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- PDB-4s0v: Crystal structure of the human OX2 orexin receptor bound to the i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4s0v
タイトルCrystal structure of the human OX2 orexin receptor bound to the insomnia drug Suvorexant
要素Human Orexin receptor type 2 fusion protein to P. abysii Glycogen Synthase
キーワードSIGNALING PROTEIN / G protein-coupled receptor / orexin neurotransmitters / orexin receptor / Orexin-A / Orexin-B / Suvorexant / N-linked glycosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / neuropeptide receptor activity / locomotion / feeding behavior / peptide hormone binding / regulation of cytosolic calcium ion concentration ...regulation of circadian sleep/wake cycle, wakefulness / circadian sleep/wake cycle process / orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / neuropeptide receptor activity / locomotion / feeding behavior / peptide hormone binding / regulation of cytosolic calcium ion concentration / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / chemical synaptic transmission / synapse / nucleoplasm / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Orexin receptor 2 / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...Orexin receptor 2 / Orexin receptor type 2 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
OLEIC ACID / Chem-SUV / Orexin receptor type 2 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Yin, J. / Kolb, P. / Mobarec, J.C. / Rosenbaum, D.M.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of the human OX2 orexin receptor bound to the insomnia drug suvorexant.
著者: Yin, J. / Mobarec, J.C. / Kolb, P. / Rosenbaum, D.M.
履歴
登録2015年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年1月14日ID: 4RNB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年3月25日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Human Orexin receptor type 2 fusion protein to P. abysii Glycogen Synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,8233
ポリマ－64,0901
非ポリマー7332
水50428
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.358, 75.819, 96.335
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Human Orexin receptor type 2 fusion protein to P. abysii Glycogen Synthase / Ox-2-R / Ox2-R / Ox2R / Hypocretin receptor type 2 / Glycogen synthase


分子量: 64089.777 Da / 分子数: 1
断片: UNP O43614 residues 3-254, 294-388, and UNP Q9V2J8 residues 218-413
由来タイプ: 組換発現
詳細: MOLECULE IS AN ENGINEERED FUSION PROTEIN IN WHICH THE 196-AMINO-ACID CATALYTIC DOMAIN OF PYROCOCCUS ABYSII GLYCOGEN SYNTHASE REPLACES 39 RESIDUES AT THE INTRAC ELLULAR LOOP 3 (ICL3) OF THE ...詳細: MOLECULE IS AN ENGINEERED FUSION PROTEIN IN WHICH THE 196-AMINO-ACID CATALYTIC DOMAIN OF PYROCOCCUS ABYSII GLYCOGEN SYNTHASE REPLACES 39 RESIDUES AT THE INTRAC ELLULAR LOOP 3 (ICL3) OF THE HUMAN OX2 OREXIN RECEPTOR
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
遺伝子: HCRTR2, PAB2292, PYRAB00770 / プラスミド: pFastbac1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43614, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物 ChemComp-SUV / [(7R)-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-7-methyl-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone / suvorexant


分子量: 450.921 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H23ClN6O2
#3: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 52

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 5.9
詳細: 31% PEG 400, 0.1 M sodium citrate, 0.2 M sodium formate, 3%(w/v) hexanediol, pH 5.9, Lipidic Cubic Phase (LCP), temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年7月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 22305 / Num. obs: 22305 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1839)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 4DKL and 2BFW

