{4-[4-(2-Amino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zyu

タイトル

Human GAR transformylase in complex with GAR and N-{4-[4-(2-Amino-4-oxo-3,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidin-6-yl)-butyl]benzoyl}-L-glutamic acid (AGF50)

要素

Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / gar transformylase / antifolate / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

adenine biosynthetic process / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / phosphoribosylamine-glycine ligase / phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / brainstem development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.95 Å

データ登録者

Deis, S.M. / Dann III, C.E.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094472	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA166711	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Enzymatic Analysis of Tumor-Targeted Antifolates That Inhibit Glycinamide Ribonucleotide Formyltransferase.
著者: Deis, S.M. / Doshi, A. / Hou, Z. / Matherly, L.H. / Gangjee, A. / Dann, C.E.

履歴

登録	2015年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zyu.cif.gz	101.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zyu.ent.gz	75.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zyu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/4zyu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/4zyu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4zytC 4zyvC 4zywC 4zyxC 4zyyC 4zyzC 4zz0C 4x74 PDB 未公開エントリS 1mej 1meo 1njs 1rbm 1rbq 1rby 1rbz 1rc0 1rc1 1zlx 1zly 4ew2 4ew3 4zz1 4zz2 4zz3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4zz1-d 4zyw-d 4zz3-d 6eoa-d 4zyy-d 4zyz-d 4zz2-d 4zyv-d 6e87-d 4zz0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (6)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (4)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3

ヘテロ分子

23.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.202, 75.202, 100.971
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3 分子量: 22810.139 Da / 分子数: 1 / 断片: gar transformylase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GART, PGFT, PRGS / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: P22102, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1
#2: 化合物	ChemComp-GAR / GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE 分子量: 284.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-3YA / N-{4-[4-(2-amino-4-oxo-1,4-dihydrothieno[2,3-d]pyrimidin-6-yl)butyl]benzoyl}-L-glutamic acid 分子量: 472.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₄N₄O₆S
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18 % PEG4000, 2 % PEG400, 0.33 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0001 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年8月24日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0001 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 24596 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.29 Å² / R_merge(I) obs: 0.075 / R_pim(I) all: 0.024 / R_rim(I) all: 0.079 / Χ²: 0.967 / Net I/av σ(I): 27.682 / Net I/σ(I): 21 / Num. measured all: 257914

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.95-1.98	7	0.374	1200	0.934	0.149	0.405	0.697	97.3
1.98-2.02	8.1	0.361	1204	0.948	0.137	0.387	0.947	99.7
2.02-2.06	9.2	0.306	1202	0.974	0.107	0.325	0.897	100
2.06-2.1	10.1	0.255	1242	0.988	0.085	0.269	0.845	100
2.1-2.15	10.7	0.231	1215	0.992	0.074	0.242	0.874	100
2.15-2.2	11	0.203	1208	0.992	0.064	0.213	0.922	100
2.2-2.25	11	0.181	1209	0.994	0.057	0.189	0.99	100
2.25-2.31	11.1	0.168	1216	0.993	0.053	0.176	1.116	100
2.31-2.38	11.2	0.133	1236	0.995	0.042	0.139	0.841	100
2.38-2.46	11.1	0.112	1215	0.996	0.035	0.118	0.751	100
2.46-2.54	11.1	0.104	1232	0.997	0.033	0.109	0.817	100
2.54-2.65	11.2	0.093	1214	0.997	0.029	0.098	0.883	100
2.65-2.77	11.1	0.088	1241	0.998	0.027	0.092	0.92	100
2.77-2.91	11.1	0.081	1236	0.996	0.026	0.085	1.017	100
2.91-3.1	11.1	0.079	1227	0.997	0.025	0.082	1.11	100
3.1-3.33	11.1	0.077	1255	0.996	0.024	0.08	1.24	100
3.33-3.67	11	0.074	1247	0.997	0.023	0.078	1.294	100
3.67-4.2	11	0.065	1267	0.997	0.02	0.068	1.098	99.9
4.2-5.29	10.7	0.06	1260	0.997	0.019	0.064	0.99	99.9
5.29-50	9.7	0.058	1270	0.997	0.019	0.061	0.931	93.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	phenix.refine 1.9	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X74

4x74
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.95→39.901 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2071	1983	8.29 %
R_work	0.1789	21943	-
obs	0.1812	23926	96.86 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.63 Å² / B_iso mean: 33.3889 Å² / B_iso min: 7.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.95→39.901 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1491	0	51	124	1666
B_iso mean	-	-	49.86	29.67	-
残基数	-	-	-	-	200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1647
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.078	2253
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	265
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	294
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.656	595

