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- PDB-6v9s: Structure-based development of subtype-selective orexin 1 recepto... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6v9s
タイトルStructure-based development of subtype-selective orexin 1 receptor antagonists
要素Orexin receptor type 1,GlgA glycogen synthase chimera
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / orexin receptor / selective ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / peptide hormone binding / regulation of cytosolic calcium ion concentration / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / chemical synaptic transmission ...orexin receptor activity / Orexin and neuropeptides FF and QRFP bind to their respective receptors / alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity / feeding behavior / peptide hormone binding / regulation of cytosolic calcium ion concentration / neuropeptide signaling pathway / cellular response to hormone stimulus / G protein-coupled receptor activity / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / synapse / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Orexin/Hypocretin receptor type 1 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like ...Orexin/Hypocretin receptor type 1 / Orexin receptor family / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-JHC / OLEIC ACID / Orexin/Hypocretin receptor type 1 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hellmann, J. / Drabek, M. / Yin, J. / Huebner, H. / Kraus, F. / Proell, T. / Weikert, D. / Kolb, P. / Rosenbaum, D.M. / Gmeiner, P.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Welch FoundationI-1770 米国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structure-based development of a subtype-selective orexin 1 receptor antagonist.
著者: Hellmann, J. / Drabek, M. / Yin, J. / Gunera, J. / Proll, T. / Kraus, F. / Langmead, C.J. / Hubner, H. / Weikert, D. / Kolb, P. / Rosenbaum, D.M. / Gmeiner, P.
履歴
登録2019年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年8月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年10月11日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Orexin receptor type 1,GlgA glycogen synthase chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,9054
ポリマ－62,7431
非ポリマー1,1623
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.661, 66.341, 182.461
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Orexin receptor type 1,GlgA glycogen synthase chimera / Ox1R / Hypocretin receptor type 1 / Glycogen synthase


分子量: 62743.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: HCRTR1, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: O43613, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物 ChemComp-JHC / [(2S)-2-[(2S)-butan-2-yl]-4-(5-chloro-1,3-benzoxazol-2-yl)-1,4-diazepan-1-yl][5-methyl-2-(2H-1,2,3-triazol-2-yl)phenyl]methanone


分子量: 493.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H29ClN6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM Sodium Citrate pH 5.3, 31% PEG 400, 200 mM Ammonium Formate
PH範囲: 5.5-6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 9356 / % possible obs: 89.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.197 / Rpim(I) all: 0.129 / Rrim(I) all: 0.237 / Χ2: 0.818 / Net I/σ(I): 4 / Num. measured all: 24855
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.5-3.562.61.2354900.2860.8271.4980.93694.4
3.56-3.632.50.8824420.3510.6151.0850.96590
3.63-3.692.70.7524630.540.5070.9150.87888.7
3.69-3.772.70.6564700.640.430.7910.90193.8
3.77-3.852.80.5724800.7260.3610.6820.99192
3.85-3.942.70.5274560.7160.3450.6350.94590.5
3.94-4.042.70.4615010.7910.3030.5560.94593.3
4.04-4.152.70.3614380.8760.2390.4370.76887.8
4.15-4.272.60.3594840.8610.2310.4310.9694.2
4.27-4.412.70.2774680.9070.1770.3310.91789
4.41-4.572.50.1854600.9610.1240.2250.84790.6
4.57-4.752.50.1584590.9660.1070.1920.77787.9
4.75-4.972.60.134740.9760.0860.1570.8591.3
4.97-5.232.70.1334510.980.0870.1610.74686.7
5.23-5.552.50.1384740.960.0940.1690.6388.6
5.55-5.982.80.1514660.9560.0950.180.72789.8
5.98-6.582.90.1274710.9530.0770.1490.62588
6.58-7.532.60.094730.9770.0570.1070.65188.4
7.53-9.482.50.0434660.9910.0280.0510.63284
9.48-502.60.0344700.9950.0220.0410.63677.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
SCALEPACKデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZJ8, 4ZJC

