PDB-4yxc: Complex of FliM(SPOA)::FliN fusion protein and FliH(APAR)::T4lyso...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yxc

タイトル

Complex of FliM(SPOA)::FliN fusion protein and FliH(APAR)::T4lysozyme fusion protein

要素

Flagellar assembly protein H,Endolysin
Flagellar motor switch protein FliM,Flagellar motor switch protein FliN

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Type III Secretion System

機能・相同性

機能・相同性情報

bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / positive chemotaxis / cytoskeletal motor activity / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / chemotaxis / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. SE30663 (サルモネラ菌)

Enterobacteria phage T4 (ファージ)

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Notti, R.Q. / Stebbins, C.E.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: A common assembly module in injectisome and flagellar type III secretion sorting platforms.
著者: Notti, R.Q. / Bhattacharya, S. / Lilic, M. / Stebbins, C.E.

履歴

登録	2015年3月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yxc.cif.gz	156.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yxc.ent.gz	122.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4yxc_validation.pdf.gz	435.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yxc_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	4yxc_validation.xml.gz	15 KB	表示
CIF形式データ	4yxc_validation.cif.gz	20 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yxc	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4yx1C 4yx5C 4yx7C 4yxaC 4yxbSC 2lzmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1h0m-1 7bpd-1 6aw1-3 4d8o-d 2h9a-d 6b39-d 5yxo-d 3o8n-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (6) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (6) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (6) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (6) #217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Flagellar assembly protein H,Endolysin

B: Flagellar motor switch protein FliM,Flagellar motor switch protein FliN

45.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.210, 76.370, 119.350
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Flagellar assembly protein H,Endolysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase 分子量: 20800.652 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 1-18 / 変異: D20N, C54T, C97A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis str. SE30663 (サルモネラ菌), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: fliH, SEE30663_21114 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L5WUL9, UniProt: P00720, lysozyme
#2: タンパク質	Flagellar motor switch protein FliM,Flagellar motor switch protein FliN 分子量: 24898.326 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 245-334,UNP Residues 5-137 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 遺伝子: fliM, cheC2, fla AII, fla QII, STM1976, fliN, flaN, motD, STM1977 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26418, UniProt: P26419
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 71 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: FliM(245-334)::FliN(5-137) + FliH(1-18)::T4 lysozyme was concentrated to 17mg/mL and crystallized with 11% PEG400, 100mM sodium potassium phosphate pH=6.5. Crystals were cryoprotected with ...詳細: FliM(245-334)::FliN(5-137) + FliH(1-18)::T4 lysozyme was concentrated to 17mg/mL and crystallized with 11% PEG400, 100mM sodium potassium phosphate pH=6.5. Crystals were cryoprotected with 40% PEG400, 200mM sodium potassium phosphate pH=6.5.

結晶

マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.91 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: FliM(245-334)::FliN(5-137) + FliH(1-18)::T4 lysozyme was concentrated to 17mg/mL and crystallized with 11% PEG400, 100mM sodium potassium phosphate pH=6.5. Crystals were cryoprotected with ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSLS

/ ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月23日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.075 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.3→64.33 Å / Num. obs: 18223 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.9 % / B_iso Wilson estimate: 52.31 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.02 / Net I/σ(I): 20.2 / Num. measured all: 234350 / Scaling rejects: 9

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	% possible all
2.3-2.38	12.9	0.923	2.6	22662	1756	0.811	0.26	99.8
8.91-64.33	11.2	0.031	57.2	4081	364	0.999	0.01	96.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.2.7	データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YXB and 2LZM

4yxb

2lzm

解像度: 2.3→47.022 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.262	1818	10 %
R_work	0.1967	16356	-
obs	0.2031	18174	99.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 169.81 Å² / B_iso mean: 69.5779 Å² / B_iso min: 28.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→47.022 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2668	0	0	71	2739
B_iso mean	-	-	-	65.48	-
残基数	-	-	-	-	349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2713
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.15	3697
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	441
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	478
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.686	999

