PDB-5vx8: VP8* of P[6] Human Rotavirus RV3

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5vx8

タイトル

VP8* of P[6] Human Rotavirus RV3

要素

Outer capsid protein VP4

キーワード

VIRAL PROTEIN / Glycan / HBGA / rotavirus

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Human rotavirus A (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Hu, L. / Venkataram Prasad, B.V.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2018
タイトル: Glycan recognition in globally dominant human rotaviruses.
著者: Hu, L. / Sankaran, B. / Laucirica, D.R. / Patil, K. / Salmen, W. / Ferreon, A.C.M. / Tsoi, P.S. / Lasanajak, Y. / Smith, D.F. / Ramani, S. / Atmar, R.L. / Estes, M.K. / Ferreon, J.C. / Prasad, B.V.V.

履歴

登録	2017年5月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年7月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5vx8.cif.gz	146.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5vx8.ent.gz	114 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5vx8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5vx8_validation.pdf.gz	433.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5vx8_full_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示
XML形式データ	5vx8_validation.xml.gz	17.8 KB	表示
CIF形式データ	5vx8_validation.cif.gz	25.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vx8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/vx/5vx8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5vx4C 5vx5C 5vx9C 2aenS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ymt-2 6oai-2 6h9z-1 2dwr-d 5ymt-5 5gj6-2 4yg6-4 5yms-3 5ymu-3 5yms-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Outer capsid protein VP4

B: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

37.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Outer capsid protein VP4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
18.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	27.790, 43.100, 65.740
Angle α, β, γ (deg.)	94.86, 99.40, 90.22
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Outer capsid protein VP4 / Rotavirus RV3 VP8* 分子量: 18483.477 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 65-223 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Human rotavirus A (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: D7F7M7
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 356 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.25 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 1.7 M ammonium sulfate, 0.1 M Tris, pH 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月16日
放射	モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→27.41 Å / Num. obs: 33614 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 2.1 % / CC_1/2: 0.986 / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 7.8
反射シェル	最高解像度: 2 Å / R_merge(I) obs: 0.102 / CC_1/2: 0.947

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1	精密化
iMOSFLM	7.0.9	データ削減
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER	2.5.5	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2AEN

2aen

解像度: 2→27.41 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 26.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2579	925	5.06 %
R_work	0.2081	-	-
obs	0.2107	18332	83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→27.41 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2592	0	10	356	2958

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	2670
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.694	3642
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.051	1560
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	460

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0001-2.0589	0.279	91	0.2147	2148	X-RAY DIFFRACTION	66
2.0589-2.1254	0.2945	145	0.2238	2744	X-RAY DIFFRACTION	85
2.1254-2.2013	0.3137	100	0.2232	2710	X-RAY DIFFRACTION	86
2.2013-2.2894	0.3778	123	0.2836	2491	X-RAY DIFFRACTION	77
2.2894-2.3935	0.2781	147	0.2388	2739	X-RAY DIFFRACTION	86
2.3935-2.5196	0.2983	166	0.2097	2826	X-RAY DIFFRACTION	87
2.5196-2.6774	0.2509	178	0.2158	2663	X-RAY DIFFRACTION	86
2.6774-2.8839	0.2412	163	0.216	2750	X-RAY DIFFRACTION	87
2.8839-3.1737	0.2467	139	0.204	2769	X-RAY DIFFRACTION	86
3.1737-3.6321	0.259	155	0.1878	2720	X-RAY DIFFRACTION	85
3.6321-4.5726	0.2015	128	0.1724	2668	X-RAY DIFFRACTION	83
4.5726-27.415	0.2147	167	0.1878	2684	X-RAY DIFFRACTION	84

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.033	0.019	0.0154	0.053	-0.0361	0.0546	-0.0032	0.0017	0.005	-0.0365	-0.0094	0.0005	0.0249	0.0177	-0.0618	0.0512	0.0335	-0.0093	0.0177	-0.0022	0.0113	28.5482	30.6188	60.8576
2	0.1985	0.0337	-0.0608	0.0638	-0.0047	0.031	-0.0024	-0.0592	-0.0325	-0.0021	-0.0117	-0.0079	0.0212	0.028	-0.0103	0.0249	0.0077	0.0067	0.0121	-0.0008	0.0207	30.6798	18.5718	71.3579
3	0.0583	-0.0224	0.0171	0.0106	-0.0052	0.0056	-0.0145	-0.0002	0.03	-0.0039	0.0074	-0.0612	0.0026	0.0658	-0.0165	-0.013	0.0035	0.0094	0.0542	0.0135	0.0379	37.8659	33.7722	69.5597
4	0.0466	-0.0045	0.0168	0.0301	-0.0305	0.0345	-0.0292	0.0321	0.0171	0.0243	-0.0166	-0.0245	0.0026	0.0199	-0.1288	0.0747	-0.0273	0.0298	0.018	0.0894	0.0493	29.6867	9.0291	51.4361
5	0.1016	0.0202	-0.0207	0.058	-0.0304	0.0194	0.0024	0.0217	0.0103	0.0334	0.0048	0.0018	-0.0098	0.003	-0.0031	0.0295	-0.0063	-0.0006	0.0124	0.0003	0.0434	29.8284	-0.5914	44.4125
6	0.0139	-0.0016	0.0065	0.0021	-0.0026	0.0082	0.0413	0.0733	-0.0389	-0.0458	-0.0008	0.025	0.068	0.0068	-0.0003	0.0672	-0.0146	-0.0232	0.1141	-0.0269	0.0363	36.2874	-8.8534	34.4944
7	0.1466	0.1158	0.0935	0.1413	0.03	0.1524	-0.0696	0.1013	0.0016	-0.0937	0.0265	0.0049	-0.0481	0.0551	-0.0144	0.0777	0.0064	-0.0047	0.0752	-0.0139	0.0441	27.6902	-3.7667	32.5878
8	0.025	0.034	0.0303	0.0426	0.0379	0.0347	-0.0428	0.0256	0.018	-0.0377	0.0011	0.0328	-0.0192	-0.0149	-0.0678	0.0771	-0.0502	0.0123	0.0378	-0.0132	0.0397	25.9572	-10.1413	40.6193
9	0.0327	0.0693	0.0587	0.1482	0.1246	0.1048	-0.0014	0.0162	0.0212	0.0431	-0.0664	0.063	-0.0093	-0.0324	-0.043	0.0546	0.0043	0.0181	0.0633	0.0405	0.0753	23.7191	4.9422	42.1733
10	0.0072	-0.0078	-0.0142	0.0385	0.0826	0.254	-0.0162	0.0227	0.0041	0.0471	-0.0596	0.016	-0.0433	-0.0904	-0.0608	0.0448	-0.0243	0.0091	0.0767	-0.0031	0.0461	21.6403	-0.3941	46.0083
11	0.0952	0.0354	0.0219	0.0226	-0.0015	0.1189	-0.0188	-0.0022	0.0378	0.0183	0.0604	0.0888	-0.0434	-0.0324	0.0228	0.0393	0.0232	-0.0163	0.0446	0.0197	0.1309	20.3347	12.1929	42.7122

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 65 through 79 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 80 through 203 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 204 through 223 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 65 through 79 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 80 through 108 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 109 through 130 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 131 through 144 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 145 through 159 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 160 through 169 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 170 through 203 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 204 through 223 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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