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- PDB-4yg6: Structural basis of glycan recognition in neonate-specific rotaviruses -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yg6
タイトルStructural basis of glycan recognition in neonate-specific rotaviruses
要素Outer capsid protein VP8*
キーワードVIRAL PROTEIN / rotavirus / structural biology / glycan
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell rough endoplasmic reticulum / permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / host cytoskeleton / viral outer capsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily ...Rotavirus VP4 helical domain / Rotavirus VP4 helical domain / Outer capsid protein VP4 / Rotavirus VP4, membrane interaction domain superfamily / Rotavirus VP4, membrane interaction domain / Rotavirus VP4 membrane interaction domain / Haemagglutinin outer capsid protein VP4, concanavalin-like domain / Outer Capsid protein VP4 (Hemagglutinin) Concanavalin-like domain / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Outer capsid protein VP4 / Outer capsid protein VP4
類似検索 - 構成要素
生物種Rotavirus A (ロタウイルス A)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Hu, L. / Prasad, B.V.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI36040 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis of glycan specificity in neonate-specific bovine-human reassortant rotavirus.
著者: Hu, L. / Ramani, S. / Czako, R. / Sankaran, B. / Yu, Y. / Smith, D.F. / Cummings, R.D. / Estes, M.K. / Venkataram Prasad, B.V.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support
Item: _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer capsid protein VP8*
B: Outer capsid protein VP8*
C: Outer capsid protein VP8*
D: Outer capsid protein VP8*
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,14012
ポリマ－72,2544
非ポリマー2,8868
水26,7341484
1
A: Outer capsid protein VP8*
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8663
ポリマ－18,0641
非ポリマー8032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Outer capsid protein VP8*
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8663
ポリマ－18,0641
非ポリマー8032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Outer capsid protein VP8*
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8663
ポリマ－18,0641
非ポリマー8032
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Outer capsid protein VP8*
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,5423
ポリマ－18,0641
非ポリマー4782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)36.200, 140.280, 54.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.78, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Outer capsid protein VP8* / Hemagglutinin


分子量: 18063.570 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 65-225 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rotavirus A (ロタウイルス A)
株: isolate Cow/United States/B223/1983 G10-P8[11]-I2-Rx-Cx-Mx-A13-Nx-Tx-E2-Hx
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35746, UniProt: A2T3T2*PLUS
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose- ...beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-3)-beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 707.630 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-3DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5][a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-2-3-2/a4-b1_b3-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{[(3+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpNAcb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1484 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M Phosphate citrate, 1.6 M Sodium dihydrogen phosphate, 0.4 M di-Potassium hydrogen phosphate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.977408 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月24日
放射モノクロメーター: Asymmetric curved crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977408 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→36.2 Å / Num. obs: 93062 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.46→1.54 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.333 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / % possible all: 99.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.REFINE: 1.8.4_1496)精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YG3

4yg3


解像度: 1.46→36.2 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.46 / 位相誤差: 21.97 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 4612 5.16 %
Rwork0.176 --
obs0.177 91978 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.46→36.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5088 0 188 1484 6760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075407
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17433
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1432184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046857
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005955
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.46-1.48520.26354080.26918733X-RAY DIFFRACTION94
1.4852-1.51220.28454210.2598902X-RAY DIFFRACTION95
1.5122-1.54120.25764740.24628656X-RAY DIFFRACTION94
1.5412-1.57270.2274890.22758873X-RAY DIFFRACTION94
1.5727-1.60680.24325320.21788607X-RAY DIFFRACTION93
1.6068-1.64420.23225040.2148716X-RAY DIFFRACTION93
1.6442-1.68530.22164650.21028630X-RAY DIFFRACTION94
1.6853-1.73080.21434640.20738760X-RAY DIFFRACTION93
1.7308-1.78170.22024590.21258661X-RAY DIFFRACTION93
1.7817-1.83920.21834340.2058690X-RAY DIFFRACTION94
1.8392-1.90490.2044940.19138715X-RAY DIFFRACTION92
1.9049-1.9810.24320.18548548X-RAY DIFFRACTION93
1.981-2.07110.19034600.18028600X-RAY DIFFRACTION92
2.0711-2.18010.19964530.17078635X-RAY DIFFRACTION92
2.1801-2.31650.20824280.18268589X-RAY DIFFRACTION92
2.3165-2.49490.21194690.16658532X-RAY DIFFRACTION92
2.4949-2.74520.18634450.16068593X-RAY DIFFRACTION92
2.7452-3.14080.17584560.1468337X-RAY DIFFRACTION90
3.1408-3.95060.14594040.12228214X-RAY DIFFRACTION88
3.9506-18.42580.16084340.13728822X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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