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- PDB-3ows: Crystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/M1... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ows
タイトルCrystal Structure of Ketosteroid Isomerase D40N/C69S/C81S/C97S/M116C-CN from P. putida with Bound Equilenin
要素Steroid Delta-isomerase
キーワードISOMERASE / Steroid / Cyanylation
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid Delta-isomerase / steroid Delta-isomerase activity / steroid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Ketosteroid isomerase / SnoaL-like domain / SnoaL-like domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EQUILENIN / Steroid Delta-isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Sigala, P.A. / Fenn, T.D. / Herschlag, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2013
タイトル: Quantitative dissection of hydrogen bond-mediated proton transfer in the ketosteroid isomerase active site.
著者: Sigala, P.A. / Fafarman, A.T. / Schwans, J.P. / Fried, S.D. / Fenn, T.D. / Caaveiro, J.M. / Pybus, B. / Ringe, D. / Petsko, G.A. / Boxer, S.G. / Herschlag, D.
履歴
登録2010年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年2月15日Group: Database references
改定 1.22012年3月7日Group: Database references
改定 1.32013年7月17日Group: Database references
改定 1.42023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52023年12月6日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid Delta-isomerase
B: Steroid Delta-isomerase
C: Steroid Delta-isomerase
D: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,0508
ポリマ－57,9854
非ポリマー1,0654
水5,224290
1
A: Steroid Delta-isomerase
C: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5254
ポリマ－28,9932
非ポリマー5332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12740 Å2
手法PISA
2
B: Steroid Delta-isomerase
D: Steroid Delta-isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5254
ポリマ－28,9932
非ポリマー5332
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area12780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.582, 129.717, 45.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.800, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Steroid Delta-isomerase / Delta(5)-3-ketosteroid isomerase


分子量: 14496.276 Da / 分子数: 4 / 変異: D40N, C69S, C81S, C97S, M116(XCN) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: ksi / プラスミド: pKK223-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P07445, steroid Delta-isomerase
#2: 化合物
ChemComp-EQU / EQUILENIN / エキレニン


分子量: 266.334 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 1.1 M ammonium sulfate, 5% isopropanol, 40 mM potassium phosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日
放射モノクロメーター: Double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→36.41 Å / Num. all: 52970 / Num. obs: 41740 / % possible obs: 79 % / Biso Wilson estimate: 11.58 Å2
反射 シェル解像度: 1.71→1.75 Å / % possible all: 17

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2PZV

2pzv


解像度: 1.71→36.41 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.7656 / SU ML: 1.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.03 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2569 1964 5.1 %random
Rwork0.2122 ---
obs0.2146 38538 72.81 %-
all-52970 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.623 Å2 / ksol: 0.42 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 125.34 Å2 / Biso mean: 28.8616 Å2 / Biso min: 5.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8357 Å2-0 Å26.0434 Å2
2---11.4648 Å2-0 Å2
3---3.747 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.71→36.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3996 0 80 290 4366
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0064176
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0765688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.065596
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003756
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2031524
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.71-1.74760.3388350.290459262717
1.7476-1.79480.301520.269394599727
1.7948-1.84770.3329670.25711343141037
1.8477-1.90730.2991900.24441795188550
1.9073-1.97550.33811170.23532270238764
1.9755-2.05450.27781360.22242693282975
2.0545-2.1480.29821690.21182933310282
2.148-2.26130.26411690.21933182335189
2.2613-2.40290.28372010.22263346354793
2.4029-2.58840.30241650.22623342350794
2.5884-2.84880.27331740.22533488366296
2.8488-3.26080.26262040.21793476368098
3.2608-4.10740.20481910.18333562375399
4.1074-36.410.2021940.18383607380199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64970.20290.18710.4299-0.1006-0.0293-0.04330.04150.0797-0.07120.04730.06360.0119-0.01690.0020.0518-0.0046-0.00390.08250.0050.0543.1477-7.379720.143
20.25450.3947-0.02180.7823-0.41040.4964-0.0281-0.0333-0.16560.1179-0.0312-0.2827-0.01350.06040.07060.1050.0054-0.00490.09020.01620.1432-15.186514.0296.4187
30.84450.1816-0.16870.2785-0.14210.32520.029-0.0615-0.1752-0.0079-0.0719-0.11340.0590.0324-0.00760.0876-0.0025-0.01690.09790.00130.1221-23.6143-19.695325.3869
40.21970.3542-0.07080.5897-0.22611.0855-0.0056-0.03280.0511-0.0031-0.1198-0.1775-0.16650.12830.10660.1036-0.0049-0.01270.11010.0150.1283-13.4656-37.89652.7483
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain AA2 - 200
2X-RAY DIFFRACTION2chain BB2 - 200
3X-RAY DIFFRACTION3chain CC2 - 200
4X-RAY DIFFRACTION4chain DD2 - 200

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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