PDB-4dy0: Crystal structure of native protease nexin-1 with heparin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4dy0

タイトル

Crystal structure of native protease nexin-1 with heparin

要素

Glia-derived nexin

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / serpin / protease inhibitor / thrombin / cell surface

機能・相同性

機能・相同性情報

cerebellar granular layer morphogenesis / mating plug formation / seminal vesicle epithelium development / regulation of timing of cell differentiation / secretory granule organization / negative regulation of sodium ion transport / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / secretion by cell / positive regulation of astrocyte differentiation / platelet alpha granule ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Huntington, J.A. / Li, W.

引用

ジャーナル: Blood / 年: 2012
タイトル: Crystal structures of protease nexin-1 in complex with heparin and thrombin suggest a 2-step recognition mechanism.
著者: Li, W. / Huntington, J.A.

履歴

登録	2012年2月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2012年8月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Non-polymer description
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_src_nat / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_nat.entity_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_nat / Item: _entity.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4dy0_validation.pdf.gz	818.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4dy0_full_validation.pdf.gz	834.1 KB	表示
XML形式データ	4dy0_validation.xml.gz	31.6 KB	表示
CIF形式データ	4dy0_validation.cif.gz	44.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dy/4dy0	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4dy7C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ci0-d 2olo-d 4rsq-12 2ary-1 3nda-2 3lth-d 4a6n-1 2r9c-d 3iss-10 3iss-12 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (10) #25 - 2002年1月トロンビン (Thrombin) 類似性 (3) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (2) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (2) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #209 - 2017年5月組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#53 - 2004年5月
セルピン (Serpins)
類似性 (10)
#25 - 2002年1月
トロンビン (Thrombin)
類似性 (3)
#83 - 2006年11月
フィブリン (Fibrin)
類似性 (2)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (2)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#209 - 2017年5月
組織グルタミン転移酵素とセリアック病 (Tissue Transglutaminase and Celiac Disease)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glia-derived nexin

B: Glia-derived nexin

ヘテロ分子

85 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Glia-derived nexin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.7 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Glia-derived nexin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
42.3 kDa, 1 ポリマー
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3

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

4

A: Glia-derived nexin

ヘテロ分子

B: Glia-derived nexin

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
85 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	140.650, 140.650, 93.550
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質

Glia-derived nexin / GDN / Peptidase inhibitor 7 / PI-7 / Protease nexin 1 / PN-1 / Protease nexin I / Serpin E2

分子量: 41915.488 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SERPINE2, PI7, PN1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07093

#2: 多糖

2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 595.486 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2121A-1a_1-5_2OSO/3=O/3=O][a2122h-1a_1-5_2NSO/3=O/3=O_6*OSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-4-deoxy-GlcpNSO36SO3]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION

分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / 詳細: mucosal heparin

#4: 化合物

ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL

分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.43 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 25mM NaAc, 12% PEG3350, 0.2M (NH4)2SO4, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月4日
放射	モノクロメーター: Si(111) double-crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→68.14 Å / Num. all: 39468 / Num. obs: 39468 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 42.61 Å² / R_merge(I) obs: 0.138 / R_sym value: 0.128 / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 2.35→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DNA		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.6.0098	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.35→68.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 12.461 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.285 / ESU R Free: 0.215 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22634	1976	5 %	RANDOM
R_work	0.18174	-	-	-
all	0.1839	37395	-	-
obs	0.1839	37395	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.913 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.35 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→68.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5580	0	67	248	5895