4dkl

2bfw


解像度: 2.5→43.717 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.92 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.242 955 5.09 %RANDOM
Rwork0.1972 ---
obs0.1972 18772 84.19 %-
all-19767 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→43.717 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3810 0 40 28 3878
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043939
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7455331
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.361437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.025611
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003648
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5-2.61990.2862400.2457994X-RAY DIFFRACTION32
2.6199-2.7840.29191120.23291928X-RAY DIFFRACTION65
2.784-2.99890.26911460.23112758X-RAY DIFFRACTION92
2.9989-3.30060.28411560.22023003X-RAY DIFFRACTION100
3.3006-3.77790.24371710.19533029X-RAY DIFFRACTION100
3.7779-4.75890.2291680.17113018X-RAY DIFFRACTION100
4.7589-43.7170.21021620.18953087X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5733-1.34062.40121.5019-1.86654.06850.0033-0.29990.40440.1249-0.0290.32290.06570.87610.0510.7827-0.0884-0.08490.7261-0.15240.622254.143326.520761.3854
20.71130.05960.05732.39591.43194.5987-0.17480.13350.36-0.1194-0.29770.4591-0.26420.0790.09510.23950.0094-0.04080.17390.03550.261542.911418.346437.8261
30.5902-0.7036-0.9381.0389-0.89214.14220.0527-0.12990.0552-0.0086-0.090.1935-0.2621-0.04330.02660.1485-0.00870.01350.2252-0.02790.260844.838210.981746.5369
42.05260.3682-1.90581.41770.21644.50320.157-0.0876-0.0872-0.0870.0211-0.1786-0.07560.3297-0.11020.12930.0323-0.00860.1977-0.01080.243650.69972.311639.8424
54.49881.6653-0.75240.6239-0.34770.5012-0.6997-0.8659-0.9418-0.84990.5674-0.05020.27770.67080.05320.55490.0837-0.0520.6739-0.03190.6351.1587-3.73321.8609
61.1427-0.4149-0.25182.23630.85663.7473-0.095-0.1175-0.09820.2434-0.19620.42360.43540.10660.19560.1625-0.03210.03750.22750.0130.30246.62930.309852.9248
78.5317-5.5758-2.83126.16110.85512.12990.0116-0.85540.21320.36430.4551-0.84220.01130.20120.03820.39280.0444-0.08970.48230.05390.33454.88820.803564.3297
80.39710.30010.38542.3335-0.44646.01420.0260.1252-0.1344-0.26540.025-0.18050.29780.4550.03650.27360.09620.03350.3630.02470.282963.18722.489436.7223
92.4840.25280.08145.6862-2.873.74630.0015-0.65360.30410.59020.26861.07320.0472-0.5921-0.07610.55090.05310.08120.4787-0.07770.312465.448915.10242.948
105.6591-2.0191-1.89664.0350.98854.0781-0.22620.55370.3664-0.4563-0.02090.0465-0.01070.12540.20460.3063-0.0670.01050.2569-0.00320.231768.50311.4582-17.7986
113.0099-1.1395-0.33943.0154-1.95941.7347-0.5026-0.6766-0.20290.3263-0.0923-0.61940.48440.4420.41570.59930.089-0.01110.33130.07250.298672.9179-4.811-4.38
122.76840.1383-0.49526.2111-0.51931.1261-0.49340.8921-0.322-0.6056-0.19960.34261.22920.04550.09720.708-0.03280.15390.0902-0.09750.378968.2344-7.9264-18.43
131.3292-1.62630.7882.8743-2.08882.353-0.5179-0.325-0.55030.4228-0.3974-0.93020.74181.2697-0.56810.3520.31170.12490.53080.14420.605981.0025-5.0721-7.6087
142.1047-0.2233-0.15275.15343.15573.83270.0171-0.27480.0713-0.77390.2874-0.7054-0.40810.91690.00940.2512-0.02380.02320.38690.05120.353877.15565.667-9.3649
151.68440.5376-0.07262.0340.83780.3814-0.1927-0.32720.33340.0190.01210.22840.83890.51110.07660.36260.03940.01530.29570.00740.138166.81640.9472-4.3766
162.5842-0.31150.88481.92082.08246.90090.5588-0.588-0.16720.9042-0.41470.11230.1911-0.76020.27830.6726-0.0482-0.04510.40770.01550.623766.38981.49477.1544
172.2123-1.05060.59942.72871.69613.2468-0.0401-0.3816-0.26590.3202-0.27450.56880.6299-0.48470.2450.3308-0.0460.07480.28550.01940.35959.3061-2.0919-5.3341
180.59910.37480.88390.77041.75783.4917-0.27730.12310.1139-0.0193-0.1442-0.029-0.4923-0.21710.23660.34350.00540.04140.39940.01590.251255.713710.25826.9053
190.80950.2174-0.76822.6163-0.69131.3894-0.1134-0.27310.09030.3497-0.2711-0.3922-0.35380.64390.36970.19-0.0389-0.01730.36730.00360.308361.997510.786249.4395
200.5420.0760.18321.5576-0.31293.21890.1773-0.15390.1453-0.0755-0.14640.0835-0.4567-0.1967-0.11690.2847-0.0040.00180.2269-0.0210.271850.461519.172738.4349
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 50:54)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 55:85)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 86:124)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 125:156)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 157:168)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 169:206)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 207:220)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 221:252)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and (resid 253:254) or (resid 1001: 1012))
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 1013:1031)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 1032:1053)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 1054:1069)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain A and resid 1070:1087)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain A and resid 1088:1107)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain A and resid 1108:1121)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain A and resid 1122:1127)
17X-RAY DIFFRACTION17(chain A and resid 1128:1182)
18X-RAY DIFFRACTION18(chain A and (resid 1183:1196) or (resid 294:304))
19X-RAY DIFFRACTION19(chain A and resid 305:340)
20X-RAY DIFFRACTION20(chain A and resid 341:381)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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