4zj8

4zjc


解像度: 3.5→44.88 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2732 612 7.51 %
Rwork0.2388 7534 -
obs0.2415 8146 77.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 176.88 Å2 / Biso mean: 63.9955 Å2 / Biso min: 26.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.5→44.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4031 0 83 0 4114
Biso mean--63.63 --
残基数----503
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.5-3.850.2969970.29291226132352
3.85-4.410.29011640.25572036220085
4.41-5.550.26921860.22392097228388
5.55-44.880.25161650.21732175234086
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.4203-1.6588-2.55255.9548-2.99953.54560.0947-0.93840.80710.9116-0.3730.219-1.04370.26090.18980.89920.0386-0.06030.3798-0.10140.69161.81131.7173-77.9491
24.6058-1.1872-0.41143.28274.6776.59040.201-0.127-0.20240.4364-0.1259-0.03470.581-0.2301-0.10760.5509-0.0105-0.03230.2648-0.03590.3897-4.5329-2.9995-40.1305
34.4257-0.8244-2.62165.280.02253.51360.1666-1.00710.11540.8347-0.95350.69520.096-0.28840.86580.5242-0.21790.19360.9857-0.33180.8346-17.4052-6.301-39.5567
41.6734-0.01290.1050.4192-0.1970.10660.73251.17930.2009-0.2231-0.53950.62940.0981-2.6251-0.17680.5359-0.0137-0.04731.1996-0.13620.6559-8.6939-7.4381-73.3769
53.0581-1.0747-0.78992.7199-0.49790.53660.15130.30350.1601-0.7241-0.68180.8467-0.2266-1.38250.62290.41740.0723-0.00110.6111-0.01740.5371-14.76459.6033-44.4366
64.6042-0.42830.36464.28665.49287.4508-0.7222-0.2330.58290.369-0.09930.7019-0.59120.84960.69250.4711-0.01340.02920.30770.0410.4754-3.112610.3802-28.2109
75.1076-1.06130.02246.5026-0.37964.62870.18440.33690.1581-1.257-0.0578-0.58790.3205-0.6945-0.16270.4406-0.06360.09880.4445-0.23460.5748-0.5225.5251-47.9965
86.9557-2.2595-4.20318.40917.3142.0328-0.5417-1.4390.13521.03980.27480.58330.51161.54170.32620.5163-0.0653-0.00720.6550.06610.50565.311321.35466.1747
96.07420.00223.09613.3278-0.60614.6488-1.1486-0.51310.430.20930.08250.0261-0.9634-0.73760.94750.49620.17120.11840.6919-0.2940.6512-7.473131.99873.7172
108.631-0.66123.45083.572-2.47658.34090.405-1.4971.17921.05951.24850.2185-1.5932-1.7933-1.62850.65470.44370.02060.7814-0.00480.8584-17.462734.58529.4333
119.7625-0.055-0.53365.9025-4.21112.0581-0.8479-0.93980.67490.33131.1885-0.99380.8048-1.4032-0.45520.90860.0686-0.11910.8395-0.26430.6369-8.697331.966311.1912
122.00472.2594-5.63414.5647-3.38347.38380.2031-1.59611.7907-0.20350.24131.2851-2.57450.6616-0.5351.04530.134-0.01940.9366-0.2450.9973-9.553543.58965.4154
131.86280.8526-2.9728.6021-2.73238.41040.4717-0.78111.77481.28770.6566-0.7767-1.45630.8964-1.09770.73640.1171-0.19790.7898-0.25930.6537-1.268736.84396.682
146.7683-0.5279-0.24322.7872.68934.55480.31830.6760.2857-0.76270.3333-0.2737-1.31210.5607-0.56170.4108-0.13070.09010.58150.02950.4439-3.676224.3346-1.3586
154.4607-4.19662.65685.7816-3.37543.54850.0053-0.9023-0.2996-0.53050.40161.01310.8197-1.7173-0.21460.34370.2361-0.02030.77860.09130.6647-14.96919.4573-1.8546
161.1031-0.93410.63963.2399-1.08092.01280.0435-0.9197-0.19850.43510.440.8296-0.1871-0.9525-0.53870.5340.28310.08461.57120.04290.5682-17.255822.821110.8547
176.1715-2.4731-2.37014.94347.50672.0328-0.2752-0.4152-1.13211.1458-0.8322-0.26041.75890.82481.07940.6763-0.0094-0.15790.53220.30320.6993-5.253211.37822.3513
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 45 )A26 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 46 through 157 )A46 - 157
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 158 through 181 )A158 - 181
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 182 through 200 )A182 - 200
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 201 through 246 )A201 - 246
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 288 through 310 )A288 - 310
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 311 through 373 )A311 - 373
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 1001 through 1027 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1028 through 1047 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 1048 through 1062 )A0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 1063 through 1075 )A0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 1076 through 1089 )A0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 1090 through 1101 )A0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 1102 through 1134 )A0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 1135 through 1162 )A0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 1163 through 1178 )A0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 1179 through 1196 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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