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- PDB-1lni: CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A RIBONUCLEASE FROM STREPTOMYCES AU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1lni
タイトルCRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A RIBONUCLEASE FROM STREPTOMYCES AUREOFACIENS AT ATOMIC RESOLUTION (1.0 A)
要素GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA
キーワードHYDROLASE / Ribonuclease Sa
機能・相同性
機能・相同性情報


ribonuclease T1 / ribonuclease T1 activity / RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Microbial ribonucleases / Guanine-specific ribonuclease N1/T1/U2 / Ribonuclease/ribotoxin / ribonuclease / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanyl-specific ribonuclease Sa
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / STARTING MODEL WAS USED WITHOUT molecular replacement / 解像度: 1 Å
データ登録者Sevcik, J. / Lamzin, V.S. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2002
タイトル: Atomic resolution data reveal flexibility in the structure of RNase Sa.
著者: Sevcik, J. / Lamzin, V.S. / Dauter, Z. / Wilson, K.S.
履歴
登録2002年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02002年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月28日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA
B: GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,5376
ポリマ－21,1652
非ポリマー3724
水10,034557
1
A: GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,8634
ポリマ－10,5821
非ポリマー2803
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,6752
ポリマ－10,5821
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.200, 77.800, 38.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 GUANYL-SPECIFIC RIBONUCLEASE SA / RNase Sa


分子量: 10582.492 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces aureofaciens (バクテリア)
遺伝子: U39467 / プラスミド: pEH100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05798, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 557 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: ammonium sulfate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
11 %protein1drop
20.1 Mphosphate1reservoirpH7.2
325 %satammonium sulfate1reservoir
425 %glycerol1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1995年8月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: triangular asymmetrically cut Si(111)or Ge(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1→19.5 Å / Num. obs: 101141 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 7.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 28.7
反射 シェル解像度: 1→1.02 Å / Rmerge(I) obs: 0.539 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4660 / % possible all: 91.1
反射
*PLUS
Num. obs: 101172
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.1 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
Startingmodel was used without MRモデル構築
SHELXL精密化
STARTINGMODEL WAS USED WITHOUT MR位相決定
精密化構造決定の手法: STARTING MODEL WAS USED WITHOUT molecular replacement
開始モデル: PDB ENTRY 1RGG

1rgg


解像度: 1→19.5 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
obs0.116 -
all-101141
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→19.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1492 0 23 557 2072
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL / バージョン: 93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.119 / Rfactor Rwork: 0.119
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONs_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONs_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONs_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONs_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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