PDB-4yx9: Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to tira...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yx9

タイトル

Crystal structure of the CFTR inhibitory factor Cif bound to tiratricol

要素

CFTR inhibitory factor

キーワード

Hydrolase/Hydrolase inhibitor / inhibitor / enzyme / Cif / CFTR / epoxide hydrolase / alpha beta hydrolase / Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Bahl, C.D. / Madden, D.R.

資金援助

米国, 4件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01-AI091699	米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	T32-AI007519	米国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)	T32-DK007301	米国
Cystic Fibrosis Foundation	MADDEN08G0	米国

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2015
タイトル: Inhibiting an Epoxide Hydrolase Virulence Factor from Pseudomonas aeruginosa Protects CFTR.
著者: Bahl, C.D. / Hvorecny, K.L. / Bomberger, J.M. / Stanton, B.A. / Hammock, B.D. / Morisseau, C. / Madden, D.R.

履歴

登録	2015年3月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月26日	Group: Other
改定 1.2	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yx9.cif.gz	487.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yx9.ent.gz	399 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yx9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yx9_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yx9_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	4yx9_validation.xml.gz	54.6 KB	表示
CIF形式データ	4yx9_validation.cif.gz	80.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yx9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yx/4yx9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4dlnC 4dm7C 4dmfC 4dmhC 4dmkC 3kd2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4eus-1 4eus-2 3kd2-2 5tnn-1 5hk9-2 5tnl-1 5tng-1 5hk9-1 5tni-1 3kd2-1 5jyc-1 5tnr-2 5tnr-1 4dno-1 4dno-2 7clz-2 6kxh-2 7l0a-d 5tnk-2 5tnq-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

139 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: CFTR inhibitory factor

B: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: CFTR inhibitory factor

D: CFTR inhibitory factor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
69.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.628, 84.016, 89.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 100.48, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-725- HOH
2	1	A-743- HOH
3	1	C-754- HOH
4	1	C-779- HOH
5	1	D-804- HOH

#1: タンパク質	CFTR inhibitory factor 分子量: 34164.699 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 25-319 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain UCBPP-PA14) (緑膿菌) 株: UCBPP-PA14 / 遺伝子: PA14_26090 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: UniProt: Q02P97, UniProt: A0A0M3KL26*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-4HY / [4-(4-HYDROXY-3-IODO-PHENOXY)-3,5-DIIODO-PHENYL]-ACETIC ACID / 3,3′,5-トリヨ-ドチロ酢酸分子量: 621.932 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₉I₃O₄ / コメント: ホルモン*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1168 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.41 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 15% [wt/vol] PEG 8000, 0.125M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 0.0002M [4-(4-hydroxy-3-iodophenoxy)-3,5-diiodophenyl]acetic acid, 0.2% [vol/vol] dimethyl sulfoxide

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X6A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年2月25日 / 詳細: Toroidal focusing mirror
放射	モノクロメーター: Si(111) channel cut monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→42.23 Å / Num. obs: 124414 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.2 % / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 12.4
反射シェル	解像度: 1.75→1.8 Å / 冗長度: 4.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3KD2

3kd2

解像度: 1.75→42.226 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 17.24 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1948	6197	4.98 %	thin shells
R_work	0.1637	-	-	-
obs	0.1653	124405	99.98 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.7 Å² / k_sol: 0.395 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.4108 Å²	0 Å²	0.8641 Å²
2-	-	-1.0729 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.4836 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.75→42.226 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9352	0	84	1168	10604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	9818
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.105	13344
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.003	3588
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.078	1366
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.75-1.7699	0.2629	309	0.2142	3740	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7699-1.7907	10000000	0	0.2116	4168	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7907-1.8125	0.2641	310	0.2018	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8125-1.8355	0.2519	310	0.1908	3819	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8355-1.8596	10000000	0	0.187	4142	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8596-1.8851	0.2182	309	0.1874	3814	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8851-1.912	0.2306	310	0.1766	3801	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.9406	10000000	0	0.1603	4164	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9406-1.9709	0.2168	310	0.1626	3809	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9709-2.0032	0.1884	310	0.1632	3831	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0032-2.0378	10000000	0	0.1608	4112	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0378-2.0748	0.2044	310	0.1568	3832	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0748-2.1147	0.1885	310	0.1535	3843	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1147-2.1579	10000000	0	0.1547	4150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1579-2.2048	0.1942	310	0.1594	3818	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2048-2.2561	0.1934	310	0.1564	3809	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2561-2.3125	10000000	0	0.1563	4136	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3125-2.375	0.2001	310	0.1555	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.375-2.4449	0.2045	310	0.1565	3823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4449-2.5238	10000000	0	0.1614	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5238-2.614	0.1998	310	0.1612	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
2.614-2.7186	0.1873	310	0.1577	3846	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7186-2.8424	10000000	0	0.1574	4140	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8424-2.9922	0.2041	310	0.1706	3863	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9922-3.1796	0.2119	310	0.1708	3840	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1796-3.425	10000000	0	0.163	4173	X-RAY DIFFRACTION	100
3.425-3.7695	0.1677	310	0.152	3857	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7695-4.3144	0.1404	310	0.1444	3866	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3144-5.4339	10000000	0	0.1386	4213	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4339-42.2386	0.1972	309	0.211	3958	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6984	-0.0087	0.02	0.6804	-0.0091	0.7525	-0.0123	-0.0828	-0.0491	0.0656	-0.004	0.0623	0.0764	-0.0382	0.0133	0.0649	0.0039	0.0077	0.0689	0.0093	0.0456	-22.1548	12.2412	27.1497
2	1.1106	-0.4083	-0.0338	0.9177	-0.055	0.4605	-0.0094	-0.0025	0.1322	-0.0248	0.0042	0.0073	-0.0646	-0.0227	0.0053	0.0582	0.007	-0.0193	0.056	-0.0025	0.068	-31.1068	51.34	15.6534
3	0.7269	0.0969	0.082	0.952	0.1193	0.8156	-0.0138	-0.0447	0.0942	0.0459	-0.0038	-0.0895	-0.074	0.0476	0.0166	0.0584	0.009	-0.0081	0.0556	0.0007	0.0684	5.6682	44.7371	26.9632
4	0.9375	-0.2141	0.0747	0.7495	0.1084	0.4153	0.027	0.0264	-0.0515	-0.014	-0.0159	-0.0726	0.0386	0.0084	-0.0072	0.0623	0.0144	0.0115	0.067	-0.0015	0.04	14.6812	5.6681	15.635

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:317)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain B and resid 25:317)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain C and resid 25:317)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain D and resid 25:317)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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