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- PDB-5ixl: Structure of P. vulgaris HigB toxin Y91A variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ixl
タイトルStructure of P. vulgaris HigB toxin Y91A variant
要素Endoribonuclease HigB
キーワードHYDROLASE / bacterial toxins / biofilms / cell metabolism / energy metabolism / microbial pathogenesis / stress response / stringent response / translation control
機能・相同性
機能・相同性情報


plasmid maintenance / RNA catabolic process / translation repressor activity / RNA endonuclease activity / negative regulation of cell growth / ribosome binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / negative regulation of translation / negative regulation of cell population proliferation / mRNA binding
類似検索 - 分子機能
Toxin HigB-1 / RelE-like toxin of type II toxin-antitoxin system HigB / RelE-like / YaeB-like fold / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoribonuclease HigB
類似検索 - 構成要素
生物種Proteus vulgaris (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Schureck, M.A. / Repack, A.A. / Miles, S.J. / Marquez, J. / Dunham, C.M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Mechanism of endonuclease cleavage by the HigB toxin.
著者: Schureck, M.A. / Repack, A. / Miles, S.J. / Marquez, J. / Dunham, C.M.
履歴
登録2016年3月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease HigB
B: Endoribonuclease HigB
C: Endoribonuclease HigB
D: Endoribonuclease HigB
E: Endoribonuclease HigB
F: Endoribonuclease HigB
G: Endoribonuclease HigB
H: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,39620
ポリマ－108,9708
非ポリマー42512
水10,953608
1
A: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6572
ポリマ－13,6211
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7284
ポリマ－13,6211
非ポリマー1063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6572
ポリマ－13,6211
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6923
ポリマ－13,6211
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6572
ポリマ－13,6211
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6572
ポリマ－13,6211
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6572
ポリマ－13,6211
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: Endoribonuclease HigB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6923
ポリマ－13,6211
非ポリマー712
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.340, 64.030, 94.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.14, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質
Endoribonuclease HigB / Host inhibition of growth protein B / Killer protein / Toxin HigB / mRNA interferase HigB


分子量: 13621.312 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Proteus vulgaris (バクテリア) / 遺伝子: higB / プラスミド: pBAD/Myc-HisA / 発現宿主: Escherichia coli BW25113 (大腸菌)
参照: UniProt: Q7A225, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 608 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 20.68 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 40% (w/v) polyethylene glycol monomethylether 2,000 and 0.15 M KBr

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月15日
放射モノクロメーター: Cryogenically-cooled Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→100 Å / Num. obs: 87109 / % possible obs: 85.7 % / 冗長度: 2.6 % / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 1.55→1.6 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 89.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.3_1479精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4PX8

4px8


解像度: 1.55→37.004 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.55
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2152 1700 1.95 %Random selection
Rwork0.1683 ---
obs0.1692 87109 90.03 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→37.004 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6202 0 12 608 6822
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136389
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3338626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.882378
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065917
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061118
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.55-1.59560.27441520.21477326X-RAY DIFFRACTION93
1.5956-1.64710.3121460.20727356X-RAY DIFFRACTION93
1.6471-1.7060.24761460.19397325X-RAY DIFFRACTION93
1.706-1.77430.24211440.1787314X-RAY DIFFRACTION93
1.7743-1.8550.23651370.17357285X-RAY DIFFRACTION92
1.855-1.95280.24081420.16747233X-RAY DIFFRACTION92
1.9528-2.07510.19641410.15917171X-RAY DIFFRACTION91
2.0751-2.23530.21091490.15627162X-RAY DIFFRACTION90
2.2353-2.46020.22341390.1617050X-RAY DIFFRACTION89
2.4602-2.81610.22041360.16986966X-RAY DIFFRACTION88
2.8161-3.54760.17861360.16586798X-RAY DIFFRACTION85
3.5476-37.0140.19991320.16156423X-RAY DIFFRACTION79

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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