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.9483-1.9971	0.2389	99	0.2249	1077	1176	68
1.9971-2.051	0.2514	134	0.2245	1490	1624	93
2.051-2.1114	0.212	143	0.1973	1591	1734	100
2.1114-2.1795	0.2119	145	0.1838	1583	1728	100
2.1795-2.2574	0.1941	142	0.1785	1618	1760	100
2.2574-2.3478	0.2044	147	0.1742	1605	1752	100
2.3478-2.4547	0.2153	143	0.1916	1579	1722	100
2.4547-2.584	0.2126	144	0.1911	1621	1765	100
2.584-2.7459	0.2088	146	0.199	1607	1753	100
2.7459-2.9579	0.2279	147	0.1949	1595	1742	100
2.9579-3.2554	0.1991	144	0.1888	1654	1798	100
3.2554-3.7262	0.2189	146	0.171	1627	1773	100
3.7262-4.6934	0.1747	156	0.1507	1644	1800	100
4.6934-39.9092	0.2096	147	0.1591	1652	1799	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0334	-1.1544	1.4147	1.6426	-2.7494	5.7194	-0.019	0.4224	0.0231	-0.6761	0.1693	0.4221	0.6576	-0.232	-0.2356	0.4024	-0.1564	-0.1073	0.2629	0.1265	0.2669	34.4147	-25.5499	-26.3368
2	5.1346	1.146	4.1707	0.5951	1.0414	3.4789	0.1204	0.142	-0.3756	-0.1924	-0.0126	-0.1435	0.3925	0.2404	-0.1222	0.2868	-0.0043	0.0048	0.1206	0.0535	0.1742	44.9996	-22.3912	-24.0306
3	5.4265	1.2658	1.1061	0.9133	1.7579	3.8658	-0.1092	0.5879	-0.8066	-0.91	0.0836	0.3026	0.5214	-0.2387	-0.088	0.7465	-0.0961	-0.1545	0.2062	-0.0032	0.4305	36.2766	-31.0423	-30.043
4	1.2417	0.0694	-0.9225	0.0406	0.14	1.6699	-0.5389	0.6169	0.4816	-0.9081	0.2164	0.9736	-0.0395	-0.5907	0.2857	0.8338	-0.2104	-0.3968	0.4458	0.0169	0.9272	25.2505	-33.2472	-28.393
5	3.7163	1.2222	0.1017	2.5079	-0.5623	1.745	-0.1797	0.2353	0.0666	-0.1945	0.1632	0.3141	0.0295	-0.1974	-0.1547	0.4369	-0.3029	-0.1187	0.609	0.2658	0.6837	21.5317	-28.8393	-22.0625
6	1.7456	0.6784	-1.1778	0.5898	-0.8419	1.6891	-0.0667	0.2528	0.0938	-0.1984	0.3489	0.4767	0.1877	-0.6972	-0.3586	0.2631	-0.164	-0.0789	0.4619	0.2266	0.3656	26.4939	-22.5545	-22.3364
7	0.5943	0.6393	-0.9771	2.4804	-0.5321	1.7836	-0.048	-0.1099	-0.2005	0.0067	0.0703	0.3399	0.1511	-0.4476	-0.0506	0.0957	-0.0437	0.0005	0.246	0.0621	0.177	30.0122	-9.1127	-32.7296
8	5.894	-0.2642	-2.1923	2.1775	2.274	3.6718	0.0329	0.3361	0.3085	0.1566	-0.101	0.632	0.1194	-0.5354	0.0556	0.2058	-0.0105	0.0749	0.5446	0.2032	0.3978	22.8218	-10.6618	-24.6867
9	1.4597	-0.9263	0.0733	1.1479	-0.2839	6.2744	-0.0501	0.1371	-0.033	-0.0656	0.0471	0.0809	-0.2598	0.184	-0.0082	0.1202	-0.0445	-0.0022	0.1465	0.0292	0.0726	38.3322	-4.7143	-39.0134
10	0.4766	-0.3705	0.1658	1.016	-1.7277	8.5854	0.0115	-0.0224	-0.2636	0.0712	0.0249	0.1033	0.2509	-0.0151	-0.01	0.1083	-0.0395	-0.0043	0.1187	0.0313	0.1371	40.0995	-13.4842	-32.375
11	7.8134	-2.5282	-2.5587	7.1538	2.4683	6.972	-0.4685	-0.8237	0.4108	1.035	0.3446	0.7207	-0.9152	-0.9118	0.0765	0.4349	0.1082	0.0583	0.3747	0.024	0.2552	34.1655	-8.1394	-13.026

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 808 through 818 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 819 through 835 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 836 through 856 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 857 through 870 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 871 through 884 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 885 through 906 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 907 through 945 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 946 through 954 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 955 through 968 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 969 through 992 )	A
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'A' and (resid 993 through 1007 )	A

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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