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- PDB-4zsn: 70S-wild-type HigB toxin complex bound to a AAA lysine codon -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zsn
タイトル70S-wild-type HigB toxin complex bound to a AAA lysine codon
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 29
  • 16S rRNA
  • 23S rRNA
  • 5S rRNA
  • CC-puromycin
  • Killer protein
  • P-site tRNA-fMet
  • messenger RNA
キーワードRIBOSOME / PROTEIN BIOSYNTHESIS / RIBOSOMES / BACTERIAL TOXINS / TRANSLATIONAL CONTROL
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly ...plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosome binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / small ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / negative regulation of cell population proliferation / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toxin HigB-1 / RelE-like toxin of type II toxin-antitoxin system HigB / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain ...Toxin HigB-1 / RelE-like toxin of type II toxin-antitoxin system HigB / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein Thx / 30S ribosomal protein / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / : / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / : / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / : / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / : / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / : / L28p-like / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal L32p protein family
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 ...: / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL2 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein bL21 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Large ribosomal subunit protein bL32 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Small ribosomal subunit protein uS2 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Small ribosomal subunit protein uS9 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Small ribosomal subunit protein bS20 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 30S ribosomal protein S17 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL5 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL30 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Large ribosomal subunit protein bL25 / Small ribosomal subunit protein bTHX / Small ribosomal subunit protein uS15 / Large ribosomal subunit protein bL31 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL9 / Endoribonuclease HigB / Large ribosomal subunit protein bL17
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)
Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Schureck, M.A. / Dunham, C.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Mechanism of endonuclease cleavage by the HigB toxin.
著者: Schureck, M.A. / Repack, A. / Miles, S.J. / Marquez, J. / Dunham, C.M.
履歴
登録2015年5月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
QA: 16S rRNA
QB: 30S ribosomal protein S2
QC: 30S ribosomal protein S3
QD: 30S ribosomal protein S4
QE: 30S ribosomal protein S5
QF: 30S ribosomal protein S6
QG: 30S ribosomal protein S7
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QN: 30S ribosomal protein S14 type Z
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QU: 30S ribosomal protein Thx
QV: P-site tRNA-fMet
QX: messenger RNA
QY: Killer protein
RA: 23S rRNA
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XU: 30S ribosomal protein Thx
XV: P-site tRNA-fMet
XX: messenger RNA
XY: Killer protein
YA: 23S rRNA
YB: 5S rRNA
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YE: 50S ribosomal protein L3
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YH: 50S ribosomal protein L6
YI: 50S ribosomal protein L9
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YO: 50S ribosomal protein L14
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YQ: 50S ribosomal protein L16
YR: 50S ribosomal protein L17
YS: 50S ribosomal protein L18
YT: 50S ribosomal protein L19
YU: 50S ribosomal protein L20
YV: 50S ribosomal protein L21
YW: 50S ribosomal protein L22
