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- PDB-6niw: Crystal structure of P[6] rotavirus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6niw
タイトルCrystal structure of P[6] rotavirus
要素Protease-sensitive outer capsid protein
キーワードVIRUS / Rotavirus / host receptor interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


viral life cycle / viral capsid / peptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Human rotavirus A (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Xu, S. / Liu, Y. / Lakamp, L. / Ahmed, L. / Jiang, X. / Kennedy, M.A.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2020
タイトル: Molecular basis of P[II] major human rotavirus VP8* domain recognition of histo-blood group antigens.
著者: Xu, S. / Ahmed, L.U. / Stuckert, M.R. / McGinnis, K.R. / Liu, Y. / Tan, M. / Huang, P. / Zhong, W. / Zhao, D. / Jiang, X. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2019年1月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protease-sensitive outer capsid protein
B: Protease-sensitive outer capsid protein
C: Protease-sensitive outer capsid protein
D: Protease-sensitive outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,9306
ポリマ－73,7184
非ポリマー2122
水2,828157
1
A: Protease-sensitive outer capsid protein
B: Protease-sensitive outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9653
ポリマ－36,8592
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Protease-sensitive outer capsid protein
D: Protease-sensitive outer capsid protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9653
ポリマ－36,8592
非ポリマー1061
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)56.691, 76.000, 73.881
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUTHRTHRAA2 - 1582 - 158
21LEULEUTHRTHRBB2 - 1582 - 158
12LEULEUTHRTHRAA2 - 1582 - 158
22LEULEUTHRTHRCC2 - 1582 - 158
13ASPASPTHRTHRAA3 - 1583 - 158
23ASPASPTHRTHRDD3 - 1583 - 158
14VALVALGLYGLYBB1 - 1591 - 159
24VALVALGLYGLYCC1 - 1591 - 159
15ASPASPTHRTHRBB3 - 1583 - 158
25ASPASPTHRTHRDD3 - 1583 - 158
16ASPASPTHRTHRCC3 - 1583 - 158
26ASPASPTHRTHRDD3 - 1583 - 158

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.847135, 0.486719, -0.213229), (0.488409, 0.555118, -0.673276), (-0.209329, -0.674498, -0.707978)58.13039, 6.00906, 55.632999
3given(1), (1), (1)
4given(0.846252, 0.30298, 0.438247), (-0.491168, 0.124957, 0.862055), (0.206423, -0.944769, 0.254559)-63.500179, -24.96838, 5.94105
5given(1), (1), (1)
6given(-0.999862, -0.016535, -0.001435), (-0.01498, 0.861869, 0.50691), (-0.007145, 0.506862, -0.861998)98.293327, -41.138512, 83.210213
7given(1), (1), (1)
8given(-0.99999, 0.003692, -0.002362), (0.001925, 0.85419, 0.519958), (0.003937, 0.519948, -0.854189)98.242943, -42.98336, 81.990417
9given(1), (1), (1)
10given(0.841211, 0.328596, 0.429406), (-0.490218, 0.128395, 0.862091), (0.228146, -0.935703, 0.26909)-62.832199, -25.216431, 3.68389
11given(1), (1), (1)
12given(-0.840251, -0.332428, -0.428334), (-0.298252, -0.376351, 0.877158), (-0.452796, 0.864784, 0.217082)160.819702, -25.975389, 76.61705

-
要素

#1: タンパク質
Protease-sensitive outer capsid protein


分子量: 18429.471 Da / 分子数: 4 / 断片: VP8* domain, residues 48-206 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2DXN5
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES sodium pH 7.5, 1.5 M Lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→73.84 Å / Num. obs: 87191 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 13.3 / Num. measured all: 299725
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.633.40.476126710.9050.30.56595.4
4.89-73.843.30.02428420.9990.0150.02895.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.1データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
iMOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5vx8

5vx8


解像度: 1.55→73.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.455 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.095
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2325 4399 5 %RANDOM
Rwork0.1986 ---
obs0.2004 82770 95.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 78.6 Å2 / Biso mean: 23.08 Å2 / Biso min: 12.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å20 Å2
2---0 Å20 Å2
3---2.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→73.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5186 0 14 157 5357
Biso mean--37.39 27.67 -
残基数----633
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0135342
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5461.6547279
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3821.56610831
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.5215629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.87924.306288
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.75315868
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.6931516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2713
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0170.025915
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021118
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: TIGHT THERMAL / Weight position: 0.87

Ens-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
1A12913.2
2A12913.17
3A12832.92
4B13023.95
5B12833.51
6C12833.52
LS精密化 シェル解像度: 1.547→1.588 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 327 -
Rwork0.301 6009 -
all-6336 -
obs--94.02 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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