PDB-4z0p: Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate r...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4z0p

タイトル

Crystal structure of NADPH-dependent glyoxylate/hydroxypyruvate reductase SMc02828 (SmGhrA) from Sinorhizobium meliloti in complex with NADPH and oxalate

要素

NAD-dependent dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / New York Structural Genomics Research Consortium / NADPH / oxalate / PSI-Biology / NYSGRC / structural genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

NAD binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Rhizobium meliloti (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sroka, P. / Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Porebski, P.J. / Hillerich, B.S. / Bonanno, J. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Structural, Biochemical, and Evolutionary Characterizations of Glyoxylate/Hydroxypyruvate Reductases Show Their Division into Two Distinct Subfamilies.
著者: Kutner, J. / Shabalin, I.G. / Matelska, D. / Handing, K.B. / Gasiorowska, O. / Sroka, P. / Gorna, M.W. / Ginalski, K. / Wozniak, K. / Minor, W.

履歴

登録	2015年3月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月29日	Group: Structure summary
改定 1.2	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Other ...Derived calculations / Other / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_database_status ...entity_src_gen / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.3	2018年5月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Experimental preparation / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / entity / exptl_crystal_grow / struct Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity.pdbx_ec / _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _struct.pdbx_descriptor / _struct.title
改定 1.4	2022年4月13日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2 Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4z0p.cif.gz	152.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4z0p.ent.gz	116.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4z0p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4z0p_validation.pdf.gz	747.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4z0p_full_validation.pdf.gz	748.2 KB	表示
XML形式データ	4z0p_validation.xml.gz	18.5 KB	表示
CIF形式データ	4z0p_validation.cif.gz	28.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/z0/4z0p	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4weqSC 5j23C 5unnC 5uogC 5v6qC 5v72C 5v7gC 5v7nC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6t92-2 4u6q-1 1f4l-d 4nu5-d 2ome-2 3pzr-1 2x7l-2 6t94-2 1qp8-d 2ome-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-011884

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: NAD-dependent dehydrogenase

ヘテロ分子

36.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NAD-dependent dehydrogenase

ヘテロ分子

A: NAD-dependent dehydrogenase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
72.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.099, 108.099, 80.226
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	NAD-dependent dehydrogenase 分子量: 34792.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌) 株: 1021 / 遺伝子: R00152, SMc02828 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q92T34, glyoxylate reductase (NADP+)

#1: タンパク質

NAD-dependent dehydrogenase

分子量: 34792.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Rhizobium meliloti (strain 1021) (根粒菌)
株: 1021 / 遺伝子: R00152, SMc02828 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q92T34, glyoxylate reductase (NADP+)

-
非ポリマー , 6種, 436分子

#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-OXD / OXALIC ACID / シュウ酸分子量: 90.035 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₂O₄
#4: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 429 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.72 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADPH, and 50 mM oxalic acid pH=7.0 were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite ...詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADPH, and 50 mM oxalic acid pH=7.0 were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 2 condition #28 (0.2M Ammonium Citrate Tribasic, anhydrous, 20%w/v PEG 3350 pH=7) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop. Before crystallization, the protein-ligand mixture was incubated with 1/15 v/v of 1 mg/ml rTEV solution at 289 K for 3 hours

結晶

マシュー密度: 3.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.72 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide, 0.5 mM TCEP, 5 mM NADPH, and 50 mM oxalic acid pH=7.0 were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月6日 / 詳細: Beryllium Lenses

放射

モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97856 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 60027 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / R_merge(I) obs: 0.074 / R_pim(I) all: 0.031 / R_rim(I) all: 0.069 / R_sym value: 0.074 / Χ²: 1.134 / Net I/av σ(I): 35.4 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 255923

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.7-1.73	6.7	0.852	2.4	2901	0.726	0.43	0.938	0.793	100
1.73-1.76	4.4	0.697		2843	0.769	0.362	0.789	0.773	96.8
1.76-1.79	4.4	0.592		2881	0.829	0.306	0.669	0.846	96.6
1.79-1.83	4.4	0.499		2834	0.881	0.26	0.565	0.829	96.4
1.83-1.87	4.5	0.411		2914	0.914	0.212	0.465	0.899	96.4
1.87-1.91	4.4	0.313		2806	0.942	0.162	0.354	0.916	96
1.91-1.96	4.5	0.264		2860	0.95	0.136	0.299	0.969	96
1.96-2.02	4.5	0.215		2848	0.969	0.111	0.243	0.996	95.7
2.02-2.07	4.5	0.184		2860	0.974	0.095	0.208	1.05	95.7
2.07-2.14	4.5	0.15		2840	0.982	0.077	0.169	1.073	95.3
2.14-2.22	4.5	0.122		2820	0.987	0.063	0.138	1.122	94.7
2.22-2.31	4.5	0.113		2831	0.989	0.058	0.127	1.175	94.7
2.31-2.41	4.6	0.098		2812	0.991	0.051	0.111	1.215	94.3
2.41-2.54	4.6	0.081		2829	0.993	0.042	0.092	1.211	94
2.54-2.7	4.6	0.07		2789	0.994	0.036	0.079	1.325	93.4
2.7-2.91	4.6	0.058		2788	0.996	0.03	0.066	1.369	93.1
2.91-3.2	4.7	0.049		2800	0.997	0.025	0.055	1.441	92.2
3.2-3.66	4.6	0.042		2769	0.998	0.021	0.047	1.573	91.6
3.66-4.61	4.7	0.038		2756	0.998	0.019	0.043	1.702	90.2
4.61-50	4.6	0.033		2766	0.999	0.017	0.038	1.334	86.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データスケーリング
REFMAC	5.8.0107	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ収集
BLU-MAX		データ収集
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
HKL-3000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4WEQ