YX: 50S ribosomal protein L23
YY: 50S ribosomal protein L24
YZ: 50S ribosomal protein L25
Y0: 50S ribosomal protein L27
Y1: 50S ribosomal protein L28
Y2: 50S ribosomal protein L29
Y3: 50S ribosomal protein L30
Y4: 50S ribosomal protein L31
Y5: 50S ribosomal protein L32
Y6: 50S ribosomal protein L33
Y7: 50S ribosomal protein L34
Y8: 50S ribosomal protein L35
Y9: 50S ribosomal protein L36
Z6: CC-puromycin
Z7: CC-puromycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,466,0071397
ポリマ－4,434,611112
非ポリマー31,3961285
水00
1
QA: 16S rRNA
QB: 30S ribosomal protein S2
QC: 30S ribosomal protein S3
QD: 30S ribosomal protein S4
QE: 30S ribosomal protein S5
QF: 30S ribosomal protein S6
QG: 30S ribosomal protein S7
QH: 30S ribosomal protein S8
QI: 30S ribosomal protein S9
QJ: 30S ribosomal protein S10
QK: 30S ribosomal protein S11
QL: 30S ribosomal protein S12
QM: 30S ribosomal protein S13
QN: 30S ribosomal protein S14 type Z
QO: 30S ribosomal protein S15
QP: 30S ribosomal protein S16
QQ: 30S ribosomal protein S17
QR: 30S ribosomal protein S18
QS: 30S ribosomal protein S19
QT: 30S ribosomal protein S20
QU: 30S ribosomal protein Thx
QV: P-site tRNA-fMet
QX: messenger RNA
QY: Killer protein
RA: 23S rRNA
RB: 5S rRNA
RD: 50S ribosomal protein L2
RE: 50S ribosomal protein L3
RF: 50S ribosomal protein L4
RG: 50S ribosomal protein L5
RH: 50S ribosomal protein L6
RI: 50S ribosomal protein L9
RN: 50S ribosomal protein L13
RO: 50S ribosomal protein L14
RP: 50S ribosomal protein L15
RQ: 50S ribosomal protein L16
RR: 50S ribosomal protein L17
RS: 50S ribosomal protein L18
RT: 50S ribosomal protein L19
RU: 50S ribosomal protein L20
RV: 50S ribosomal protein L21
RW: 50S ribosomal protein L22
RX: 50S ribosomal protein L23
RY: 50S ribosomal protein L24
RZ: 50S ribosomal protein L25
R0: 50S ribosomal protein L27
R1: 50S ribosomal protein L28
R2: 50S ribosomal protein L29
R3: 50S ribosomal protein L30
R4: 50S ribosomal protein L31
R5: 50S ribosomal protein L32
R6: 50S ribosomal protein L33
R7: 50S ribosomal protein L34
R8: 50S ribosomal protein L35
R9: 50S ribosomal protein L36
Z7: CC-puromycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,232,262668
ポリマ－2,217,30556
非ポリマー14,957612
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
XA: 16S rRNA
XB: 30S ribosomal protein S2
XC: 30S ribosomal protein S3
XD: 30S ribosomal protein S4
XE: 30S ribosomal protein S5
XF: 30S ribosomal protein S6
XG: 30S ribosomal protein S7
XH: 30S ribosomal protein S8
XI: 30S ribosomal protein S9
XJ: 30S ribosomal protein S10
XK: 30S ribosomal protein S11
XL: 30S ribosomal protein S12
XM: 30S ribosomal protein S13
XN: 30S ribosomal protein S14 type Z
XO: 30S ribosomal protein S15
XP: 30S ribosomal protein S16
XQ: 30S ribosomal protein S17
XR: 30S ribosomal protein S18
XS: 30S ribosomal protein S19
XT: 30S ribosomal protein S20
XU: 30S ribosomal protein Thx
XV: P-site tRNA-fMet
XX: messenger RNA
XY: Killer protein
YA: 23S rRNA
YB: 5S rRNA
YD: 50S ribosomal protein L2
YE: 50S ribosomal protein L3
YF: 50S ribosomal protein L4
YG: 50S ribosomal protein L5
YH: 50S ribosomal protein L6
YI: 50S ribosomal protein L9
YN: 50S ribosomal protein L13
YO: 50S ribosomal protein L14
YP: 50S ribosomal protein L15
YQ: 50S ribosomal protein L16
YR: 50S ribosomal protein L17
YS: 50S ribosomal protein L18
YT: 50S ribosomal protein L19
YU: 50S ribosomal protein L20
YV: 50S ribosomal protein L21
YW: 50S ribosomal protein L22
YX: 50S ribosomal protein L23
YY: 50S ribosomal protein L24
YZ: 50S ribosomal protein L25
Y0: 50S ribosomal protein L27
Y1: 50S ribosomal protein L28
Y2: 50S ribosomal protein L29
Y3: 50S ribosomal protein L30
Y4: 50S ribosomal protein L31
Y5: 50S ribosomal protein L32
Y6: 50S ribosomal protein L33
Y7: 50S ribosomal protein L34
Y8: 50S ribosomal protein L35
Y9: 50S ribosomal protein L36
Z6: CC-puromycin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,233,745729
ポリマ－2,217,30556
非ポリマー16,439673
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)213.446, 452.916, 608.938
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
RNA鎖 , 6種, 12分子 QAXAQVXVQXXXRAYARBYBZ6Z7

