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- PDB-4yru: Crystal structure of C-terminally truncated Neuronal Calcium Sens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yru
タイトルCrystal structure of C-terminally truncated Neuronal Calcium Sensor (NCS-1) from Rattus norvegicus
要素Neuronal calcium sensor 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / EF-hand / Calcium sensor / C-terminal truncation
機能・相同性
機能・相同性情報


calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / dense core granule / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of neuron projection development / positive regulation of exocytosis / postsynaptic cytosol / regulation of signal transduction / voltage-gated calcium channel activity ...calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / dense core granule / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / regulation of synaptic vesicle exocytosis / regulation of neuron projection development / positive regulation of exocytosis / postsynaptic cytosol / regulation of signal transduction / voltage-gated calcium channel activity / presynaptic cytosol / calyx of Held / positive regulation of calcium-mediated signaling / postsynapse / postsynaptic density / axon / dendrite / calcium ion binding / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / Golgi apparatus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain ...Recoverin family / EF hand domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal calcium sensor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Pandalaneni, S. / Karrupiah, V. / Mayans, O. / Derrick, J.P. / Lian, L.Y.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Neuronal Calcium Sensor-1 Binds the D2 Dopamine Receptor and G-protein-coupled Receptor Kinase 1 (GRK1) Peptides Using Different Modes of Interactions.
著者: Pandalaneni, S. / Karuppiah, V. / Saleem, M. / Haynes, L.P. / Burgoyne, R.D. / Mayans, O. / Derrick, J.P. / Lian, L.Y.
履歴
登録2015年3月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月3日Group: Database references
改定 1.22015年8月5日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuronal calcium sensor 1
B: Neuronal calcium sensor 1
C: Neuronal calcium sensor 1
D: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,65316
ポリマ－82,1724
非ポリマー48112
水28816
1
A: Neuronal calcium sensor 1
D: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3278
ポリマ－41,0862
非ポリマー2406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3920 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area15790 Å2
手法PISA
2
B: Neuronal calcium sensor 1
C: Neuronal calcium sensor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3278
ポリマ－41,0862
非ポリマー2406
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3570 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area16500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.680, 88.800, 100.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Neuronal calcium sensor 1 / NCS-1 / Frequenin homolog / Frequenin-like protein / Frequenin-like ubiquitous protein


分子量: 20543.092 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1-177 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Ncs1, Flup, Freq / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62168
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH6.0, 200mM NaCl,16% (w/v) PEG 6K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月28日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→66.59 Å / Num. obs: 16258 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 1.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.374 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2you

2you
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.8→66.59 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 34.77 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2909 488 3.01 %
Rwork0.2467 --
obs0.2481 16212 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→66.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5186 0 12 16 5214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035296
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7477125
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.7931961
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003927
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.20520.3381600.29975140X-RAY DIFFRACTION98
3.2052-4.03810.30731600.25225183X-RAY DIFFRACTION97
4.0381-66.61310.26091680.22195401X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3505-0.0981.05661.45631.23145.0723-0.0014-0.3677-0.26430.19420.0430.05440.2859-0.0797-0.01730.3033-0.0638-0.00970.67070.04880.11435.7912-2.0745-5.1012
21.57930.00460.28711.6035-1.22432.4783-0.1130.00330.0202-0.0795-0.0585-0.30430.01960.19450.17910.2816-0.07630.03190.75130.03510.1357-5.7814-2.885230.9494
30.83880.4194-0.38391.5288-0.99982.0957-0.0456-0.04910.16470.1120.07560.23140.0580.0403-0.18420.31750.02460.04130.7180.05630.0899-23.32638.269919.9467
40.4153-0.0403-0.00840.85410.12443.247-0.0064-0.1944-0.07670.161-0.0165-0.12570.01680.1857-0.0090.281-0.0139-0.01970.7125-0.08370.048822.88067.6626.2334
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 16 through 174)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 8 through 175)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 8 through 174)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 8 through 173)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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