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- PDB-4z7u: S13 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4z7u
タイトルS13 complex
要素
  • (MHC class II HLA-DQ- ...) x 2
  • (T-CELL RECEPTOR, S13 ...) x 2
  • deamidated DQ8-glia-alpha1 peptide
キーワードIMMUNE SYSTEM / IMMUNE RECEPTOR-LIGAND COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


nutrient reservoir activity / antigen processing and presentation of peptide or polysaccharide antigen via MHC class II / MHC class II protein complex / adaptive immune response / endosome membrane / lysosomal membrane
類似検索 - 分子機能
Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain ...Gliadin/LMW glutenin / Cys-rich Gliadin N-terminal / Plant lipid transfer protein / seed storage protein / trypsin-alpha amylase inhibitor domain family / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain / Bifunctional inhibitor/plant lipid transfer protein/seed storage helical domain superfamily / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class II HLA-DQ-beta-1 / Alpha/beta-gliadin MM1 / MHC class II HLA-DQ-alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Triticum aestivum (コムギ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Petersen, J. / Rossjohn, J. / Reid, H.H. / Koning, F.
引用ジャーナル: J Immunol. / 年: 2015
タイトル: Determinants of Gliadin-Specific T Cell Selection in Celiac Disease.
著者: Petersen, J. / van Bergen, J. / Loh, K.L. / Kooy-Winkelaar, Y. / Beringer, D.X. / Thompson, A. / Bakker, S.F. / Mulder, C.J. / Ladell, K. / McLaren, J.E. / Price, D.A. / Rossjohn, J. / Reid, H.H. / Koning, F.
履歴
登録2015年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / diffrn_source / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
C: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
D: MHC class II HLA-DQ-beta-1
E: T-CELL RECEPTOR, S13 ALPHA CHAIN
F: T-CELL RECEPTOR, S13 BETA CHAIN
G: T-CELL RECEPTOR, S13 ALPHA CHAIN
H: T-CELL RECEPTOR, S13 BETA CHAIN
I: deamidated DQ8-glia-alpha1 peptide
J: deamidated DQ8-glia-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)198,81714
ポリマ－196,94110
非ポリマー1,8764
水4,738263
1
A: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
B: MHC class II HLA-DQ-beta-1
G: T-CELL RECEPTOR, S13 ALPHA CHAIN
H: T-CELL RECEPTOR, S13 BETA CHAIN
J: deamidated DQ8-glia-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4097
ポリマ－98,4715
非ポリマー9382
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: MHC class II HLA-DQ-alpha chain
D: MHC class II HLA-DQ-beta-1
E: T-CELL RECEPTOR, S13 ALPHA CHAIN
F: T-CELL RECEPTOR, S13 BETA CHAIN
I: deamidated DQ8-glia-alpha1 peptide
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,4097
ポリマ－98,4715
非ポリマー9382
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)83.454, 123.813, 223.086
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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MHC class II HLA-DQ- ... , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-alpha chain


分子量: 21882.221 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQA1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q30069
#2: タンパク質 MHC class II HLA-DQ-beta-1


分子量: 24484.211 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-192 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-DQB1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O19707

-
T-CELL RECEPTOR, S13 ... , 2種, 4分子 EGFH

#3: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, S13 ALPHA CHAIN


分子量: 22750.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#4: タンパク質 T-CELL RECEPTOR, S13 BETA CHAIN


分子量: 27550.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 265分子 IJ

#5: タンパク質・ペプチド deamidated DQ8-glia-alpha1 peptide


分子量: 1803.795 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Triticum aestivum (コムギ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P18573*PLUS
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
糖 , 2種, 4分子

#6: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1- ...alpha-L-fucopyranose-(1-3)-[2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)][alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 716.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3[DGlcpNAcb1-4][LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2-1-2/a3-b1_a4-c1_a6-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 140 mM Na-acetate, 0.1 M Bis-Tris-Propane pH 7.5, 15% PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→39.53 Å / Num. obs: 60719 / % possible obs: 94.41 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 66.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.797 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.502 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 87.19

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GG8

4gg8


解像度: 2.7→39.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9429 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9196 / SU R Cruickshank DPI: 0.609 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.601 / SU Rfree Blow DPI: 0.276 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.281
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2201 3020 4.97 %RANDOM
Rwork0.1778 ---
obs0.1799 60705 94.43 %-
原子変位パラメータBiso mean: 67.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.1563 Å20 Å20 Å2
2---5.8522 Å20 Å2
3---11.0085 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.382 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.7→39.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12689 0 124 263 13076
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0113171HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.1518011HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d5861SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes330HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1916HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it13171HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1767SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact14083SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2982 196 4.79 %
Rwork0.2142 3892 -
all0.2182 4088 -
obs--94.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.2307-0.4234-0.11881.8728-0.78622.0913-0.01770.47730.4259-0.52530.06150.30430.0714-0.8084-0.0438-0.2058-0.0343-0.13490.2456-0.0165-0.246786.15745.1441120.922
21.9299-0.7110.45292.4819-0.45352.0222-0.0941-0.15460.12480.00210.12120.53540.1208-1.2342-0.0271-0.5026-0.0393-0.00160.4791-0.0955-0.296277.224244.4851134.828
32.4253-1.19050.68910.9986-1.02742.02450.2250.7280.1472-0.3547-0.1660.12560.2065-0.2052-0.059-0.12270.0665-0.0970.2306-0.0424-0.267244.708232.48329.2854
42.7424-1.22960.56622.495-0.9923.18620.08950.1294-0.0948-0.02690.27560.35970.0058-1.044-0.3651-0.37720.0133-0.01520.20920.0115-0.343635.426331.924823.0802
53.4321-0.9971.09471.1943-0.3591.2123-0.0548-0.0937-0.233-0.035-0.0234-0.25110.1356-0.0130.0783-0.0290.01130.0545-0.07240.0024-0.098881.109314.386152.3965
63.7815-1.78342.51591.6798-1.24851.82150.35651.0049-0.3251-0.3815-0.4604-0.32530.42880.57820.1039-0.08580.21870.12120.0680.0183-0.191488.91638.331135.7182
73.1633-0.23940.74290.74030.03781.3932-0.1499-0.2479-0.27380.05250.01-0.3210.028-0.07660.1399-0.0803-0.01240.0591-0.03720.0103-0.0836123.06629.3543164.408
82.7628-0.64741.70350.9941-0.28011.8930.03140.2074-0.3515-0.1791-0.0393-0.44230.23270.07290.0079-0.10140.00080.133-0.16420.00880.0304131.21123.4227147.599
95.688-7.0253-4.31201.93493.27520.0650.34720.0473-0.15980.0482-0.04660.21280.0054-0.11320.11330.0495-0.07670.076-0.1365-0.243954.186219.624.9951
103.7014-2.5464-1.8380-0.87465.7589-0.04490.01920.2843-0.18680.0771-0.04680.3558-0.3031-0.0323-0.0495-0.0936-0.02330.1601-0.1175-0.222496.342434.3483137.481
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }
7X-RAY DIFFRACTION7{ G|* }
8X-RAY DIFFRACTION8{ H|* }
9X-RAY DIFFRACTION9{ I|* }
10X-RAY DIFFRACTION10{ J|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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