#1: RNA鎖 16S rRNA


分子量: 493958.281 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382
#22: RNA鎖 P-site tRNA-fMet


分子量: 24802.785 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 758860962
#23: RNA鎖 messenger RNA


分子量: 8239.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#25: RNA鎖 23S rRNA


分子量: 948240.625 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382
#26: RNA鎖 5S rRNA


分子量: 40152.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: GenBank: 55771382
#56: RNA鎖 CC-puromycin


分子量: 1098.880 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligonucleotide / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 40分子 QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...

#2: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 29317.703 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80371
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 26751.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80372
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 24373.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80373
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 17583.416 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ5
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S6 / TS9


分子量: 11988.753 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLP8
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 18050.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P17291
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 15868.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: A0A0M9AFS9*PLUS
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14410.614 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80374
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11954.968 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN7
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 13737.868 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80376
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 14637.384 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN3
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 14338.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80377
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S14 type Z


分子量: 7158.725 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ1, UniProt: A0A0N0BLP2*PLUS
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10578.407 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJ76
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 10409.983 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJH3
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 12325.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP7, UniProt: A0A0N0BLS5*PLUS
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 10258.299 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ0
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 10605.464 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 11736.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80380
#21: タンパク質・ペプチド 30S ribosomal protein Thx / S31


分子量: 3089.655 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SIH3

-
タンパク質 , 1種, 2分子 QYXY

#24: タンパク質 Killer protein


分子量: 13713.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: higB / プラスミド: pBAD/Myc-HisA / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BW25113 / 参照: UniProt: Q7A225

+
50S ribosomal protein ... , 29種, 58分子 RDYDREYERFYFRGYGRHYHRIYIRNYNROYORPYPRQYQRRYRRSYSRTYTRUYURVYV...

#27: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 30532.551 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60405
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22450.213 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN8
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L4 / L1e


分子量: 23271.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHN9
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 21061.596 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ0
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 19568.926 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ3, UniProt: P0DOY8*PLUS
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L9


分子量: 16422.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SLQ1
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 15927.903 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60488
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13323.612 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP8
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 16319.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ7
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15993.909 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60489
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13750.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q9Z9H5
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L18 / TL24


分子量: 12639.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ4
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 17188.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60490
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13779.275 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60491
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11069.153 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60492
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12808.055 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP3
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10759.808 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP0
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 12085.611 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP9
#45: タンパク質 50S ribosomal protein L25 / TL5


分子量: 23238.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHZ1
#46: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 9529.074 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60493
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 11004.160 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P60494
#48: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 8670.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHP6
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6799.126 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHQ6
#50: タンパク質 50S ribosomal protein L31


分子量: 8300.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SJE1
#51: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6722.050 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80339
#52: タンパク質 50S ribosomal protein L33


分子量: 6632.896 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P35871
#53: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 6132.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: P80340
#54: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7506.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SKU1
#55: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein B


分子量: 4435.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 参照: UniProt: Q5SHR2

-
非ポリマー , 2種, 1285分子

#57: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1281 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#58: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 4% PEG 20k, 4% PEG550 MME, 0.1M TRIS-ACETATE, 0.2M KSCN

