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- PDB-4a5p: Structure of the Shigella flexneri MxiA protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4a5p
タイトルStructure of the Shigella flexneri MxiA protein
要素PROTEIN MXIA
キーワードPROTEIN TRANSPORT / TYPE THREE SECRETION / EXPORT APPARATUS / NONAMER
機能・相同性
機能・相同性情報


protein secretion / : / membrane => GO:0016020 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
FHIPEP family, domain 1 / Type III secretion protein HrcV / FHIPEP, domain 1 / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family / Glutaredoxin ...FHIPEP family, domain 1 / Type III secretion protein HrcV / FHIPEP, domain 1 / FHIPEP conserved site / Bacterial export FHIPEP family signature. / Type III secretion system FHIPEP / FHIPEP, domain 3 / FHIPEP, domain 4 / FHIPEP family / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Abrusci, P. / Vegara-Irigaray, M. / Johnson, S. / Roversi, P. / Friede, M.E. / Deane, J.E. / Tang, C.M. / Lea, S.M.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Architecture of the major component of the type III secretion system export apparatus.
著者: Abrusci, P. / Vergara-Irigaray, M. / Johnson, S. / Beeby, M.D. / Hendrixson, D.R. / Roversi, P. / Friede, M.E. / Deane, J.E. / Jensen, G.J. / Tang, C.M. / Lea, S.M.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Architecture of the Major Component of the Type III Secretion System Export Apparatus.
著者: Abrusci, P. / Vergara-Irigaray, M. / Johnson, S. / Beeby, M.D. / Hendrixson, D.R. / Roversi, P. / Friede, M.E. / Deane, J.E. / Jensen, G.J. / Tang, C.M. / Lea, S.M.
履歴
登録2011年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02012年11月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年12月12日Group: Database references
改定 1.22013年1月16日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.42019年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / struct_biol / struct_conn
Item: _exptl_crystal_grow.method / _exptl_crystal_grow.temp / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.52023年12月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN MXIA
B: PROTEIN MXIA
C: PROTEIN MXIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,3505
ポリマ－132,2263
非ポリマー1242
水28816
1
A: PROTEIN MXIA
B: PROTEIN MXIA
C: PROTEIN MXIA
ヘテロ分子

A: PROTEIN MXIA
B: PROTEIN MXIA
C: PROTEIN MXIA
ヘテロ分子

A: PROTEIN MXIA
B: PROTEIN MXIA
C: PROTEIN MXIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)397,04915
ポリマ－396,6779
非ポリマー3726
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
手法PISA
2
A: PROTEIN MXIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1372
ポリマ－44,0751
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: PROTEIN MXIA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1372
ポリマ－44,0751
非ポリマー621
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
C: PROTEIN MXIA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0751
ポリマ－44,0751
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.610, 160.610, 100.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.762, -0.647, 0.003), (0.647, 0.762, 0.004), (-0.005, -0.001, 1)-0.34974, 0.1248, -0.19259
2given(0.173, -0.985, -0.001), (0.985, 0.173, 0.002), (-0.002, -0.001, 1)-0.04535, 0.13853, -0.05213

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN MXIA / PROTEIN VIRH


分子量: 44075.211 Da / 分子数: 3 / 断片: CYTOPLASMIC GLOBULAR DOMAIN, RESIDUES 318-686 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) SHIGELLA FLEXNERI (フレクスナー赤痢菌)
株: 5A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: P0A1I5
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % / 解説: NONE
結晶化温度: 282 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M SODIUM HEPES PH 7.5, 10% (W/V) PEG 8000, 8% ETHYLENE GLYCOL 282K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.93
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2010年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→81.5 Å / Num. obs: 23949 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 86.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル解像度: 3.15→3.24 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.2精密化
xia2XDSデータ削減
xia2SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2X4A