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.004	0.022	5764
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	0.835	1.968	7852
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.035	5	727
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.323	24.818	220
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.887	15	951
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.373	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.057	0.2	940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.021	4226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.354→2.415 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	139	-
R_work	0.276	2514	-
obs	-	-	99.92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.0879	-0.2717	-0.5233	0.5397	0.5301	0.6	0.0358	-0.059	-0.0691	0.0782	-0.0557	-0.0077	0.048	-0.0704	0.0198	0.0664	-0.0076	-0.0494	0.1568	0.0209	0.0454	21.8289	-51.7216	49.4153
2	1.554	-0.6109	-0.1056	2.6871	1.2959	0.7067	-0.0701	-0.2815	-0.3381	0.5459	-0.0227	0.2007	0.3133	0.051	0.0928	0.2932	0.0282	-0.0075	0.2495	0.1301	0.1204	26.9202	-62.8015	59.5346
3	5.9627	1.2434	-3.7417	0.5199	0.2179	6.9141	0.0399	-0.2504	0.4811	0.0498	0.1566	0.1163	0.0341	0.3765	-0.1965	0.1816	0.0675	-0.0389	0.4388	-0.0026	0.0511	25.5897	-46.985	68.1039
4	3.8048	4.774	-1.1403	13.8958	-2.7118	2.9426	0.2571	-0.8454	-0.1443	1.0372	0.0562	-0.1385	-0.3073	0.4079	-0.3133	0.2038	-0.0317	0.0172	0.4568	-0.0327	0.0671	29.7375	-44.6098	66.2342
5	5.286	-6.5353	-3.3296	11.0343	5.2507	3.7302	-0.0463	-0.2072	-0.1126	0.6527	0.1162	-0.6126	-0.1509	0.5256	-0.0698	0.2695	-0.1242	-0.2114	0.4508	0.0228	0.2297	39.8737	-43.2238	61.5994
6	12.4528	-22.0135	-5.8906	47.1524	13.0652	3.6413	0.5422	-0.2289	0.0795	-0.9548	-0.4883	-0.0757	-0.2506	-0.1526	-0.0539	0.2441	-0.0052	0.0352	0.4988	-0.0874	0.1048	37.4431	-38.1998	54.9347
7	3.8267	-2.8086	-1.7755	4.8581	2.6536	2.5149	0.0536	-0.4734	0.334	-0.0254	0.071	0.0032	-0.2989	0.3252	-0.1246	0.185	-0.0172	-0.0081	0.2486	-0.068	0.1655	31.8402	-43.3346	57.3908
8	1.4671	-0.4795	-0.4935	1.2864	-1.1605	2.4766	0.0353	-0.1341	-0.094	-0.048	0.0169	-0.067	0.2431	0.0854	-0.0523	0.0696	0.0044	-0.0558	0.0151	0.0077	0.066	40.0633	-62.0103	34.8469
9	4.5614	-0.9958	-1.271	4.774	0.0859	1.6361	-0.0172	-0.0644	-0.1187	-0.1489	0.0457	0.2808	0.2763	-0.0877	-0.0285	0.1912	-0.0289	-0.0833	0.0647	0.0401	0.067	30.8082	-68.4731	36.0022
10	2.6329	-0.5572	-1.2504	0.4272	-0.0436	1.1128	0.1606	-0.293	0.2726	0.014	0.0551	-0.0722	-0.1087	0.0338	-0.2156	0.0448	0.0073	-0.0117	0.1382	-0.0062	0.0867	24.6712	-44.5869	51.1357
11	0.9166	-0.0764	-0.559	0.8134	0.4635	1.6586	0.0646	-0.2215	-0.0713	-0.0042	0.0194	-0.048	0.1842	0.119	-0.084	0.0636	-0.0029	-0.0388	0.0733	0.0063	0.0348	36.1429	-56.7989	43.5912
12	2.7062	2.2058	2.3385	3.3897	2.5239	3.9165	0.0651	-0.2038	-0.1325	0.1073	-0.147	0.101	0.2573	0.0014	0.0819	0.0244	0.0153	0.0267	0.0339	0.032	0.1154	14.2122	-42.8341	26.3124
13	1.5485	-0.8741	-1.1015	0.5243	0.6358	1.075	0.0807	0.1571	-0.1624	-0.0848	-0.0957	0.1261	0.0288	-0.1959	0.0151	0.0962	-0.0276	-0.0827	0.059	-0.0055	0.1155	12.3963	-45.5949	11.6563
14	4.8678	0.8845	-3.7498	4.1956	0.2698	3.142	0.0976	0.2184	-0.0032	-0.6429	-0.1003	0.0823	-0.1687	-0.1888	0.0027	0.2296	0.046	-0.0622	0.0752	-0.008	0.0215	19.2936	-43.4806	0.7657
15	3.3876	-1.2394	-1.8117	5.2213	0.95	4.703	-0.1876	0.2643	0.3166	-0.3648	0.0997	0.1373	-0.0884	0.1013	0.0879	0.1267	-0.0405	-0.0079	0.0431	0.0514	0.0855	24.8816	-29.6002	6.3392
16	32.0009	-12.4637	-8.4833	21.1997	4.2996	3.6531	0.179	-0.1878	-0.5572	-0.078	-0.1122	-0.4517	0.2149	-0.0265	-0.0668	0.1394	0.0013	-0.0202	0.0127	0.0212	0.0627	31.3701	-31.1284	13.0309
17	1.5551	-1.2445	-0.1376	1.4973	0.7194	1.0431	0.2076	-0.0067	0.1585	-0.2565	-0.06	-0.1126	-0.2445	-0.0841	-0.1475	0.0978	0.0019	0.0571	0.0233	0.028	0.1546	10.7532	-26.275	24.5966
18	0.8557	-0.1179	0.1367	0.6007	0.1708	1.094	0.0678	-0.1673	-0.0196	0.0302	-0.0048	0.0453	-0.0166	-0.11	-0.063	0.0099	-0.014	0.0049	0.0595	0.0271	0.0891	4.2485	-33.0906	36.1009
19	1.65	-0.7884	-1.0569	1.4986	0.4833	0.9119	0.0031	-0.094	0.0504	-0.019	0.1024	0.0797	0.0552	0.0274	-0.1054	0.0388	0.0119	-0.0399	0.0541	0.01	0.0605	9.246	-38.2025	28.9896
20	4.6975	-0.4919	2.0316	3.2771	-0.1452	6.8884	0.0746	0.2452	-0.2091	-0.4614	0.0094	-0.1318	0.3041	0.1359	-0.0841	0.1549	0.0024	0.0208	0.0238	-0.0322	0.054	29.7725	-51.6609	6.9955
21	0.8275	0.2589	-0.1977	0.0892	-0.0968	0.2956	0.0753	0.027	0.1144	0.0257	0.0047	0.0413	-0.093	-0.0357	-0.0801	0.0539	0.0287	0.0178	0.0256	0.0238	0.0943	4.5164	-28.5795	28.3097
22	0.8969	-0.1362	-0.5277	1.0309	1.668	2.8447	0.0641	-0.1369	-0.0619	0.0407	-0.0593	-0.0236	0.0546	-0.0606	-0.0048	0.0166	-0.011	0.0033	0.0484	0.0447	0.1272	8.0909	-33.9009	29.1465

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	63 - 89
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	90 - 112
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	113 - 126
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	127 - 145
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	146 - 154
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	155 - 171
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	172 - 251
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	252 - 272
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	273 - 309
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	310 - 379
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	4 - 34
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	35 - 96
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	97 - 120
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	121 - 146
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	147 - 157
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	158 - 192
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	193 - 251
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	252 - 295
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	296 - 315
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	316 - 352
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	353 - 379

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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