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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6of6 | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of tRNA^ Ala(GGC) bound to cognate 70S A-site | |||||||||
Components |
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Keywords | RIBOSOME / PROTEIN BIOSYNTHESIS / RIBOSOMES / RNA / mRNA / tRNA / TRANSFER RNA / 30S / 50S / 70S / 16S / 23S / RIBOSOMAL SUBUNIT / TRANSLATION / CODON / DECODING / FRAMESHIFT | |||||||||
| Function / homology | Function and homology informationlarge ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit ...large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm / cytosol Similarity search - Function | |||||||||
| Biological species | ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria)![]() Thermus thermophilus (bacteria)![]() | |||||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.2 Å | |||||||||
Authors | Nguyen, H.A. / Sunita, S. / Dunham, C.M. | |||||||||
| Funding support | United States, 2items
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Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2020Title: Disruption of evolutionarily correlated tRNA elements impairs accurate decoding. Authors: Nguyen, H.A. / Sunita, S. / Dunham, C.M. | |||||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
|---|
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| PDBx/mmCIF format | 6of6.cif.gz | 14.6 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6of6.ent.gz | Display | PDB format | |
| PDBx/mmJSON format | 6of6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
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-Validation report
| Summary document | 6of6_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6of6_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | Display | |
| Data in XML | 6of6_validation.xml.gz | 376.1 KB | Display | |
| Data in CIF | 6of6_validation.cif.gz | 625 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6of6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/of/6of6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 6oj2C ![]() 6opeC ![]() 6ordC ![]() 4y4oS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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| Similar structure data |
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| Unit cell |
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Components
-RNA chain , 7 types, 14 molecules QAXAQVXVQWXWQXXXQYXYRAYARBYB
| #1: RNA chain | Mass: 493958.281 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#22: RNA chain | Mass: 24802.785 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: synthesized RNA oligonucleotide based on E. coli sequence Source: (synth.) ![]() #23: RNA chain | Mass: 24531.619 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: synthesized RNA oligonucleotide based on E. coli sequence Source: (synth.) ![]() #24: RNA chain | Mass: 6211.825 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: synthesized RNA oligonucleotide based on E. coli sequence Source: (synth.) ![]() #25: RNA chain | Mass: 24524.578 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: obtained synthetically Details: synthesized RNA oligonucleotide based on E. coli sequence Source: (synth.) ![]() #36: RNA chain | Mass: 947895.375 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 55771382#37: RNA chain | Mass: 39494.535 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus HB8 (bacteria) / References: GenBank: 37223181 |
|---|
-30S ribosomal protein ... , 20 types, 40 molecules QBXBQCXCQDXDQEXEQFXFQGXGQHXHQIXIQJXJQKXKQLXLQMXMQNXNQOXOQPXP...
| #2: Protein | Mass: 29317.703 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80371 #3: Protein | Mass: 26751.076 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80372 #4: Protein | Mass: 24373.447 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P80373 #5: Protein | Mass: 17583.416 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SHQ5 #6: Protein | Mass: 11988.753 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SLP8 #7: Protein | Mass: 18050.973 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P17291 #8: Protein | Mass: 15868.570 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: P0DOY9 #9: Protein | Mass: 14410.614 Da / Num. of mol.: 2 / Source method: isolated from a natural source Source: (natural) ![]() Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / 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(strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (bacteria)Strain: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / References: UniProt: Q5SIH3 |
|---|
+50S ribosomal protein ... , 29 types, 58 molecules R0Y0R1Y1R2Y2R3Y3R4Y4R5Y5R6Y6R7Y7R8Y8R9Y9RDYDREYERFYFRGYGRHYH...
-Non-polymers , 6 types, 1224 molecules 










| #57: Chemical | ChemComp-MG / #58: Chemical | #59: Chemical | #60: Chemical | #61: Chemical | ChemComp-AMP / | #62: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 3.33 Å3/Da / Density % sol: 63.04 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 Details: 0.1 M Tris-HOAc, pH 7.0, 0.2 M KSCN, 4-4.5% (v/v) PEG 20K, 4.5-5.5% (v/v) PEG 550MME, 10 mM Mg(OAc)2, 0.0028 mM Deoxy BigCHAP |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 22-ID / Wavelength: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Feb 24, 2016 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection | Resolution: 3.05→44.534 Å / Num. obs: 998253 / % possible obs: 88.9 % / Redundancy: 6.197 % / Biso Wilson estimate: 66.789 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rrim(I) all: 0.209 / Χ2: 1.005 / Net I/σ(I): 7.48 / Num. measured all: 6185978 / Scaling rejects: 5376 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 4Y4O Resolution: 3.2→44.534 Å / SU ML: 0.37 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / Phase error: 21.36
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso max: 338.32 Å2 / Biso mean: 90.1834 Å2 / Biso min: 12.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: final / Resolution: 3.2→44.534 Å
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| LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Thermus thermophilus HB8 (bacteria)
X-RAY DIFFRACTION
United States, 2items
Citation























PDBj



































