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- PDB-4zjc: Structures of the human OX1 orexin receptor bound to selective an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4zjc
タイトルStructures of the human OX1 orexin receptor bound to selective and dual antagonists
要素human OX1R fusion protein to P.abysii glycogen synthase
キーワードSIGNALING PROTEIN / Orexin / suvorexant / SB-674042 / MEMBRANE PROTEIN-Transferase complex
機能・相同性
機能・相同性情報


orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / chemical synaptic transmission ...orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / peptide hormone binding / neuropeptide signaling pathway / regulation of cytosolic calcium ion concentration / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Orexin/Hypocretin receptor type 1 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Orexin/Hypocretin receptor type 1 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4OT / OLEIC ACID / Orexin/Hypocretin receptor type 1 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.832 Å
データ登録者Yin, J. / Brautigam, C.A. / Shao, Z. / Clark, L. / Harrell, C.M. / Gotter, A.L. / Coleman, P.J. / Renger, J.J. / Rosenbaum, D.M.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure and ligand-binding mechanism of the human OX1 and OX2 orexin receptors.
著者: Yin, J. / Babaoglu, K. / Brautigam, C.A. / Clark, L. / Shao, Z. / Scheuermann, T.H. / Harrell, C.M. / Gotter, A.L. / Roecker, A.J. / Winrow, C.J. / Renger, J.J. / Coleman, P.J. / Rosenbaum, D.M.
履歴
登録2015年4月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月23日Group: Database references
改定 1.22016年4月13日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: human OX1R fusion protein to P.abysii glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,6984
ポリマ－62,6851
非ポリマー1,0133
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.431, 66.466, 182.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 human OX1R fusion protein to P.abysii glycogen synthase


分子量: 62685.031 Da / 分子数: 1
断片: UNP O43613 residues 1-245,UNP Q9V2J8 residues 218-413,UNP O43613 residues 288-380
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: HCRTR1, PAB2292, PYRAB00770 / プラスミド: pFastbac1 / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43613, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物 ChemComp-4OT / [5-(2-fluorophenyl)-2-methyl-1,3-thiazol-4-yl]{(2S)-2-[(5-phenyl-1,3,4-oxadiazol-2-yl)methyl]pyrrolidin-1-yl}methanone / SB-674042


分子量: 448.513 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H21FN4O2S
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.6
詳細: 100 mM Sodium Citrate pH 5.6, 32% PEG 400, 200 mM Potossium

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→44.83 Å / Num. obs: 18893 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 8.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Blu-Iceデータ収集
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
HKL-3000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4S0V,2BFW

