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- PDB-4zyw: Human GAR transformylase in complex with GAR and N-({5-[(2-amino-... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zyw | |||||||||
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Title | Human GAR transformylase in complex with GAR and N-({5-[(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)propyl]thiophen-2-yl}carbonyl)-L-glutamic acid (AGF94) | |||||||||
![]() | Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / gar transformylase / antifolate / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | |||||||||
Function / homology | ![]() phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / adenine biosynthetic process / phosphoribosylamine-glycine ligase / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / brainstem development ...phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / adenine biosynthetic process / phosphoribosylamine-glycine ligase / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / brainstem development / Purine ribonucleoside monophosphate biosynthesis / glycine metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GMP biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / : / tetrahydrofolate biosynthetic process / cerebellum development / : / cerebral cortex development / extracellular exosome / ATP binding / metal ion binding / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Deis, S.M. / Dann III, C.E. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural and Enzymatic Analysis of Tumor-Targeted Antifolates That Inhibit Glycinamide Ribonucleotide Formyltransferase. Authors: Deis, S.M. / Doshi, A. / Hou, Z. / Matherly, L.H. / Gangjee, A. / Dann, C.E. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Data in XML | ![]() | 11.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 15 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4zytC ![]() 4zyuC ![]() 4zyvC ![]() 4zyxC ![]() 4zyyC ![]() 4zyzC ![]() 4zz0C ![]() 4x72 C: citing same article ( S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 22810.139 Da / Num. of mol.: 1 / Fragment: gar transformylase domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: P22102, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 |
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#2: Chemical | ChemComp-GAR / |
#3: Chemical | ChemComp-G94 / |
#4: Water | ChemComp-HOH / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.86 Å3/Da / Density % sol: 68.17 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 / Details: 18 % PEG4000, 2 % PEG400, 0.33 M NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RDI CMOS_8M / Detector: CMOS / Date: Apr 6, 2014 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.0001 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→50 Å / Num. obs: 21298 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 10.4 % / Biso Wilson estimate: 24.46 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.938 / Net I/av σ(I): 23.162 / Net I/σ(I): 10.2 / Num. measured all: 220599 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() |
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-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4X72 ![]() 4x72 Resolution: 2.05→39.825 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 18.44 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 100.07 Å2 / Biso mean: 35.249 Å2 / Biso min: 11.97 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→39.825 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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