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Yorodumi- PDB-6ddn: The sulfate-binding protein SubI from Mycobacterium tuberculosis H37Rv -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 6ddn | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | The sulfate-binding protein SubI from Mycobacterium tuberculosis H37Rv | ||||||
Components | Probable sulfate-binding lipoprotein SubI | ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / sulfate-binding protein | ||||||
| Function / homology | Function and homology informationSulfate assimilation / sulfate transmembrane transport / periplasmic space / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
| Biological species | ![]() | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.295 Å | ||||||
Authors | Meza, A.N. / Balan, A. / Nascimento, A.F.Z. | ||||||
| Funding support | Brazil, 1items
| ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: Structural characterization of SubI, a new target for Mycobacterium tuberculosis Authors: Meza, A.N. / Nascimento, A.F.Z. / Balan, A. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 6ddn.cif.gz | 242.9 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb6ddn.ent.gz | 198 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 6ddn.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 6ddn_validation.pdf.gz | 486.5 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 6ddn_full_validation.pdf.gz | 494.4 KB | Display | |
| Data in XML | 6ddn_validation.xml.gz | 24.6 KB | Display | |
| Data in CIF | 6ddn_validation.cif.gz | 33.2 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/dd/6ddn | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Related structure data | ![]() 1sbpS S: Starting model for refinement |
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| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 1 | ![]()
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| 2 | ![]()
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| Unit cell |
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| Components on special symmetry positions |
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Components
| #1: Protein | Mass: 37277.605 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() #2: Chemical | ChemComp-SO4 / #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-PEG / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
|---|
-
Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.01 Å3/Da / Density % sol: 38.91 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: Tris 100 mM pH 8.5, Sodium acetate 200 mM e PEG 4000 16% (w/v) |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: LNLS / Beamline: W01B-MX2 / Wavelength: 1.4586 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: May 31, 2017 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 1.4586 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2.295→46.91 Å / Num. obs: 27656 / % possible obs: 97.6 % / Redundancy: 65.6 % / Biso Wilson estimate: 61.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.379 / Rrim(I) all: 0.382 / Net I/σ(I): 15.65 |
| Reflection shell | Resolution: 2.295→2.43 Å / Redundancy: 30.8 % / Rmerge(I) obs: 11.3 / Mean I/σ(I) obs: 0.32 / Num. unique obs: 4395 / CC1/2: 0.604 / Rrim(I) all: 11.5 / % possible all: 98.3 |
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Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENTStarting model: 1SBP Resolution: 2.295→46.906 Å / SU ML: 0.52 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 45.84
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Displacement parameters | Biso mean: 61.09 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.295→46.906 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Controller
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X-RAY DIFFRACTION
Brazil, 1items
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