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年8月11日
放射モノクロメーター: Kohzu HLD8-24 monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→49.92 Å / Num. obs: 666396 / % possible obs: 98.66 % / 冗長度: 5.18 % / Rmerge(I) obs: 0.216 / Net I/σ(I): 6.6
反射 シェル解像度: 3.6→3.73 Å / 冗長度: 4.22 % / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.6→49.92 Å / FOM work R set: 0.8651 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.29 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 30157 4.53 %Inherited from 4V51
Rwork0.1982 636161 --
obs0.1998 666318 98.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 560.86 Å2 / Biso mean: 95.77 Å2 / Biso min: 0.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.6→49.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数94491 198616 1433 0 294540
Biso mean--39.76 --
残基数----21072
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004318468
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.869476042
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04960231
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00525876
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.939148803
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.6-3.64090.322610520.2911210772212999
3.6409-3.68370.323710670.3077211422220999
3.6837-3.72860.288611110.2617210102212199
3.7286-3.77580.275411070.2522211662227399
3.7758-3.82550.281611370.247210792221699
3.8255-3.87790.276210840.2512211092219399
3.8779-3.93320.30310160.2712209862200299
3.9332-3.99190.261111520.2313209352208799
3.9919-4.05430.257110510.2261210242207599
4.0543-4.12070.258811130.2221204462155996
4.1207-4.19170.256610600.2132207692182997
4.1917-4.26790.246511260.2046211662229299
4.2679-4.350.231111070.1978211602226799
4.35-4.43870.2198840.193213762226099
4.4387-4.53510.21076650.1842216102227599
4.5351-4.64060.22376460.1839216382228499
4.6406-4.75650.22087810.1842214232220499
4.7565-4.8850.19889030.1739213292223299
4.885-5.02870.205810660.1747212152228199
5.0287-5.19080.206711070.1699211862229399
5.1908-5.37610.211910860.1684210152210198
5.3761-5.59110.202610970.169209212201898
5.5911-5.84520.208810850.1637212172230299
5.8452-6.15280.202810850.1673212392232499
6.1528-6.53750.223811070.1701212992240699
6.5375-7.0410.215910300.1719213232235399
7.041-7.74730.22976570.1705216812233898
7.7473-8.86290.22318000.1863213252212597
8.8629-11.14580.22119260.1952216232254998
11.1458-49.92030.218510490.196216722272197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0763-0.03660.05330.18990.20510.2540.0048-0.0133-0.0563-0.03260.0317-0.05720.1666-0.01120.00340.7486-0.0161-0.090.485-0.15780.6322-11.657740.970294.2125
20.0924-0.0918-0.03950.16070.1370.1340.09230.06640.0177-0.2933-0.0641-0.086-0.1841-0.101101.05970.00560.06440.5011-0.0550.4378-17.4677117.071372.9704
30.06270.09620.03470.11080.11160.21910.02790.0396-0.0851-0.4592-0.36980.2716-0.0676-0.2606-0.62160.82510.3111-0.71361.098-0.6410.8271-95.4244101.098268.1321
4-0.0027-0.0661-0.0370.11580.14430.10980.03210.0951-0.0646-0.0081-0.0285-0.0118-0.01080.01200.81790.0322-0.15240.7643-0.10410.8039-13.385677.7418115.0587
50.0102-0.00920.01110.0006-0.00410.0077-0.0331-0.0207-0.0083-0.0373-0.00090.00970.0122-0.0343-00.88220.1041-0.15810.8517-0.21030.7356-51.52973.219855.1184
60-0.0010.00140.001-0.00260.0037-0.04460.0103-0.0187-0.0008-0.0125-0.0095-0.02-0.0146-00.6499-0.0065-0.03350.5979-0.16050.4758-29.061764.181655.9228
70.00060.0013-0.00090.0005-0.00070.00030.0345-0.01950.00220.00340.0562-0.01890.022-0.0389-00.7073-0.0338-0.09440.6187-0.20810.5381-31.934267.690652.8911
800.00170.00040.0050.00540.0034-0.02040.01120.0102-0.0038-0.0238-0.0027-0.00910.01200.7747-0.0709-0.00890.6798-0.04210.7152-19.099174.240486.7167
90.00330.00270.00220.0070.00440.0032-0.0222-0.01890.0122-0.0007-0.01530.017-0.0018-0.016200.6751-0.0531-0.06640.6519-0.13840.663-45.057364.4644105.758
100.00050.0008-0.00050.00030.00010.0006-0.0157-0.01540.01120.001-0.0031-0.00130.0001-0.0068-00.6993-0.02250.00280.7114-0.02950.6882-54.873448.14999.3952
110.00140.0044-0.0012-0.00170.0009-0.00090.01740.01-0.0005-0.021-0.0111-0.02660.04940.0166-00.73010.0845-0.13690.6503-0.06250.714426.195643.7725120.6197
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290.01860.016-0.00860.01560.00020.005-0.04890.03070.00010.09780.02360.02580.0427-0.0232-00.5993-0.26660.15591.1744-0.19320.9877-93.3481112.872192.3788
