PDB-4zyt: Human GAR transformylase in complex with GAR and N-{4-[4-(2-Amino...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4zyt

タイトル

Human GAR transformylase in complex with GAR and N-{4-[4-(2-Amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)benzyl]benzoyl}-L-glutamic acid (AGF23)

要素

Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3

キーワード

TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / gar transformylase / antifolate / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase / phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase activity / adenine biosynthetic process / phosphoribosylamine-glycine ligase / phosphoribosylamine-glycine ligase activity / phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1 / purine ribonucleoside monophosphate biosynthetic process / phosphoribosylglycinamide formyltransferase activity / 'de novo' XMP biosynthetic process / brainstem development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.702 Å

データ登録者

Deis, S.M. / Dann III, C.E.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094472	米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)	CA166711	米国

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural and Enzymatic Analysis of Tumor-Targeted Antifolates That Inhibit Glycinamide Ribonucleotide Formyltransferase.
著者: Deis, S.M. / Doshi, A. / Hou, Z. / Matherly, L.H. / Gangjee, A. / Dann, C.E.

履歴

登録	2015年5月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4zyt.cif.gz	102 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4zyt.ent.gz	75.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4zyt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4zyt_validation.pdf.gz	997 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4zyt_full_validation.pdf.gz	997.4 KB	表示
XML形式データ	4zyt_validation.xml.gz	11.6 KB	表示
CIF形式データ	4zyt_validation.cif.gz	16.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/4zyt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zy/4zyt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4zyuC 4zyvC 4zywC 4zyxC 4zyyC 4zyzC 4zz0C 4x73 PDB 未公開エントリS 1mej 1men 1meo 1njs 1rbm 1rbq 1rby 1rbz 1rc0 1rc1 1zlx 1zly 4ew2 4ew3 4zz1 4zz2 4zz3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1rbm-2 5j9f-d 4zz2-d 1njs-2 1men-2 4zz0-d 1rbq-3 1men-3 1rbz-2 4zyx-d 7jg0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#104 - 2008年8月セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase) 類似性 (6) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (4) #192 - 2015年12月バンコマイシン (Vancomycin) 類似性 (4) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (4) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (6)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (4)
#192 - 2015年12月
バンコマイシン (Vancomycin)
類似性 (4)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (3)
#187 - 2015年7月
ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase)
類似性 (4)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3

ヘテロ分子

23.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.174, 75.174, 100.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Trifunctional purine biosynthetic protein adenosine-3 分子量: 22810.139 Da / 分子数: 1 / 断片: gar transformylase domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GART, PGFT, PRGS / プラスミド: pET22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS 参照: UniProt: P22102, phosphoribosylglycinamide formyltransferase 1
#2: 化合物	ChemComp-GAR / GLYCINAMIDE RIBONUCLEOTIDE 分子量: 284.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₇H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-3Y9 / N-{4-[4-(2-amino-4-oxo-4,7-dihydro-3H-pyrrolo[2,3-d]pyrimidin-6-yl)butyl]benzoyl}-L-glutamic acid / N-[4-[4-(2-アミノ-4-オキソ-4,7-ジヒドロ-1H-ピロロ[2,3-d]ピリミジン-6-イル)ブチル]ベ(以下略) 分子量: 455.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₅N₅O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.07 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 18 % PEG4000, 2 % PEG400, 0.33 M NaCl

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.0001 Å

検出器

タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2014年8月24日

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock Si(111) sagitally focused monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.0001 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 67458 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.3 % / B_iso Wilson estimate: 13.71 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / R_pim(I) all: 0.032 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 0.978 / Net I/av σ(I): 23.352 / Net I/σ(I): 16 / Num. measured all: 376419

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	6.2	0.457	1668	0.877	0.182	0.495	0.745	93
1.73-1.76	7.3	0.433	1759	0.889	0.166	0.466	0.753	98.2
1.76-1.79	8.6	0.415	1823	0.939	0.148	0.442	0.768	100
1.79-1.83	9.8	0.375	1801	0.968	0.126	0.396	0.854	100
1.83-1.87	10.5	0.337	1816	0.979	0.11	0.355	1.008	100
1.87-1.91	10.7	0.264	1783	0.988	0.085	0.278	0.889	100
1.91-1.96	10.9	0.214	1825	0.991	0.068	0.224	0.86	100
1.96-2.02	10.9	0.183	1782	0.992	0.058	0.192	0.9	100
2.02-2.07	11	0.154	1831	0.994	0.049	0.162	1.019	100
2.07-2.14	11	0.129	1810	0.996	0.041	0.136	0.999	100
2.14-2.22	11	0.109	1824	0.996	0.034	0.114	0.798	100
2.22-2.31	11	0.113	1803	0.994	0.036	0.118	0.97	100
2.31-2.41	11	0.104	1848	0.995	0.033	0.109	0.883	100
2.41-2.54	11.1	0.098	1797	0.996	0.031	0.102	0.906	100
2.54-2.7	11.1	0.099	1838	0.994	0.031	0.104	1.009	100
2.7-2.91	11.1	0.097	1847	0.995	0.03	0.102	1.121	100
2.91-3.2	11.1	0.1	1846	0.995	0.031	0.105	1.318	100
3.2-3.66	11	0.094	1855	0.995	0.03	0.099	1.26	100
3.66-4.61	10.9	0.084	1891	0.995	0.027	0.088	1.111	100
4.61-50	10.2	0.081	1959	0.996	0.027	0.086	1.1	98.5