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.3-2.3622	0.3874	137	0.2751	1232	1369	100
2.3622-2.4317	0.3504	138	0.263	1243	1381	100
2.4317-2.5102	0.3088	137	0.2505	1230	1367	100
2.5102-2.5999	0.3164	136	0.2257	1226	1362	100
2.5999-2.704	0.2977	139	0.229	1250	1389	100
2.704-2.827	0.27	139	0.2252	1243	1382	100
2.827-2.9761	0.3343	136	0.2333	1229	1365	100
2.9761-3.1625	0.2994	138	0.2287	1253	1391	100
3.1625-3.4066	0.3207	140	0.2186	1254	1394	100
3.4066-3.7493	0.2349	141	0.1896	1270	1411	100
3.7493-4.2915	0.2456	143	0.1656	1287	1430	100
4.2915-5.4056	0.2074	144	0.153	1290	1434	100
5.4056-47.0319	0.2421	150	0.1978	1349	1499	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.102	3.6606	-4.3955	4.9179	-6.5256	8.6507	0.7236	0.8253	1.8192	-0.2191	0.7039	1.3995	-0.3569	-0.3526	-1.325	0.8919	0.2144	-0.06	0.7023	-0.1061	0.7259	36.9091	48.0929	10.8935
2	4.7595	-0.9454	1.9374	3.6259	-3.0352	7.1029	-0.5755	0.038	-0.5358	0.5281	-0.4088	0.3955	-1.6943	0.3827	0.4088	0.9281	0.3947	0.0358	1.0337	-0.1488	0.4815	42.8762	31.206	24.6036
3	6.585	0.4108	1.058	8.7261	-4.1451	2.292	0.4278	0.0385	-1.0114	-0.2435	-0.0671	-0.0068	0.6616	0.9717	-0.3301	0.4689	0.0573	-0.0979	0.6019	0.003	0.587	46.955	15.3857	39.0936
4	3.4614	-1.827	-2.5386	7.6311	0.8032	2.6341	-0.2192	-0.1027	-0.0944	2.3189	0.2205	1.5638	0.7884	-0.4029	0.283	0.7213	-0.121	0.1015	0.5489	0.1349	0.6965	35.3376	11.0251	46.4463
5	3.4817	3.0089	-0.8726	5.4981	-3.8864	7.6865	0.7384	-0.1757	-0.5582	-0.2521	-0.4772	1.5125	0.2528	-1.8786	-0.0444	0.4145	-0.1525	-0.043	0.8435	-0.0806	0.9746	27.9686	11.5099	39.9305
6	4.9409	3.4243	1.721	2.9759	-1.533	6.8899	0.3942	0.1621	-0.4446	-1.0607	-0.2548	0.6859	1.0688	0.1515	-0.2707	0.5685	0.0436	0.0082	0.3603	0.0071	0.3991	38.3604	18.8681	32.434
7	2.2352	-3.4429	-2.3596	7.5706	1.1803	6.1247	1.0909	-0.3497	-0.6864	0.3074	-1.002	-0.0328	-1.5245	0.5107	0.06	0.73	-0.1733	0.0551	0.5136	-0.0468	0.3911	45.604	35.1694	37.8683
8	7.4313	-3.4733	2.2015	2.942	0.0998	1.9428	0.3955	-1.0138	0.4141	1.2315	-0.2992	-0.5842	-0.8928	0.6771	-0.1849	0.8889	-0.4535	-0.0684	0.8385	-0.0498	0.4753	47.0502	29.6787	47.825
9	6.5831	2.5231	-0.6025	6.6059	0.5943	5.7485	0.4564	-0.6104	-0.7017	1.1308	-0.6815	-1.329	0.2964	0.7454	0.4505	0.5582	-0.1926	-0.2088	0.8953	0.1245	0.6022	54.0349	21.4791	46.6656
10	4.9367	-3.7827	3.9508	5.2442	-2.4809	5.5411	-0.3698	-0.5331	-0.0392	0.4173	0.379	0.3345	-0.3091	-0.5244	-0.122	0.2897	0.01	0.0931	0.3801	-0.0287	0.3994	38.5308	29.9974	6.4854
11	3.6185	0.6208	1.5305	4.9984	0.0549	5.3873	-0.2504	-0.2863	-0.3127	0.3819	-0.0155	0.5645	0.1237	-0.277	0.1692	0.304	0.0287	0.1097	0.3555	0.0352	0.2856	48.8764	15.9554	16.1437
12	2.551	-1.2519	1.5269	2.8846	-0.2357	0.6396	-0.419	-0.0198	0.2765	0.5511	-0.0518	-0.827	0.1222	0.1883	0.6091	0.6952	0.1775	0.292	0.5898	0.0834	0.3168	44.1012	8.5492	-3.2829
13	5.9833	-1.5475	4.6998	6.7632	-1.6661	7.3171	-0.0815	0.3546	-0.4258	0.3915	-0.0618	-0.865	0.18	0.371	0.2675	0.3383	-0.0022	0.041	0.272	-0.0167	0.3691	47.0651	26.4593	7.3579
14	9.7977	-5.4537	-1.281	3.7971	2.5959	6.2741	0.1854	-1.3128	-0.7322	0.3838	-0.1043	-1.1196	0.3157	0.2211	-0.2866	0.5372	0.0544	-0.0403	0.4662	0.0621	0.6376	56.0391	15.3702	18.5321
15	7.4463	-3.5996	4.2909	7.8452	-3.9601	7.5169	-1.1665	-0.5454	0.4671	0.8015	0.4437	-1.0509	-1.4785	0.6127	0.5812	0.4615	0.0518	-0.0362	0.413	-0.0764	0.4114	47.8413	32.5287	9.5735
16	10.0951	-0.4818	-1.5355	7.7782	1.5513	3.7641	-0.854	-1.5298	0.3621	1.0984	0.3388	0.0766	-0.3661	0.2175	0.4882	0.6534	0.2033	-0.1446	0.4413	-0.0425	0.3951	39.0028	36.8164	9.8784
17	5.979	1.2058	0.203	1.7249	1.23	7.8317	-0.8588	2.2072	-0.0609	-1.3997	1.1766	-2.0844	-0.0323	2.1523	0.3953	0.619	-0.2682	0.1762	0.7334	-0.0373	0.6834	44.2812	34.1053	-7.9662

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 10 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 11 through 23 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 24 through 32 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 33 through 45 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 46 through 80 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 81 through 101 )	A
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 102 through 113 )	A
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 114 through 163 )	A
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 164 through 184 )	A
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 17 through 51 )	B
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 52 through 90 )	B
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 91 through 150 )	B
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 151 through 163 )	B
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 164 through 178 )	B
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 179 through 193 )	B
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 194 through 215 )	B
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 216 through 227 )	B

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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