2x4a


解像度: 3.15→35.72 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8707 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.431
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 1226 5.12 %RANDOM
Rwork0.2306 ---
obs0.2317 23949 93.43 %-
原子変位パラメータBiso mean: 76.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.3613 Å20 Å20 Å2
2---5.3613 Å20 Å2
3---10.7227 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.699 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→35.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7390 0 8 16 7414
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0087495HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.8810105HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d3469SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes205HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1037HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7495HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion3.19
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1013SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact8140SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.29 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3405 129 4.5 %
Rwork0.2727 2739 -
all0.2757 2868 -
obs--93.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0114-1.72990.03233.4753-0.07213.07370.01990.1174-0.2019-0.1017-0.07810.10440.1565-0.15440.0582-0.0123-0.11440.0092-0.14990.1328-0.1666-48.1517-32.54146.7779
22.6923-0.09340.0819-1.0042-0.45520.349-0.00420.01460.01790.0106-0.00860.0466-0.0131-0.0180.0128-0.0974-0.02940.010.1203-0.00490.1502-63.5974-31.129354.6494
30.9815-0.3499-0.43561.99190.3063.79710.0189-0.13330.00340.0520.0562-0.19450.0074-0.0545-0.0751-0.09150.03760.0207-0.08460.0359-0.0461-40.4516-11.910660.382
40.28661.3272-1.75024.7951-0.43962.5835-0.01510.0565-0.0221-0.0530.01710.06920.0513-0.0327-0.0020.083-0.08710.0337-0.06730.11810.0096-51.8724-24.20677.3311
54.81810.16592.14611.45760.21356.87980.0116-0.024-0.0353-0.01820.00220.10150.0736-0.0002-0.01380.02080.05790.0181-0.00540.115-0.252-50.3385-14.439572.0787
62.6876-1.3015-1.22230.41890.53932.79240.0070.0492-0.0457-0.0452-0.0306-0.02150.06550.01530.02360.12590.0219-0.123-0.00350.0127-0.0281-11.0706-55.591943.9174
75.34291.6395-0.08082.1657-0.63922.7952-0.00210.0009-0.05370.0194-0.0064-0.02660.08660.04740.00850.10940.0559-0.1444-0.25660.02-0.1414-16.911-55.029348.1829
8-0.19782.652.37463.1259-1.91731.8232-0.03350.0115-0.0437-0.00990.01410.07180.0097-0.06730.01940.1164-0.1456-0.1459-0.0683-0.03990.0413-31.4072-65.808955.3413
91.258-0.6573-0.3422.0406-0.01173.84970.179-0.11970.18530.0064-0.0217-0.25270.0083-0.0632-0.1572-0.066-0.029-0.0137-0.10770.0099-0.04-23.3842-34.647760.3646
103.6685-2.97371.56452.7975-2.39571.9246-0.00390.0522-0.0855-0.0354-0.03250.02660.10520.00780.03640.084-0.0359-0.1166-0.11550.0180.0437-24.3864-52.508177.5216
111.70042.17782.7293.7558-0.38976.40520.0145-0.011-0.1254-0.01010.03040.03340.01110.0206-0.04490.0679-0.1121-0.0752-0.05810.1033-0.2277-29.0519-43.375472.0822
125.87831.66060.30535.1724-1.21642.4684-0.06570.0669-0.2288-0.0544-0.0183-0.11770.16840.13030.0840.00420.1686-0.1415-0.2035-0.0202-0.032623.4298-53.64947.3436
13-0.6014-0.11521.47212.3856-2.48620.7941-0.03610.0175-0.04550.0393-0.01440.04370.0329-0.04450.05040.02090.0892-0.0032-0.01950.16550.108817.8388-68.724555.4446
142.4035-0.0165-0.77350.7901-0.53844.92460.0867-0.1880.33180.09350.05530.00180.07640.1473-0.142-0.1209-0.0361-0.0378-0.0776-0.0024-0.04124.3639-41.385560.4491
155.1037-1.57050.43070.2598-1.64162.80180.00330.0374-0.0528-0.0695-0.007-0.01630.04540.03630.0038-0.06210.048-0.09180.1373-0.0221-0.013914.8566-55.814377.3764
161.18880.0469-0.81463.39131.53015.6033-0.0061-0.0068-0.0880.0227-0.005-0.01760.00030.06880.0111-0.03760.02730.01250.12240.0075-0.26025.4716-51.892972.12
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND RESSEQ 358:426
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND RESSEQ 427:480
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND RESSEQ 481:609
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND RESSEQ 616:643
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND RESSEQ 644:686
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN B AND RESSEQ 357:378
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN B AND RESSEQ 379:426
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND RESSEQ 427:482
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND RESSEQ 483:608
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND RESSEQ 617:643
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND RESSEQ 644:686
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN C AND RESSEQ 358:430
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN C AND RESSEQ 431:482
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN C AND RESSEQ 483:608
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN C AND RESSEQ 617:643
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN C AND RESSEQ 644:686

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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