PDB-6kp6: The structural study of mutation induced inactivation of Human mu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kp6

タイトル

The structural study of mutation induced inactivation of Human muscarinic receptor M4

要素

Muscarinic acetylcholine receptor M4,GlgA glycogen synthase,Muscarinic acetylcholine receptor M4

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled receptors / M4 / mutation design / ligand screening

機能・相同性

機能・相同性情報

Muscarinic acetylcholine receptors / G protein-coupled acetylcholine receptor activity / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / regulation of locomotion / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3 Å

データ登録者

Wang, J.J. / Wu, M. / Wu, L.J. / Liu, Z.J. / Hua, T.

引用

ジャーナル: Iucrj / 年: 2020
タイトル: The structural study of mutation-induced inactivation of human muscarinic receptor M4
著者: Wang, J.J. / Wu, M. / Wu, L.J. / Xu, Y. / Li, F. / Wu, Y. / Popov, P. / Wang, L. / Bai, F. / Zhao, S. / Liu, Z.J. / Hua, T.

履歴

登録	2019年8月14日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kp6.cif.gz	199.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kp6.ent.gz	159.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kp6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kp6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/6kp6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5dsgS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5noe-1 6ddn-d 4nv1-4 1vqu-d 6v33-d 2hz0-d 3zdb-1 6yjp-1 3ows-d 4nv1-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (6) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (6) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (6)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (6)
#217 - 2018年1月
オピオイド受容体 (Opioid Receptors)
類似性 (6)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (6)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (6)
#254 - 2021年2月
セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase)
類似性 (1)
#136 - 2011年4月
ナノボディ (Nanobodies)
類似性 (6)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (6)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (6)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (6)

登録構造単位

A: Muscarinic acetylcholine receptor M4,GlgA glycogen synthase,Muscarinic acetylcholine receptor M4

55.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.100, 61.320, 203.740
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Muscarinic acetylcholine receptor M4,GlgA glycogen synthase,Muscarinic acetylcholine receptor M4 / Glycogen synthase 分子量: 55439.840 Da / 分子数: 1 / 変異: I93T G150A I187A S219Y N449R T459E / 由来タイプ: 組換発現詳細: fusion protein of Muscarinic acetylcholine receptor M4 and GlgA glycogen synthase 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌) 遺伝子: CHRM4, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay / 細胞株 (発現宿主): insect cell 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P08173, UniProt: Q9V2J8
Has protein modification	Y

#1: タンパク質

Muscarinic acetylcholine receptor M4,GlgA glycogen synthase,Muscarinic acetylcholine receptor M4 / Glycogen synthase

分子量: 55439.840 Da / 分子数: 1 / 変異: I93T G150A I187A S219Y N449R T459E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: fusion protein of Muscarinic acetylcholine receptor M4 and GlgA glycogen synthase
由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト), (組換発現)

Pyrococcus abyssi GE5 (古細菌)
遺伝子: CHRM4, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay / 細胞株 (発現宿主): insect cell
発現宿主:

Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P08173, UniProt: Q9V2J8

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.35 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.8 詳細: 300 mM diammonium hydrogen phosphate, 22-26% PEG 300, 0.1M HEPES sodium pH 7.6-8.2 PH範囲: 7.6-8.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月30日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→49.14 Å / Num. obs: 14718 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 27.108 % / B_iso Wilson estimate: 89.34 Å² / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.116 / R_rim(I) all: 0.118 / Χ²: 1.14 / Net I/σ(I): 19.32 / Num. measured all: 398969 / Scaling rejects: 235

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
3-3.08	6.028	0.586	2.3	6275	1073	1041	0.379	0.637	97
3.08-3.16	9.175	0.587	3.08	9358	1024	1020	0.586	0.62	99.6
3.16-3.25	11.138	0.592	3.6	11305	1015	1015	0.66	0.619	100
3.25-3.35	19.599	0.551	4.86	19364	988	988	0.859	0.565	100
3.35-3.46	26.255	0.476	6.56	25494	971	971	0.959	0.485	100
3.46-3.59	27.935	0.393	8.34	25700	920	920	0.978	0.4	100
3.59-3.72	30.627	0.332	10.97	27442	896	896	0.99	0.338	100
3.72-3.87	32.05	0.272	13.64	27435	856	856	0.994	0.276	100
3.87-4.05	32.411	0.229	16.78	27258	841	841	0.995	0.233	100
4.05-4.24	34.068	0.192	21.77	27016	793	793	0.996	0.195	100
4.24-4.47	33.971	0.167	25.1	25716	757	757	0.997	0.169	100
4.47-4.74	33.794	0.131	30.67	24805	734	734	0.999	0.133	100
4.74-5.07	36.295	0.118	33.35	24572	677	677	1	0.12	100
5.07-5.48	35.679	0.114	32.02	22799	639	639	1	0.115	100
5.48-6	38.141	0.117	33.63	22465	589	589	0.999	0.118	100
6-6.71	38.007	0.113	36.07	20524	540	540	0.998	0.114	100
6.71-7.75	37.331	0.087	44.92	18255	489	489	0.999	0.088	100
7.75-9.49	35.201	0.061	57.43	14679	417	417	1	0.062	100
9.49-13.42	35.916	0.056	64.54	11996	334	334	1	0.057	100
13.42-49.14	32.393	0.062	60.29	6511	207	201	0.995	0.064	97.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5DSG

5dsg

解像度: 3→49.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.927 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R_free Blow DPI: 0.392

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.264	731	4.97 %	RANDOM
R_work	0.231	-	-	-
obs	0.233	14716	99.7 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 209.99 Å² / B_iso mean: 100.49 Å² / B_iso min: 30 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.4922 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-3.0633 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.5712 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.48 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3→49.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3711	0	0	0	3711
残基数	-	-	-	-	477

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1264	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	622	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3799	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	514	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4384	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3799	HARMONIC	2	0.008
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	5171	HARMONIC	2	0.94
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.1
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				20.32

LS精密化シェル

解像度: 3→3.24 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2954	142	4.84 %
R_work	0.2373	2793	-
all	0.2401	2935	-
obs	-	-	98.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -15.5423 Å / Origin y: 1.6557 Å / Origin z: -25.6893 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.141 Å²	-0.039 Å²	-0.0167 Å²	-	0.0656 Å²	0.0436 Å²	-	-	-0.3012 Å²
L	0.4402 °²	0.0792 °²	0.675 °²	-	0.2666 °²	1.1374 °²	-	-	3.0393 °²
S	0.0954 Å °	-0.0298 Å °	0.0375 Å °	-0.0943 Å °	-0.0165 Å °	-0.0877 Å °	0.1007 Å °	0.0374 Å °	-0.0788 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

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関連情報:EMDBヘッダ

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