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.6	位相決定
PHENIX	phenix.refine 1.9	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X73

4x73
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.702→39.791 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1827	3816	5.66 %
R_work	0.1667	63642	-
obs	0.1676	67458	96.79 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 88.6 Å² / B_iso mean: 22.6639 Å² / B_iso min: 6.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.702→39.791 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1495	0	51	175	1721
B_iso mean	-	-	32.92	27.64	-
残基数	-	-	-	-	200

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	1665
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.112	2278
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	297
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.58	606

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7018-1.7234	0.1931	86	0.2292	1379	1465	58
1.7234-1.746	0.247	110	0.214	1798	1908	72
1.746-1.77	0.2163	126	0.229	2078	2204	88
1.77-1.7952	0.2426	145	0.2076	2418	2563	98
1.7952-1.822	0.2101	146	0.2015	2438	2584	100
1.822-1.8505	0.2384	154	0.1898	2398	2552	100
1.8505-1.8809	0.2254	148	0.1887	2441	2589	100
1.8809-1.9133	0.2002	138	0.1927	2455	2593	100
1.9133-1.9481	0.1922	146	0.1917	2411	2557	100
1.9481-1.9855	0.1908	148	0.1776	2446	2594	100
1.9855-2.0261	0.1961	148	0.1707	2462	2610	100
2.0261-2.0701	0.1827	146	0.1697	2394	2540	100
2.0701-2.1183	0.1746	144	0.1537	2416	2560	100
2.1183-2.1712	0.1618	150	0.1508	2454	2604	100
2.1712-2.2299	0.1662	146	0.1535	2448	2594	100
2.2299-2.2956	0.1884	137	0.1526	2430	2567	100
2.2956-2.3696	0.1903	150	0.1584	2455	2605	100
2.3696-2.4543	0.186	144	0.1639	2408	2552	100
2.4543-2.5526	0.1772	139	0.161	2446	2585	100
2.5526-2.6687	0.1827	143	0.1699	2443	2586	100
2.6687-2.8094	0.2126	154	0.1805	2426	2580	100
2.8094-2.9854	0.1962	144	0.1773	2461	2605	100
2.9854-3.2158	0.1647	154	0.1828	2416	2570	100
3.2158-3.5392	0.2251	144	0.1741	2431	2575	100
3.5392-4.0509	0.1686	138	0.1429	2471	2609	100
4.0509-5.102	0.1347	139	0.1329	2427	2566	100
5.102-39.802	0.14	149	0.1545	2392	2541	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.8424	1.0056	-1.5392	2.0265	-0.1209	4.0689	0.0468	0.1035	0.3302	-0.2869	0.0809	-0.0084	-0.4758	0.0738	-0.1123	0.1969	-0.0089	0.0112	0.0799	-0.026	0.143	-39.0226	26.3378	23.4181
2	3.1907	-0.7451	0.8532	1.136	0.5976	0.8885	-0.0405	0.3081	0.3924	-0.2814	0.1958	-0.5151	-0.3649	0.5213	0.0577	0.306	-0.2089	0.1041	0.2944	-0.1253	0.4474	-24.2948	31.2438	25.4268
3	0.39	-0.0269	0.0037	1.1772	0.6181	0.8629	0.0026	-0.1423	0.1648	0.0356	0.19	-0.3387	-0.0438	0.4028	-0.1402	0.0979	-0.0306	-0.0084	0.206	-0.0746	0.1728	-27.645	13.4906	22.3558
4	1.0163	-0.1039	-0.609	1.6838	0.4668	3.2937	-0.0408	-0.0808	0.073	0.1502	0.0848	-0.0682	0.1132	0.1906	-0.0134	0.0454	-0.001	-0.0071	0.0712	-0.0228	0.0906	-38.0268	9.8062	22.0935

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 808 through 855 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 856 through 884 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 885 through 954 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 955 through 1007 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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