4weq

解像度: 1.7→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.979 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / WR_factor R_free: 0.1486 / WR_factor R_work: 0.1335 / FOM work R set: 0.9025 / SU B: 2.342 / SU ML: 0.04 / SU R Cruickshank DPI: 0.0596 / SU R_free: 0.0591 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.06 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1497	2954	4.9 %	RANDOM
R_work	0.1344	-	-	-
obs	0.1351	56748	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 134.98 Å² / B_iso mean: 31.028 Å² / B_iso min: 16.35 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.39 Å²	0.2 Å²	0 Å²
2-	-	0.39 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2404	0	83	429	2916
B_iso mean	-	-	33.53	44.88	-
残基数	-	-	-	-	316

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	2590
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.99	3538
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.946	3	5649
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.64	5	331
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.518	23.491	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.034	15	399
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.376	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.088	0.2	398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	2898
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	570
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.119	1.631	1280
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.116	1.631	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.826	2.427	1604

LS精密化シェル

解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.232	230	-
R_work	0.226	4165	-
all	-	4395	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.2718	2.995	-1.2059	5.7863	-3.3391	5.8136	0.0079	0.0349	-0.2763	-0.015	-0.1013	0.0402	0.2946	-0.1923	0.0934	0.1114	0.0066	0.0426	0.1014	-0.0196	0.089	38.771	-31.419	-39.064
2	1.2055	-0.0833	-0.5672	1.7448	-0.0694	1.7145	0.0958	0.1309	-0.04	-0.1282	-0.0535	-0.0273	-0.0694	-0.0102	-0.0423	0.0294	0.0107	0.0156	0.063	0.0328	0.0592	44.162	-27.403	-42.082
3	11.4042	-3.8313	-9.4879	13.1508	11.4279	23.2584	0.2584	0.3248	0.6814	-0.254	0.5546	-0.7068	-0.6969	0.7441	-0.8129	0.1459	-0.0574	0.0266	0.1653	0.0179	0.1409	47.974	-17.011	-39.6
4	0.6443	0.3692	-0.4147	0.444	-0.3467	0.6636	0.0491	0.0194	0.0326	-0.0202	-0.0058	-0.0323	-0.0474	0.0369	-0.0432	0.0421	-0.0314	0.0113	0.0657	-0.0023	0.0763	34.661	-32.581	-19.753
5	17.3089	-3.5598	-2.0773	10.3368	2.2107	6.7469	-0.1018	-0.2328	0.1573	0.303	0.1885	-0.5317	0.0728	0.4237	-0.0867	0.1196	-0.0291	-0.0228	0.1006	0.0599	0.1799	23.327	-60.06	-4.369
6	1.0554	0.4315	-0.2022	0.5823	0.1477	0.3571	0.0695	-0.0986	0.0533	0.1046	-0.0614	-0.042	-0.0481	0.0174	-0.0081	0.0696	-0.0359	0.006	0.0816	-0.0102	0.0838	26.218	-33.351	-5.627
7	6.8401	-0.7301	0.0116	3.9832	0.2694	6.4492	0.0197	0.1275	0.4215	-0.2004	0.0289	-0.0465	-0.28	0.0437	-0.0486	0.0696	-0.0239	0.0178	0.0856	-0.0036	0.1276	21.599	-29.927	-9.392
8	23.2395	14.098	-1.2204	13.3868	-2.0666	3.1688	0.3748	-0.6113	0.5252	0.3986	-0.2086	0.4124	-0.1462	-0.0348	-0.1663	0.163	-0.0317	0.0105	0.1265	-0.056	0.1667	31.6	-24.542	-3.969
9	0.8419	2.9277	-0.8142	10.4301	-1.4093	9.8552	-0.2069	0.1142	0.2608	-1.0312	0.2778	0.9139	-2.0932	-0.835	-0.0709	0.7247	0.121	-0.109	0.2708	-0.0071	0.3277	32.223	-16.414	-8.087
10	0.9732	0.141	-0.2557	0.494	0.0613	1.1063	0.0341	-0.1266	0.0187	0.0818	-0.0295	-0.1199	-0.0264	0.1064	-0.0047	0.0354	-0.0434	-0.016	0.0806	-0.0049	0.0921	40.703	-35.092	-6.391
11	1.2299	-0.3971	0.0177	4.0925	-2.9803	4.2323	0.0158	0.043	0.0091	-0.1146	0.0469	-0.0236	0.1281	-0.1623	-0.0627	0.0453	-0.0401	0.0182	0.1095	-0.0282	0.1166	34.424	-36.316	-23.775
12	2.0201	0.1862	0.2242	0.3801	-0.2959	4.5583	0.0596	0.0287	0.3206	0.0214	0.0098	0.0754	-0.6024	-0.2416	-0.0693	0.1344	0.0168	0.0414	0.0228	0.0172	0.1689	37.929	-14.384	-30.113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 19
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	20 - 62
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	63 - 68
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	69 - 124
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	125 - 130
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	131 - 155
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	156 - 163
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	164 - 169
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	170 - 176
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	177 - 272
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	273 - 296
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	297 - 319

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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