4s0v

2bfw


解像度: 2.832→44.825 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2618 806 5.32 %
Rwork0.2163 --
obs0.2187 15148 79.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.832→44.825 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4027 0 49 0 4076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034175
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6675646
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2721533
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.023628
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003728
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8318-3.00920.3173590.2802970X-RAY DIFFRACTION33
3.0092-3.24150.33321160.27341678X-RAY DIFFRACTION58
3.2415-3.56750.29191390.25242545X-RAY DIFFRACTION85
3.5675-4.08350.2611470.21182971X-RAY DIFFRACTION99
4.0835-5.14360.25771690.19543035X-RAY DIFFRACTION100
5.1436-44.8310.22221760.20113143X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.66971.47370.74936.64991.30145.21980.2743-0.50540.48050.4251-0.09990.5732-0.5386-0.1531-0.02370.52330.0003-0.01170.1799-0.15860.3324-1.71070.9939-81.9567
25.64482.346-4.21849.676-5.95425.1806-0.98682.0812-1.088-0.3523-0.18431.0081.2426-0.86750.961.0905-0.53150.48771.2716-0.51341.375613.0244.0551-63.2366
31.1318-0.7378-0.08352.3931.41450.9706-0.1042-0.2473-0.07930.5540.1883-0.22850.52520.2159-0.55920.53460.0954-0.04340.1968-0.20470.1915.4425-5.1903-41.048
41.7616-0.1541-0.91541.83412.61125.0495-0.0582-0.2547-0.11780.3153-0.0868-0.12990.6893-0.16650.07870.60410.13230.02150.1025-0.21980.0667-2.3953-6.177-42.9393
50.6343-0.637-0.39690.91290.14851.2710.0359-0.0366-0.0165-0.0006-0.00580.1230.2466-0.3980.0810.4704-0.07820.15930.3443-0.18610.0101-13.23761.522-36.4786
68.7003-3.9462-1.6655.86172.44639.12680.5965-0.1099-0.96871.1806-0.41382.0820.6205-0.2841-0.23991.3329-0.39260.11030.93-0.05950.9535-16.8312-5.1696-23.8155
72.05070.35360.07081.54420.1320.0118-0.07540.2233-0.14090.1013-0.52310.39170.1762-0.22560.34410.3863-0.01860.01780.3996-0.16780.1391-15.968-5.7878-49.5083
80.0683-0.2426-0.59251.82951.92675.0761-0.2798-0.1092-0.0361-0.2609-0.46330.8665-0.992-1.67650.4660.68250.1876-0.09760.8899-0.33760.3397-12.555-3.6645-70.6387
92.04450.92160.27771.834-0.8750.74350.26420.41770.6484-0.4281-0.76370.2583-0.7558-0.66060.00590.5630.2939-0.08370.5113-0.1640.2991-16.68947.8157-49.9662
107.04896.84936.04237.18846.16735.3427-0.4185-0.39510.6388-0.2601-0.4060.7764-0.5775-0.44610.53290.41570.10980.0580.31550.03910.1603-10.77717.3282-27.1128
118.5351-5.27145.90418.3383-4.66664.2880.2184-0.2949-0.6759-0.14750.29740.91191.0457-0.5722-0.52690.3040.0083-0.04110.33540.04240.22616.208917.957-4.7774
124.60991.12751.5862.6652-2.07033.0799-0.2017-1.07270.49490.81650.06480.0835-0.5520.00590.19770.3927-0.0032-0.10.6148-0.07010.1211.594125.440613.667
132.5217-0.3841-1.08182.77451.46963.134-0.0294-0.43620.77230.1573-0.02890.2476-1.1927-0.18960.04580.68970.0375-0.03990.4163-0.31550.3849-10.80936.40846.5879
146.1638-1.1084-0.86774.4054-0.82821.72660.0808-0.33850.6143-0.0905-0.0035-0.3617-0.8180.19490.0060.3785-0.0138-0.02320.1941-0.1090.1411-1.25828.16010.9776
158.8533-0.4346-0.72682.3487-0.42168.79940.18170.2933-0.2074-0.0712-0.10830.34540.2502-0.6133-0.09750.29350.0468-0.01790.1695-0.02290.051-11.039720.0151-3.1824
160.8730.1543-0.51862.05560.18932.83910.0398-0.7265-0.19350.4704-0.12180.1970.4391-0.40490.09250.52590.04370.0690.52630.05130.0445-10.01516.17725.9122
171.50640.1396-0.58422.19810.40872.4129-0.1341-0.05840.0053-0.4159-0.22390.1454-0.3815-0.24990.1030.66380.1121-0.07020.3151-0.09140.0343-5.302310.3311-38.4863
186.54241.2255-1.0740.2288-0.20180.17570.13322.6165-0.3383-2.0359-0.0062-0.5256-0.48420.0681-0.31971.95370.17620.32510.8857-0.09480.6909-3.015310.3613-66.3142
192.4772-0.36371.33284.0069-0.39456.10040.1437-0.12480.08690.0211-0.0111-0.19340.4908-0.0103-0.17250.2950.05880.030.2873-0.1270.16212.61093.3989-40.6496
206.01961.9612-2.25387.8731-5.83414.43920.3671-1.06040.8442-0.1388-0.377-0.08181.13361.98220.14391.15820.2181-0.25310.7028-0.21880.51769.8992-4.4996-26.139
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 26:40 )A26 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 41:47 )A41 - 47
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 48:72 )A48 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 73:116 )A73 - 116
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 117:154 )A117 - 154
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 155:162 )A155 - 162
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 163:187 )A163 - 187
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 188:211 )A188 - 211
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 212:228 )A212 - 228
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 229:245 )A229 - 245
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN A AND RESID 246:246 ) or ( CHAIN A AND RESID 1001:1011 )A246
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN A AND RESID 1012:1036 )A1012 - 1036
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 1037:1096 )A1037 - 1096
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 1097:1121 )A1097 - 1121
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 1122:1162 )A1122 - 1162
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 1163:1196 )A1163 - 1196
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN A AND RESID 288:324 )A288 - 324
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN A AND RESID 325:339 )A325 - 339
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN A AND RESID 340:365 )A340 - 365
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN A AND RESID 366:373 )A366 - 373

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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