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310.0336-0.0282-0.02090.02750.00080.01610.02860.0346-0.0498-0.0788-0.02540.1844-0.1293-0.197801.11610.0205-0.02130.8618-0.02780.7746-49.0079182.747496.7486
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420.0170.0251-0.0320.03-0.03780.02830.10310.0446-0.0028-0.04280.0486-0.0533-0.0596-0.029400.54040.12250.05450.98040.19420.6596-173.1503-12.384339.0385
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1((chain QA and (resid 5:560)) or (chain QD) or (chain QP) or (chain QQ))Q0
2X-RAY DIFFRACTION2((chain QA and ((resid 561:587) or (resid 654:920))) or (chain QO) or (chain QR) or (chain QK) or (chain QF) or (chain QH))Q0
3X-RAY DIFFRACTION3((chain QA and (resid 921:1400)) or (chain QC) or (chain QJ) or (chain QU) or (chain QI) or (chain QG) or (chain QM) or (chain QS) or (chain QB) or (chain QN))Q0
4X-RAY DIFFRACTION4(chain QA and (resid 1401:1509))Q0
5X-RAY DIFFRACTION5(chain QE and (resid 5:69))Q0
6X-RAY DIFFRACTION6(chain QE and (resid 70:101))Q0
7X-RAY DIFFRACTION7(chain QE and (resid 102:155))Q0
8X-RAY DIFFRACTION8(chain QL and (resid 5:28))Q0
9X-RAY DIFFRACTION9(chain QL and (resid 29:105))Q0
10X-RAY DIFFRACTION10(chain QL and (resid 106:129))Q0
11X-RAY DIFFRACTION11(chain QT and (resid 8:50))Q0
12X-RAY DIFFRACTION12(chain QT and (resid 51:83))Q0
13X-RAY DIFFRACTION13(chain QT and (resid 84:106))Q0
14X-RAY DIFFRACTION14(chain QA and (resid 588:653))Q0
15X-RAY DIFFRACTION15((chain XA and (resid 5:560)) or (chain XD) or (chain XP) or (chain XQ))X0
16X-RAY DIFFRACTION16((chain XA and ((resid 561:571) or (resid 654:920))) or (chain XO) or (chain XR) or (chain XK) or (chain XF) or (chain XH))X0
17X-RAY DIFFRACTION17((chain XA and (resid 921:1400)) or (chain XC) or (chain XJ) or (chain XU) or (chain XI) or (chain XG) or (chain XM) or (chain XS) or (chain XB) or (chain XN))X0
18X-RAY DIFFRACTION18(chain XA and (resid 1401:1509))X0
19X-RAY DIFFRACTION19(chain XE and (resid 5:69))X0
20X-RAY DIFFRACTION20(chain XE and (resid 70:101))X0
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22X-RAY DIFFRACTION22(chain XL and (resid 5:28))X0
23X-RAY DIFFRACTION23(chain XL and (resid 29:105))X0
24X-RAY DIFFRACTION24(chain XL and (resid 106:129))X0
25X-RAY DIFFRACTION25(chain XT and (resid 8:50))X0
26X-RAY DIFFRACTION26(chain XT and (resid 51:83))X0
27X-RAY DIFFRACTION27(chain XT and (resid 84:106))X0
28X-RAY DIFFRACTION28(chain XA and (resid 588:653))X0
29X-RAY DIFFRACTION29((chain RB and (resid 70:107)) or (chain RZ and (resid 3:94)))R0
30X-RAY DIFFRACTION30((chain RB and (resid 1:69)) or (chain RB and (resid 108:119)))R0
31X-RAY DIFFRACTION31((chain RA and (resid 2109:2238)))R0
32X-RAY DIFFRACTION32(chain RI and (resid 54:145))R0
33X-RAY DIFFRACTION33((chain RA and (resid 912:952)) or (chain RZ and (resid 95:178)) or (chain RQ))R0
34X-RAY DIFFRACTION34((chain RA and (resid 5:911)) or (chain RA and (resid 953:2108)) or (chain RA and (resid 2239:2307)) or (chain RA (and resid 2331:2904)) or (chain RD) or (chain RE) or (chain RF) or (chain RH) or (chain RI and (resid 1:53)) or (chain RN) or (chain RO) or (chain RP) or (chain RR) or (chain RS) or (chain RT) or (chain RU) or (chain RV) or (chain RW) or (chain RX) or (chain RY) or (chain R0) or (chain R1) or (chain R2) or (chain R3) or (chain R4))R0
35X-RAY DIFFRACTION35((chain RA and (resid 2308:2330)) or (chain RG))R0
36X-RAY DIFFRACTION36((chain YB and (resid 70:107)) or (chain YZ and (resid 3:94)))Y0
37X-RAY DIFFRACTION37((chain YB and (resid 1:69)) or (chain YB and (resid 108:119)))Y0
38X-RAY DIFFRACTION38((chain YA and (resid 2109:2238)))Y0
39X-RAY DIFFRACTION39(chain YI and (resid 54:145))Y0
40X-RAY DIFFRACTION40((chain YA and (resid 912:952)) or (chain YZ and (resid 95:178)) or (chain YQ))Y0
41X-RAY DIFFRACTION41((chain YA and (resid 5:911)) or (chain YA and (resid 953:2108)) or (chain YA and (resid 2239:2307)) or (chain YA (and resid 2331:2904)) or (chain YD) or (chain YE) or (chain YF) or (chain YH) or (chain YI and (resid 1:53)) or (chain YN) or (chain YO) or (chain YP) or (chain YR) or (chain YS) or (chain YT) or (chain YU) or (chain YV) or (chain YW) or (chain YX) or (chain YY) or (chain Y0) or (chain Y1) or (chain Y2) or (chain Y3) or (chain Y4))Y0
42X-RAY DIFFRACTION42((chain YA and (resid 2308:2330)) or (chain YG))Y0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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