+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4a5p | ||||||
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Title | Structure of the Shigella flexneri MxiA protein | ||||||
Components | PROTEIN MXIA | ||||||
Keywords | PROTEIN TRANSPORT / TYPE THREE SECRETION / EXPORT APPARATUS / NONAMER | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | SHIGELLA FLEXNERI (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 3.15 Å | ||||||
Authors | Abrusci, P. / Vegara-Irigaray, M. / Johnson, S. / Roversi, P. / Friede, M.E. / Deane, J.E. / Tang, C.M. / Lea, S.M. | ||||||
Citation | Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2013 Title: Architecture of the major component of the type III secretion system export apparatus. Authors: Abrusci, P. / Vergara-Irigaray, M. / Johnson, S. / Beeby, M.D. / Hendrixson, D.R. / Roversi, P. / Friede, M.E. / Deane, J.E. / Jensen, G.J. / Tang, C.M. / Lea, S.M. #1: Journal: Nat.Struct.Mol.Biol. / Year: 2013 Title: Architecture of the Major Component of the Type III Secretion System Export Apparatus. Authors: Abrusci, P. / Vergara-Irigaray, M. / Johnson, S. / Beeby, M.D. / Hendrixson, D.R. / Roversi, P. / Friede, M.E. / Deane, J.E. / Jensen, G.J. / Tang, C.M. / Lea, S.M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4a5p.cif.gz | 383.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4a5p.ent.gz | 319.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4a5p.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/a5/4a5p | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 2x4aS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS oper:
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-Components
#1: Protein | Mass: 44075.211 Da / Num. of mol.: 3 / Fragment: CYTOPLASMIC GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 318-686 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) SHIGELLA FLEXNERI (bacteria) / Strain: 5A / Production host: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (bacteria) / Variant (production host): C41 / References: UniProt: P0A1I5 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.83 Å3/Da / Density % sol: 64 % / Description: NONE |
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Crystal grow | Temperature: 282 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M SODIUM HEPES PH 7.5, 10% (W/V) PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL 282K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I03 / Wavelength: 0.93 |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 4 / Detector: CCD / Date: Apr 24, 2010 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.93 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.15→81.5 Å / Num. obs: 23949 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 86.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5 |
Reflection shell | Resolution: 3.15→3.24 Å / Redundancy: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: PDB ENTRY 2X4A Resolution: 3.15→35.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8707 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.431
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Displacement parameters | Biso mean: 76.68 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.699 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.15→35.72 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.15→3.29 Å / Total num. of bins used: 12
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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